Pierpont Morgan polveutui viidestä sukupolvesta Uuden-Englannin arvostettuja kansalaisia – hänen sukunsa molemmat puolet olivat tulleet Uuteen maailmaan ennen vallankumousta. Yksi hänen äidillisistä esi-isistään oli James Pierpont, Yalen perustaja, jonka tytär meni naimisiin Jonathan Edwardsin kanssa. Pierpontin äidin isoisä oli pastori John Pierpont, joka oli unitaristipappi, runoilija ja radikaali orjuuden ja raittiuden vastustaja. Morganin puolelta Pierpontin isoisä Joseph oli mukana perustamassa Aetna-vakuutusyhtiötä ja jätti noin miljoonan dollarin arvoisen omaisuuden vuonna 1847. Junius Morgan (Josephin poika) avioitui pastori Pierpontin Juliet-tyttären kanssa vuonna 1836. Vuotta myöhemmin heidän ensimmäinen lapsensa, Pierpont, syntyi Hartfordissa. Heillä oli myös kolme tytärtä – Sarah, Mary ja Juliet – ja Pierpontin ainoa veli, Junius, joka eli vain yhdentoista vuoden ikäiseksi.
Menestyttyään Hartfordin kuiva-aineliikkeessä Junius Morgan suostui osakkaaksi sijoitusyhtiö George Peabody & Co. (josta myöhemmin tuli J. S. Morgan & Co.,) ja muutti koko perheensä Lontooseen vuonna 1854. Pierpont oli juuri valmistunut Bostonin englantilaisesta lukiosta. Valmistellakseen poikaansa uralle kansainvälisessä pankkitoiminnassa Junius lähetti Pierpontin lukion jälkeen Eurooppaan oppimaan ranskaa ja saksaa. Kun hän aloitti pankkiirin oppipoikana New Yorkissa vuonna 1857 kaksikymmenvuotiaana, hän puhui sujuvasti molempia kieliä ja tunsi enemmän kulttuureja kuin useimmat aikansa amerikkalaiset. Seuraavat kolmekymmentä vuotta hän ja hänen isänsä työskentelivät yhdessä kanavoidakseen pääomaa Euroopasta nousevaan amerikkalaiseen talouteen, ja Pierpont ylitti Atlantin vähintään kerran vuodessa tavatakseen lontoolaisia yhteistyökumppaneitaan ja jatkaakseen eurooppalaista kulttuurikoulutustaan.