Mongoliassa on kolme suurta vuoristoketjua: Mongolian Altai-vuoristo, Khangai-vuoristo ja Khentii-vuoristo. Lännessä ja lounaassa sijaitseva Mongolian Altai muodostaa näistä ketjuista korkeimman ja pisimmän. Mongolian Altai haarautuu kaakkoon Altain päävuoristosta Venäjän luoteisrajalla, ja se ulottuu kaakkoon noin 400 kilometrin matkan Kiinan rajaa pitkin ennen kuin se kääntyy hieman itään 725 kilometrin matkan Lounais-Mongoliassa. Vuoristo, joka on maan ainoa vuoristo, jossa on kehittynyt nykyaikainen jäätiköityminen, kohoaa 4 374 metrin korkeuteen maan länsikärjessä sijaitsevalla Khüitenin huipulla, joka on Mongolian korkein kohta. Mongolian Altaista itään päin ulottuvat Gobi Altai -vuoret, jotka ovat vähäisempi vuoristo, joka muodostuu paljaista kukkuloista, jotka häviävät Gobin laajoille alueille.
Kangai-vuoristo, joka myös sijoittuu luoteesta kaakkoon, muodostaa kiinteän vuoristomassan lähellä maan keskiosaa. Vuoriston huiput kohoavat noin 3 700 metriin, joista korkein, Otgontenger, kohoaa luoteessa noin 4 025 metriin. Khangain tunnusomaisia piirteitä ovat loivat rinteet, joita peittää hieno laidunmaa. Pohjoisessa Siperian itäiset Sayan-vuoret sijaitsevat Venäjän vastaisella rajalla.
Kolmannen vuoristoketjun, Koillis-Mongolian Khentii-vuoriston, linjaus on lounaasta koilliseen ja ulottuu Siperiaan. Korkein huippu on Asraltkhairkhan, joka kohoaa noin 2 800 metriin, mutta yleisesti ottaen korkeimmat korkeudet ovat noin 2 130 metriä.
Hakhiraan (4037 m) ja Turgenin (3965 m) kaksoishuiput, jotka hallitsevat maakunnan länsiosaa, sijaitsevat kummasti lähes samassa etäisyydessä Achit-, Uureg- ja Uvs-järvien välillä. Uvsin maakunnassa sijaitsevat Kharkhiraa- ja Turgen-vuoret ovat osa Altai-vuoristoa. Näiden kahden vuoren välinen jokilaakso on Kharkhiraa-joki, joka virtaa Uvs Nuuriin. Tästä laaksosta alkaa joitakin erinomaisia vaellusreittejä, jotka johtavat molemmille vuorille, ja teemme täällä hienoja päiväretkiä omilla jeepeillämme ja retkeilyvarusteillamme. Uvs Nuurin elintärkeinä lähteinä vuoret ovat osa Uvs Nuurin tiukasti suojeltua aluetta. Alueella asuu enimmäkseen khotonilaisia, jotka ovat kaikkialla Mongoliassa kuuluisia shamaaneja. Kharkhiraa- ja Turgen-vuorilla on yli 10 lumista vuorenhuippua ja jäätikköä.