La musique cubaine est populaire en Afrique subsaharienne depuis le milieu du XXe siècle. C’est la musique cubaine, plus que toute autre, qui a fourni le modèle initial de l’afropop. Pour les Africains, la musique populaire cubaine basée sur la clave sonnait à la fois familière et exotique. L’Encyclopédie de l’Afrique v. 1. déclare:
« À partir des années 1940, des groupes afro-cubains tels que le Septeto Habanero et le Trio Matamoros ont acquis une grande popularité dans la région du Congo grâce à la diffusion sur Radio Congo Belge, une puissante station de radio basée à Léopoldville (aujourd’hui Kinshasa RDC). Une prolifération de clubs de musique, de studios d’enregistrement et de concerts de groupes cubains à Léopoldville a stimulé la tendance de la musique cubaine à la fin des années 1940 et dans les années 1950. »
Les groupes congolais ont commencé à faire des reprises cubaines et à chanter les paroles phonétiquement. Bientôt, ils créaient leurs propres compositions originales de type cubain, avec des paroles en français. Les Congolais ont appelé cette nouvelle musique rumba, bien qu’elle soit réellement basée sur le son. Les Africains ont adapté les guajeos aux guitares électriques et leur ont donné leur propre saveur régionale. La musique à base de guitare s’est progressivement répandue à partir du Congo, en prenant de plus en plus les sensibilités locales. Ce processus a finalement abouti à l’établissement de plusieurs genres régionaux distincts différents, comme les soukous.
La musique populaire cubaine a joué un rôle majeur dans le développement de nombreux genres contemporains de musique populaire africaine. John Storm Roberts déclare : « C’est la connexion cubaine, mais aussi de plus en plus la salsa new-yorkaise, qui a fourni les influences majeures et durables – celles qui sont allées plus loin que l’imitation antérieure ou la mode passagère. La connexion cubaine a commencé très tôt et devait durer au moins vingt ans, étant progressivement absorbée et réafricanisée. » Le retraitement des motifs rythmiques afro-cubains par les Africains permet de boucler la boucle.
Le retraitement des motifs harmoniques révèle une différence de perception frappante. La progression harmonique I IV V IV, si courante dans la musique cubaine, est entendue dans la musique pop sur tout le continent africain, grâce à l’influence de la musique cubaine. Ces accords évoluent conformément aux principes de base de la théorie musicale occidentale. Cependant, comme le souligne Gerhard Kubik, les interprètes de la musique populaire africaine ne perçoivent pas nécessairement ces progressions de la même manière : « Le cycle harmonique de C-F-G-F proéminent dans la musique populaire du Congo/Zaïre ne peut tout simplement pas être défini comme une progression de la tonique à la sous-dominante à la dominante et de nouveau à la sous-dominante (sur laquelle il se termine) parce que dans l’appréciation de l’interprète, ils ont un statut égal, et non pas un ordre hiérarchique comme dans la musique occidentale. »
La plus grande vague de musique d’origine cubaine à toucher l’Afrique a pris la forme de la salsa. En 1974, les Fania All Stars se sont produits au Zaïre (connu aujourd’hui sous le nom de République démocratique du Congo), en Afrique, au Stadu du Hai de Kinshasa, qui compte 80 000 places. Ce concert a été filmé et publié sous le titre Live In Africa (Salsa Madness au Royaume-Uni). L’apparition zaïroise a eu lieu lors d’un festival de musique organisé à l’occasion du combat pour le titre de champion des poids lourds entre Muhammad Ali et George Foreman. À cette époque, les genres musicaux locaux sont déjà bien établis. Néanmoins, la salsa s’est répandue dans de nombreux pays africains, notamment en Sénégambie et au Mali. La musique cubaine avait été la favorite des boîtes de nuit sénégalaises dans les années 1950 à 1960. Le groupe sénégalais Orchestra Baobab joue dans un style salsa de base avec des congas et des timbales, mais avec l’ajout d’instruments et de paroles wolofs et mandingues.
Selon Lise Waxer : « La salsa africaine ne pointe pas tant vers un retour de la salsa sur le sol africain (Steward 1999 : 157) que vers un processus complexe d’appropriation culturelle entre deux régions du soi-disant tiers-monde. » Depuis le milieu des années 1990, les artistes africains sont également très actifs à travers le super-groupe Africando, où des musiciens africains et new-yorkais se mêlent à de grands chanteurs africains comme Bambino Diabate, Ricardo Lemvo, Ismael Lo et Salif Keita. Il est encore courant aujourd’hui qu’un artiste africain enregistre un air de salsa, et y ajoute sa touche régionale particulière.