Organisaatio, joka johti sotilaalliseen radiotiedotusjärjestelmään, oli nimeltään Auxiliary Amateur Radio System (AARS). AARS:n perusti marraskuussa 1925 muutama omistautunut pioneeri Yhdysvaltain armeijan viestijoukoissa kapteeni Thomas C. Rivesin johdolla. Ensimmäisen maailmansodan aikana Yhdysvallat tunnusti radion kriittiseksi viestintämuodoksi. Radion yhdistäminen armeijan operaatioiden tukemiseen synnytti merkittävän työvoima- ja taitotarpeen, johon ei ollut helppo vastata. Armeijan radioamatöörijärjestelmä (Army Amateur Radio System) perustettiin vuonna 1925, jotta se tarjoaisi koulutettujen radio-operaattoreiden reservin, jolla täydennettäisiin viestijoukkoja sodan aikana tapahtuvan liikekannallepanon aikana ja laajennettaisiin viestijoukkojen radioverkkoa tukemaan siviiliviranomaisia luonnonkatastrofien avustustoimissa. Vaikka organisaatio tuki sotilaallisia tavoitteita, se koostui vapaaehtoisista siviileistä, jotka olivat taitavia radioamatöörejä. Nämä siviilit sovelsivat radioviestinnän erikoistaitojaan ja tukivat samalla Signal Corpsia Yhdysvaltojen mantereella, Filippiineillä, Panamassa ja Havaijilla.
Organisaatio koki lopulta sekä menestystä että epäonnistumista. Armeijan radioamatöörijärjestelmä onnistui kehittämään radio-operaattoreidensa ammattitaitoa, kuten osoitti paikallisille, osavaltioiden ja liittovaltion viranomaisille luonnonkatastrofien avustustoimien aikana annettu tuki. Yhdysvaltojen toiseen maailmansotaan liittymisen kynnyksellä armeijan radioamatöörijärjestelmän jäsenmäärä oli kuitenkin huomattavasti liian pieni, jotta se olisi voinut tarjota merkittävää työvoimaa Signal Corpsin sotaan mobilisoimiseksi. AARS-organisaatio jatkoi toimintaansa siihen asti, kunnes Yhdysvallat liittyi toiseen maailmansotaan 7. joulukuuta 1941, jolloin radioamatööreiltä kiellettiin radioaaltojen käyttö, ja amatööripalvelu ja Army Amateur Radio System lakkautettiin. Toisen maailmansodan jälkeen Yhdysvaltain armeija tunnusti AARS:n uudelleenaktivoinnin tärkeyden elintärkeän viestintähenkilöstön kouluttamiseksi suhteellisen pienin suorin kustannuksin valtiolle, ja vuonna 1946 AARS aktivoitiin uudelleen.
AARS toimi sellaisenaan siihen asti, kunnes marraskuussa 1948 luotiin Military Affiliate Radio System (sotilasosastoradiojärjestelmä), jolloin perustettiin erilliset armeijan ja ilmavoimien MARS-ohjelmat, mikä heijasti ilmavoimien perustamista erilliseksi yksiköksi. Vuonna 1948 kapteeni Robert L. Gabardy (K4TJ, SK) valitsi lyhenteen MARS, roomalaisen sodan jumalan, sopivaksi nimeksi toisen maailmansodan jälkeiselle AARS:n uudelleensyntymiselle sotilasamatöörien radiojärjestelmäksi. Ohjelman nimi muutettiin 2. syyskuuta 1952 Military Affiliate Radio Systemiksi tunnustuksena organisaation muuttuneesta luonteesta siviilivapaaehtoisten jäsenten määrän kasvaessa. Lopulta laivaston ja merijalkaväen MARS-ohjelma perustettiin virallisesti 17. elokuuta 1962, ja se aloitti toimintansa 1. tammikuuta 1963. Tämä seurasi Kuuban ohjuskriisiä ja presidentti Kennedyn huolta elinkelpoisista ja laajennetuista viestintävalmiuksista.
Korean sodan, Vietnamin sodan, kylmän sodan ja Persianlahden sodan aikana MARS oli tunnetuin kirjallisten ”Marsgram”-viestien käsittelystä ja ”puhelinlaastareiden” tarjoamisesta, jotta merentakaiset sotilaat saattoivat ottaa yhteyttä perheisiinsä kotona.
Ohjelman nimi muutettiin uudelleen nykyiseksi Military Auxiliary Radio Systemiksi 23. joulukuuta 2009.
Toukokuussa 2009 annetussa lähetyksessä ilmoitettiin merivoimien ja merijalkaväen MARS-ohjelman lopettamisesta 30. syyskuuta 2009 mennessä. Merivoimien ja merijalkaväen MARS jatkoi kuitenkin toimintaansa 30. syyskuuta 2015 saakka.
Puolustusministeriön 23. joulukuuta 2009 päivätty ohje 4650.02 muutti MARS:n aseman tytäryhtiöstä apujärjestöksi (joka on samassa asemassa kuin rannikkovartioston apujärjestö ja siviililentovartiosto). Tämä statuksen muutos pelasti laivaston ja merivoimien MARS-ohjelman lakkauttamiselta ja palautti sen takaisin samalle viivalle sen sisaryksiköiden (armeijan ja ilmavoimien MARS) hätäviestintätehtävien kanssa.
