FLAG-tag, ou octapeptide FLAG, ou épitope FLAG, est une étiquette protéique polypeptidique qui peut être ajoutée à une protéine en utilisant la technologie de l’ADN recombinant, ayant le motif de séquence DYKDDDDK (où D=acide aspartique, Y=tyrosine, et K=lysine). Il s’agit de l’une des étiquettes les plus spécifiques et d’un antigène artificiel pour lequel des anticorps monoclonaux spécifiques de haute affinité ont été développés. Il peut donc être utilisé pour la purification des protéines par chromatographie d’affinité et pour la localisation des protéines dans les cellules vivantes. Il a été utilisé pour séparer les protéines recombinantes surexprimées des protéines de type sauvage exprimées par l’organisme hôte. Il peut également être utilisé pour isoler des complexes protéiques à sous-unités multiples, car sa procédure de purification douce tend à ne pas perturber ces complexes. Il a été utilisé pour obtenir des protéines d’une pureté et d’une qualité suffisantes pour effectuer la détermination de la structure 3D par cristallographie aux rayons X.
Une étiquette FLAG peut être utilisée dans de nombreux essais différents qui nécessitent une reconnaissance par un anticorps. S’il n’existe pas d’anticorps contre une protéine donnée, l’ajout d’un FLAG-tag à une protéine permet d’étudier la protéine avec un anticorps contre la séquence FLAG. Il s’agit par exemple d’études de localisation cellulaire par immunofluorescence, immunoprécipitation ou détection par électrophorèse des protéines SDS PAGE et Western blotting.
La séquence peptidique du FLAG-tag de l’extrémité N-terminale à l’extrémité C-terminale est : DYKDDDDK (1012 Da). De plus, elle peut être utilisée en tandem, communément le peptide 3xFLAG : DYKDHD-G-DYKDHD-I-DYKDDDDK (l’étiquette finale codant pour un site de clivage de l’entérokinase). Il peut être fusionné à l’extrémité C-terminale ou N-terminale d’une protéine, ou inséré dans une protéine. Certains anticorps disponibles dans le commerce (par exemple, M1/4E11) reconnaissent l’épitope uniquement lorsqu’il est présent à l’extrémité N-terminale. Cependant, d’autres anticorps disponibles (par exemple, M2) sont insensibles à la position. Le résidu tyrosine dans le FLAG-tag peut être sulfaté, ce qui peut affecter la reconnaissance de l’épitope FLAG par les anticorps. Le FLAG-tag peut être utilisé en conjonction avec d’autres tags d’affinité, par exemple un tag polyhistidine (His-tag), HA-tag ou myc-tag.