Lisäkkäiset alkueläimet elävät suurimmaksi osaksi melko tasaisessa ympäristössä. Lämpötila vaihtelee isännän sisällä hyvin vähän tai ei lainkaan, kuivuminen ei ole riski, ja ravintoa on jatkuvasti saatavilla. Vapaasti elävät alkueläimet sen sijaan joutuvat kohtaamaan lyhytaikaisia tai pitkäaikaisia muutoksia lämpötilassa, veden happamuudessa, ravinnon saannissa, kosteudessa ja valossa. Monet alkueläimet reagoivat epäsuotuisiin ympäristöolosuhteisiin koteloitumalla: ne erittävät paksun, sitkeän seinämän ympärilleen ja siirtyvät käytännössä lepotilaan, joka on verrattavissa horrokseen. Kyky muodostaa vastustuskykyinen kysta on laajalle levinnyt erilaisissa protistaniryhmissä, ja se kehittyi todennäköisesti jo varhain niiden evoluutiohistoriassa. Lepokystat kulkeutuvat myös helposti tuulen mukana, ja ne muodostavat tärkeän leviämiskeinon lajeille, jotka elävät maaperässä tai ovat yleisiä efemerisissä lammikoissa ja altaissa. Ilmastossa, jossa on selviä kylmiä vuodenaikoja, kysta voi olla tärkeä vaihe vuotuisessa elinkierrossa.
Kystan seinämä koostuu vaihtelevasta määrästä kerroksia, joiden osat riippuvat lajista. Kystaantumisprosessin aikana alkueläinsolu käy läpi useita muutoksia, jotka vähentävät huomattavasti organismin monimutkaisuutta. Lippulajit ja sädekehät menettävät lippulajinsa ja säikeensä, supistuva vakuoli ja ravintovakuolit katoavat, ja organellien jakautuminen solun sisällä voi järjestäytyä uudelleen. Joillakin lajeilla solun tilavuus pienenee huomattavasti. Nämä muutokset muuttuvat päinvastaisiksi erkaantumisprosessin aikana.
Tietyt merelliset planktoniset tintinnidit on ohjelmoitu purkautumaan kystistään massoittain sellaisina vuodenaikoina, jolloin ravintoa on runsaasti. Esimerkiksi Helicostomella subulata erkaantuu kesäkuussa lauhkeissa vesissä ja on runsaslukuinen heinäkuusta lokakuuhun. Se kystaantuu uudelleen lokakuussa ja vajoaa sedimenttiin, jossa se pysyy seuraavaan vuoteen asti. Kysta on normaali osa vuotuista elinkiertoa, ja jopa tämän sädesienen laboratoriopopulaatiot kystaantuvat samaan aikaan kuin luonnollinen populaatio. Tämäntyyppinen elintapamalli on osoitettu useilla muilla sädesienillä ja joillakin ameeboilla.
Maailmassa eläville alkueläimille kysta on tärkeä turvapaikka, kun maaperän kosteus katoaa tai kun maaperän vesi jäätyy. Maaperässä, joka on alttiina jäätymiselle ja ajoittaiselle lyhytaikaiselle sulamiselle, alkueläimet erkaantuvat nopeasti, syövät ja lisääntyvät ja erkaantuvat sitten uudelleen, kun maaperän vesi muuttuu tilapäisesti niiden saataville.
Kysta on tärkeässä asemassa useiden sellaisten loisperäisten alkueläinten elinkierrossa, joilla on vapaana elävä levittäytymisvaihe, kuten Entamoeba histolytica ja Cryptosporidium. Kystat erittyvät isännän ulosteeseen ja selviytyvät vedessä tai maaperässä. Ihminen saa tartunnan yleensä juomalla saastunutta vettä tai syömällä raakoja hedelmiä ja vihanneksia, jotka on kasvatettu siellä, missä ihmisen ulosteita käytetään lannoitteena.
A.L. Leu
Jotkut makean veden alkueläimet, erityisesti sädesienet Spirostomum, Loxodes ja Plagiopyla, välttelevät epämiellyttäviä olosuhteita, erityisesti hapen puutetta, hylkäämällä pohjalla asuvan elämäntapansa ja uimalla ylöspäin asettautuakseen tasolle, jossa on jonkin verran happea saatavilla, mutta jossa ne eivät kilpaile suoranaisesti planktonisten lajien kanssa. Ne pysyvät siellä, kunnes järven pohjassa on taas happea saatavilla, jolloin ne vaeltavat alaspäin.
Mixotrofian, johon liittyy leväsymbioosi ja planktonisten alkueläinten harjoittama fotosynteettisen saaliin plastidien pidättäminen ja sitominen, uskotaan olevan sopeutumista vesistöihin, joissa ravintoa on vähän. Plastideja säilyttävät sädesienet näyttävät olevan paljon yleisempiä vesissä, joissa ravintoa on niukasti, kuin tuottavissa vesissä. Tämän mixotrofian muodon ja ekosysteemin tuottavuuden välillä on käänteinen suhde.