Farmasian korkeakoulu perustettiin ja avattiin vuonna 1903 nimellä School of Pharmacy, ja se sijaitsi Science Hallissa. Koulun osa-aikaisena dekaanina toimi paikallinen lääkäri, tohtori Samuel C. Benedict, ja farmasian osa-aikaisena professorina paikallinen farmaseutti H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer. Tohtori Benedict opetti myös Materia Medicaa. Science Hall tuhoutui tulipalossa tuon ensimmäisen vuoden marraskuussa, joten farmasian laitos siirrettiin Terrell Hallin kellariin.
Koulu palkkasi Robert C. Wilsonin ensimmäiseksi kokopäiväiseksi henkilökunnan jäseneksi lukuvuoden 1907-08 alusta (Wilson oli George Foster Piercen pojanpoika). Ensimmäinen valmistuneiden ryhmä aloitti vuonna 1908 ansaitsemalla farmasian tutkinnon (Ph.G.).
Dekaani Benedictin kuoltua vuonna 1914 Robert Wilsonista tuli koulun johtaja, ja hän toimi siinä tehtävässä vuoteen 1948 asti. Wilson nimitettiin farmasian tiedekunnan dekaaniksi vuonna 1924. Koulu muutti myöhemmin nimensä College of Pharmacyksi. Vuonna 1926 koulusta tuli yksi maan ensimmäisistä, joka tarjosi nelivuotisen farmasian kandidaatin tutkinnon. Se myös lakkautti kaksivuotisen Ph.G.-tutkintoreitin tuolloin.
Koulun sijainti säilyi Terrell Hallissa vuoteen 1939 asti, jolloin se muutti vastikään uudistetun New College -rakennuksen toiseen ja kolmanteen kerrokseen. 1940-luvulla Robert W. Woodruff teki useita lahjoituksia rahoittaakseen annostelulaboratorion, apteekin ja farmakologian laboratorion.
Korkeakoulun luonnontieteiden maisteriohjelma alkoi vuonna 1951 ja tohtoriohjelma vuonna 1964, ja ensimmäiset tohtorin tutkinnot myönnettiin vuonna 1967. Koulu muutti nykyisiin tiloihinsa, Robert C. Wilson Pharmacy Buildingiin, vuonna 1964; rakennus nimettiin kuitenkin Wilsonin mukaan vasta vuonna 1978 (tohtori Wilsonin 100-vuotissyntymäpäivänä).
Dr. Stuart Feldman Houstonin yliopistosta nimitettiin dekaaniksi vuonna 1991. Hänen toimikautensa aikana College sai Georgian osavaltion arpajaisvaroja teknologian lisäämiseksi opetuksessa, ja Millikan Educational Resources Center muutettiin tietokonelaboratorioksi opiskelijoiden käyttöön. Kansallisen suuntauksen mukaisesti opetussuunnitelmaa muutettiin neljännesvuosijärjestelmästä lukukausijärjestelmään, ja aloitettiin farmasian tohtorin tutkinto (PharmD) ja ei-perinteinen farmasian tohtorin koulutusohjelma (Doctor of Pharmacy Pathway Program). Kokopäiväinen kokemuskoordinaattori palkattiin.
Tohtori Svein Øie Kalifornian San Franciscon yliopistosta tuli dekaaniksi 1. tammikuuta 2000. Hänen johdollaan korkeakoulu on kasvattanut luokkakokojaan, laajentanut alueellista läsnäoloaan, ollut mukana perustamassa lääkeainetutkimuskeskusta ja joukkotuhoaseiden torjuntakeskusta, lisännyt monitieteistä tutkimusta ja vahvistanut tutkimuspainotteisuuttaan.
Korkeakoulu on osallistunut aktiivisesti erikoistumiskoulutukseen. Vuonna 2003 kollegio vietti satavuotisjuhliaan. Varainhankintaponnistelut ovat lisänneet stipendien ja lahjoitusprofessuurien määrää sekä lisänneet käytettävissä olevia varoja rakennusten parantamiseen. Vuonna 2007 Georgian lainsäätäjä hyväksyi 44 miljoonan dollarin rahoituksen koulun 93 288 neliöjalan lisärakennukselle. Uusi Pharmacy South -niminen rakennus rakennettiin Robert C. Wilsonin apteekkirakennuksen viereen, ja se vihittiin käyttöön syyskuussa 2009. Yli 60 prosenttia Wilsonin rakennuksesta remontoitiin vuonna 2010. Korkeakoulu on solminut kumppanuuden Georgian Regents University’s Medical College of Georgian kanssa, joka sijaitsee Augustassa, Georgiassa. Syksyllä 2013 korkeakoulu perusti uuden farmasian kandidaatin tutkinnon.