La position géographique des Indes orientales à cheval sur des systèmes de vents et des routes commerciales importants a profondément influencé son histoire. Son climat et son activité géologique ont formé ses terres et créé l’archipel.
Auparavant, selon les géologues, il n’y avait pas d’îles dans l’ancienne mer qui séparait l’Asie et l’Australie. La couche externe de la Terre est divisée en de nombreux blocs rigides, appelés plaques tectoniques, qui se déplacent lentement à la surface de la Terre. Certaines des îles des Indes orientales ont été créées lorsqu’une plaque sous-marine a commencé à entrer en collision avec une autre plaque. La chaleur et le mouvement d’une plaque surpassant l’autre ont soulevé des crêtes de croûte, et les sommets ont formé des îles. Ces forces géologiques se manifestent aujourd’hui par des geysers, des volcans actifs et des tremblements de terre fréquents dans les Indes orientales. D’autres mouvements des plaques sont évidents dans la forme tordue de certaines îles, comme les quatre bras de Célèbes.
Les mers entre les îles sont très peu profondes, et les courants sont forts. Il est difficile pour les grands navires de passer entre la plupart des îles, et le chemin est long pour les contourner. Pendant des siècles, les navires faisant du commerce entre l’Europe, l’Afrique, la péninsule arabique et l’Inde à l’ouest et la Chine, le Japon et l’ouest des États-Unis à l’est sont passés entre Sumatra et la péninsule malaise par les eaux profondes connues sous le nom de détroit de Malacca.
La distribution des plantes et des animaux dans les Indes orientales, ainsi que d’autres preuves, a conduit les scientifiques à conclure que certaines des îles occidentales étaient autrefois reliées par voie terrestre à l’Asie du Sud-Est continentale. La Nouvelle-Guinée était autrefois reliée à l’Australie. Les mers relativement peu profondes entre la péninsule malaise et les îles de Sumatra, Java, Bali et Bornéo ont une profondeur de moins de 90 mètres. Les animaux du continent, comme les tigres, les rhinocéros et les singes, vivent sur ces îles. Sur les îles situées à l’est, en revanche, les animaux ressemblent à ceux de l’Australie. Le naturaliste Alfred Russel Wallace a cartographié cette division, connue aujourd’hui sous le nom de ligne de Wallace, et l’a publiée en 1869. En étudiant la façon dont les oiseaux se répandaient et changeaient d’espèces entre les îles, Wallace est arrivé à la théorie de l’évolution indépendamment de Charles Darwin.
Les forêts tropicales luxuriantes, les palmiers, les fougères, les bambous et les fleurs éclatantes des Indes orientales font partie de sa fable. Elles résultent d’un climat équatorial généralement chaud et humide. Les précipitations dans la plupart des endroits se situent entre 100 et 150 pouces (250 et 380 centimètres) par an. Au niveau de la mer, la température se situe généralement entre 26 et 32 degrés Celsius (80 et 90 degrés Fahrenheit) toute l’année. Les îles sont toutefois montagneuses et de nombreux endroits se trouvent dans l’ombre pluviométrique d’une montagne et ne reçoivent que peu de pluie, voire des pluies saisonnières. Sur les montagnes et les plateaux les plus élevés, le climat est subtropical, et les sommets au-dessus de 3 050 mètres (10 000 pieds) ont un climat frais et même de la neige. Les îles les plus septentrionales sont fortement influencées par les vents de mousson dans leur régime pluvial.
Les vents changeants étaient très importants pour le commerce et la navigation jusqu’à ce que le bateau à vapeur soit développé au 19ème siècle. Les marchands naviguaient de la Chine à Sumatra lors de la mousson du nord-est, stockaient leurs marchandises dans des entrepôts et prenaient des cargaisons en provenance d’Inde ou du Moyen-Orient. Puis, lors de la mousson du sud-ouest, ils retournaient en Chine tandis que les marchands arrivaient d’Inde, déchargeaient leurs cargaisons, embarquaient les marchandises chinoises dans les entrepôts et retournaient en Inde lors de la mousson du nord-est suivante. C’est ainsi que les villes et les empires ont prospéré dans les Indes.