Pierpont Morgan descendait de cinq générations de citoyens distingués de la Nouvelle-Angleterre – les deux côtés de sa famille étaient venus au Nouveau Monde avant la Révolution. L’un de ses ancêtres maternels était James Pierpont, un des fondateurs de Yale, dont la fille épousa Jonathan Edwards. Plus loin dans la lignée, on trouve le révérend John Pierpont, le grand-père maternel de Pierpont, pasteur unitarien, poète et militant radical contre l’esclavage et pour la tempérance. Du côté des Morgan, le grand-père de Pierpont, Joseph, a cofondé l’Aetna Insurance Company et a laissé un patrimoine d’environ 1 million de dollars en 1847. Junius Morgan (le fils de Joseph) a épousé la fille du révérend Pierpont, Juliet, en 1836. Un an plus tard, leur premier enfant, Pierpont, est né à Hartford. Ils eurent également trois filles – Sarah, Mary et Juliet – et le seul frère de Pierpont, Junius, qui ne vécut que jusqu’à l’âge de onze ans.
Après son succès dans une entreprise de produits secs de Hartford, Junius Morgan accepta un partenariat dans la maison d’investissement de George Peabody & Co. (qui deviendra plus tard J. S. Morgan & Co.,) et installe toute sa famille à Londres en 1854. Pierpont venait d’être diplômé de la English High School de Boston. Pour préparer son fils à une carrière dans la banque internationale, Junius envoie Pierpont en Europe après le lycée pour apprendre le français et l’allemand. Lorsqu’il commence à travailler comme apprenti banquier à New York en 1857, à l’âge de vingt ans, il parle couramment les deux langues et connaît plus de cultures que la plupart des Américains de son époque. Pendant les trente années suivantes, son père et lui ont travaillé ensemble pour canaliser les capitaux de l’Europe vers l’économie américaine émergente, et Pierpont traversait l’Atlantique au moins une fois par an pour rencontrer ses partenaires londoniens et poursuivre son éducation culturelle européenne.