Dans la bataille de l’Atlantique, le HMS Rajputana a escorté plusieurs convois de l’Atlantique Nord depuis les Bermudes et Halifax, en Nouvelle-Écosse, sous la direction du capitaine F. H. Taylor, dont les BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 et BHX 117.
Ses navires jumeaux SS Rawalpindi, SS Ranchi et SS Ranpura ont également été convertis en croiseurs marchands armés. À l’exception de petites corvettes, les navires à passagers convertis comme le HMS Rajputana constituaient la seule protection armée de la plupart des premiers convois. Avec leurs canons de 6 pouces (152 mm), ils sont les seules escortes capables d’engager les navires de surface allemands. Très peu de convois recevaient la protection des plus grands croiseurs ou cuirassés.
Le 13 avril 1941, quatre jours après s’être séparé du convoi HX 117, il fut torpillé par le U-108 sous Klaus Scholtz dans le détroit du Danemark à l’ouest de Reykjavík, en Islande. Il a coulé plus d’une heure plus tard avec la perte de 42 hommes, dont son dernier capitaine civil, le commandant C. T. O. Richardson. Au total, 283 membres de son équipage ont été sauvés par le destroyer HMS Legion, certains d’entre eux après avoir passé douze heures dans des canots de sauvetage surpeuplés. Parmi les survivants se trouvait Daniel Lionel Hanington, qui devint plus tard un contre-amiral de la Marine royale canadienne.
Parmi ses navires jumeaux, deux survécurent à la guerre. Le 23 novembre 1939, alors qu’il était en « patrouille nordique » pour garder la brèche GIUK, le HMS Rawalpindi a engagé le combat contre les cuirassés allemands Scharnhorst et Gneisenau. Il a empêché la percée des navires, mais a lui-même été coulé au sud-est de l’Islande dans le passage Islande-Féroé. Le HMS Ranchi a survécu à la guerre et a été mis au rebut à Newport en 1953. Le HMS Ranpura a été vendu à l’Amirauté en 1943 et transformé en navire de réparation. Il a servi dans la Royal Navy comme navire de dépôt de la flotte jusqu’en 1961, date à laquelle il a été démantelé. Il a pris part à l’invasion britannique de l’Egypte en 1956.