Tammikuun 30. päivänä 1933 presidentti Paul von Hindenburg nimitti Hitlerin Saksan liittokansleriksi. Tämä tapahtuma tunnetaan nimellä Machtergreifung (vallankaappaus). Seuraavien kuukausien aikana natsipuolue käytti Gleichschaltungiksi (yhteensovittamiseksi) kutsuttua prosessia saattaakseen nopeasti kaikki elämän osa-alueet puolueen valvontaan. Kaikkien siviiliorganisaatioiden, myös maatalousryhmien, vapaaehtoisjärjestöjen ja urheiluseurojen, johto korvattiin natsien kannattajilla tai puolueen jäsenillä. Kesäkuuhun 1933 mennessä käytännössä ainoat järjestöt, jotka eivät olleet NSDAP:n valvonnassa, olivat armeija ja kirkot. Vuoteen 1939 mennessä puolueen jäsenyys oli pakollinen kaikille virkamiehille. Hitler hallitsi Saksaa itsevaltaisesti noudattamalla Führerprinzipia (johtajaperiaate), joka vaati kaikilta alaisiltaan ehdotonta kuuliaisuutta. Hän piti hallintorakennetta pyramidina, jonka huipulla hän itse – erehtymätön johtaja – oli. Arvojärjestystä puolueessa ei määritetty vaaleilla, vaan virat täytettiin nimittämällä korkeammassa asemassa olevat henkilöt. Natsipuolue käytti propagandaa kehittääkseen Hitlerin ympärille henkilökultin.
Huippuvirkamiehet raportoivat Hitlerille ja noudattivat hänen politiikkaansa, mutta heillä oli huomattava autonomia. Virkamiesten odotettiin ”työskentelevän Führeriä kohti” – tekevän aloitteen hänen toiveidensa ja natsipuolueen tavoitteiden mukaisten politiikkojen ja toimien edistämiseksi ilman, että Hitlerin olisi tarvinnut osallistua maan päivittäiseen johtamiseen. Hän lykkäsi usein päätösten tekemistä, vältti selkeää delegointia ja antoi alaistensa kilpailla keskenään erityisesti sotaa edeltävinä vuosina. Hallitus ei ollut koordinoitu, yhteistyötä tekevä elin, vaan pikemminkin järjestäytymätön kokoelma ryhmittymiä, joita johtivat puolue-eliitin jäsenet, jotka kamppailivat vallan keräämisestä ja Führerin suosiosta.
Hallitusjärjestelmä muodostui siten, että johtavat natsivirkamiehet joutuivat tulkitsemaan Hitlerin puheita, huomautuksia ja kirjoituksia hallituspolitiikasta ja muuttamaan ne ohjelmiksi ja lainsäädännöksi. Hitler ei yleensä antanut kirjallisia käskyjä, vaan hän välitti ne suullisesti tai antoi ne välittää läheisen avustajansa Martin Bormannin kautta. Hän uskoi Bormannille paperityöt, tapaamiset ja henkilökohtaiset raha-asiansa; Bormann käytti asemaansa hallitakseen tiedonkulkua ja pääsyä Hitleriin. Hitlerin kabinetti ei koskaan kokoontunut vuoden 1938 jälkeen, ja hän esti ministereitään kokoontumasta itsenäisesti.
Hitlerin johtamistyyliin kuului antaa ristiriitaisia käskyjä alaisilleen ja sijoittaa heidät tehtäviin, joissa heidän tehtävänsä ja vastuualueensa menivät päällekkäin toisten kanssa, jotta ”vahvempi saisi työn”. Tällä tavoin Hitler edisti epäluottamusta, kilpailua ja sisäistä taistelua alaistensa keskuudessa oman valtansa lujittamiseksi ja maksimoimiseksi.
Tämä prosessi mahdollisti sen, että häikäilemättömämmät ja kunnianhimoisemmat natsit pääsivät pälkähästä toteuttaessaan Hitlerin ideologian radikaalimpia ja äärimmäisempiä elementtejä, kuten antisemitismiä, ja saivat näin poliittista suosiota. Sitä suojasi Joseph Goebbelsin tehokas propagandakoneisto, joka esitti Hitlerin sankarillisena ja erehtymättömänä johtajana. Lisäksi hallitus esitettiin omistautuneena, velvollisuudentuntoisena ja tehokkaana yksikkönä. Peräkkäisillä Reichsstatthalterin asetuksilla Saksan osavaltiot korvattiin tosiasiallisesti natsiprovinteilla, joita kutsuttiin nimellä Gaue.
Kesäkuun 1941 jälkeen toisen maailmansodan edetessä Hitler keskittyi sotilaallisiin asioihin ja vietti suurimman osan ajastaan itärintamalla sijaitsevassa sotilasjohdossaan. Tämä johti siihen, että Hitler luotti yhä enemmän Bormanniin maan sisäpolitiikan hoitamisessa. 12. huhtikuuta 1943 Hitler nimitti Bormannin virallisesti Führerin henkilökohtaiseksi sihteeriksi. Tällöin Bormannilla oli de facto määräysvalta kaikissa sisäpoliittisissa asioissa, ja tämä uusi nimitys antoi hänelle valtuudet toimia virallisessa ominaisuudessa kaikissa asioissa.
Historialliset mielipiteet jakautuvat ”intentionalisteihin”, jotka uskovat, että Hitler loi tämän järjestelmän ainoana keinona varmistaa sekä kannattajiensa totaalinen lojaalisuus ja omistautuminen että salaliiton mahdottomuus, ja ”strukturalisteihin”, jotka uskovat, että järjestelmä kehittyi itsestään ja oli Hitlerin totalitaarisen vallan rajoitus.
Natsivaltion organisaatio oli seuraava: