En Chine, ils existent depuis 500 avant JC. En 1630, plus de 500 variétés y étaient déjà mentionnées. En Europe, notamment en Hollande, ils sont connus depuis le milieu du XVIIe siècle, mais leur diffusion générale n’a eu lieu qu’au XIXe siècle. Le chrysanthème a d’abord été apprécié en Chine comme plante médicinale.
Il est classé dans le plus ancien matériel médical chinois, le Shennong Ben Cao Jing (début de l’ère moderne), dans la catégorie des drogues supérieures et fait partie des produits liés à la recherche de l’immortalité. « En usage prolongé, il lève l’inhibition du sang et du qi, allège le corps, ralentit le vieillissement et prolonge la vie » dit le classique. « Alléger le corps » était un objectif pour atteindre l’état éthéré des Immortels capables de voler et de « chevaucher les nuages ». À partir des dynasties Jin et Tang (vers le Ve siècle de notre ère), le chrysanthème a commencé à être apprécié comme plante ornementale, tout en continuant à être utilisé pour des raisons diététiques.
La première monographie sur le chrysanthème a été publiée en 1104 de notre ère. Liu Meng (劉蒙),:296-97 l’auteur d’un « Traité du chrysanthème » (菊譜),:242 classe les chrysanthèmes selon leurs couleurs : les normaux sont jaunes, puis viennent les blancs, les violets et enfin les rouges. Il énumère un total de 35 variétés cultivées que l’on pouvait observer dans les jardins proches des sanctuaires bouddhistes des grottes de Longmen. Au XVIe siècle, le célèbre médecin et herboriste Li Shizhen, dans son Grand traité de matière médicale, fait état d’une centaine de cultivars. Il leur attribue des propriétés médicinales telles que « l’élimination de la chaleur et des toxines », « l’amélioration de l’acuité visuelle », etc. En 1630, un recensement de plus de 500 cultivars 17 et environ 2000 au début du 20ème siècle.
Le premier auteur européen à mentionner le chrysanthème est Jacobus Breynius (Jacob Breyn) en 1689 dans son Prodromus Plantarum Rariorum. Ce marchand et botaniste décrit la Matricaria japonica maxima, comme une plante à fleurs très élégante, double, rose ou rouge clair 20 et existant en plusieurs variétés. La première description botanique du chrysanthème des fleuristes revient à Thomas d’Audibert de Ramatuelle. En 1792, dans le Journal d’histoire naturelle, ce botaniste décrit la plante cultivée, à grandes fleurs purpurines, rapportée de Chine par le navigateur Marseillais Blancard, sous le nom de « Camomille à grandes fleurs », Anthemis grandiflora. Il insiste pour la distinguer du Chrysanthemum indicum de Linnaeus à petites têtes jaunes. Il propose dans une note de l’appeler aussi Chrysanthemum morifolium. A partir de cette première plante cultivée rapportée de Chine en 1789 par Blancard, puis de celles rapportées (de Chine en 1846 et du Japon en 1863) seront créés en Europe des milliers de cultivars et d’hybrides. Rejoint des milliers de cultivars développés indépendamment en Chine et au Japon, il existe actuellement un énorme complexe de cultivars (estimé de 20 000 à 30 000).
L’auteur Wilhelm Miller écrit : « Les chrysanthèmes communs des fleuristes (C. hortorum) sont souvent appelés ‘grandes fleurs’ et ‘chrysanthèmes d’automne’, pour les distinguer des espèces rustiques d’extérieur. Ils sont le produit du mélange de C. indicum et C. morifolium, deux espèces de plantes qui poussent à l’état sauvage en Chine et au Japon. Les chrysanthèmes d’extérieur ou rustiques sont dérivés de la même espèce, mais sont des formes moins développées. Le chrysanthème du fleuriste n’est pas nécessairement un sujet de serre. »
Les plus de 1 000 variétés qui existent en Europe depuis le XIXe siècle se divisent en de nombreuses variétés. Les hybrides indicum comme groupe le plus ancien ont pour parent le chrysanthème (Chrysanthemum indicum).