Aujourd’hui, j’ai commencé à réviser le matériel du MCAT afin que lorsque l’école de médecine arrive dans quelques mois, je puisse frapper le sol en courant. Je ne suis pas un fan de la mémorisation des choses, mais il y a quelques endroits où il ne peut pas être aidé. Connaître les acides aminés est un bon exemple.
J’ai trois acronymes pour m’aider à me souvenir du nom de chaque acide aminé. Deux d’entre eux m’incitent également à me souvenir de la structure de l’acide aminé. Chaque acronyme représente un groupe d’acides aminés, et chaque groupe est basé sur le caractère électronique de la chaîne latérale de la molécule. Notez que les acronymes utilisent les abréviations à une lettre des acides aminés:
Chaînes latérales non polaires : « Grand-mère se rend toujours à Londres en mai pour la fête de Winston » (G, A, V, L, I, M, F, W, P)
Chaînes latérales polaires : « L’équipe du Père Noël fabrique de nouvelles courtepointes chaque année » (S, T, C, N, Q, Y)
Chaînes latérales à charge électrique : « Les dragons mangent des chevaliers chevauchant des chevaux » (D, E, K, R, H)
Bien que ces outils puissent vous convenir, mémoriser les acides aminés demandera quand même du travail. Je recommande de prendre quelques feuilles de papier en marchant à travers ces quatre étapes :
Premièrement, écrivez la séquence de lettres de chaque acronyme dans des zones séparées de la page, en laissant de l’espace pour dessiner chaque acide aminé. Dites l’acronyme à haute voix à vous-même au fur et à mesure. (Au début, vous voudrez également écrire le nom complet et l’abréviation en trois lettres de chaque acide aminé. Plus tard, lorsque vous connaîtrez le nom des 20 molécules, vous serez probablement plus sûr de n’écrire que le code à trois lettres)
Deuxièmement, dessinez la structure fondamentale de l’acide aminé (le carbone alpha, le groupe amino et le groupe acide carboxylique) au-dessus de chaque lettre. Vous pouvez représenter cette structure soit sous forme de projection de Fischer (comme dans l’image ci-dessus), soit sous forme de figure stéréochimique. Rappelez-vous que les groupes amino et carboxyle sont ionisés à pH 7, tout comme les chaînes latérales chargées électriquement.
Troisièmement, attaché à chaque structure fondamentale, dessinez la chaîne latérale appropriée. Pensez à haute voix pendant que vous dessinez chaque chaîne latérale – cela vous aidera à mieux vous souvenir. Faites attention à l’ordre de l’acronyme et aux changements de structure lorsque vous passez d’une chaîne latérale à la suivante.
Enfin, rincez et répétez. Faites cet exercice une fois par jour pendant une semaine, puis une fois tous les deux jours pendant une semaine, et enfin une ou deux fois par semaine à l’avenir. Plus tard, essayez de dessiner les chaînes latérales à l’envers ou dans un ordre aléatoire pour un défi supplémentaire.
Ok, maintenant que nous avons un plan de jeu, regardons de plus près ces acronymes :
Chaînes latérales non polaires :
« Grand-mère se rend toujours à Londres en mai pour la fête de Winston »
- Glycine, Gly, G
- Alanine, Ala, A
- Valine, Val, V
- Leucine, Leu, L
- Isoleucine, Ile, I
- Méthionine, Met, M
- Phénylalanine, Phe, F
- Tryptophane, Trp, W
- Proline, Pro, P
Pour se rappeler que c’est l’acronyme des chaînes latérales non polaires, il faut se rappeler que Londres, en Angleterre, n’est pas située près des pôles de la Terre. De plus, il peut être utile d’associer Londres à Winston Churchill (le premier ministre du Royaume-Uni pendant la Seconde Guerre mondiale) et, par extension, au 8 mai (jour de la Victoire en Europe, qui célèbre la reddition officielle de l’Allemagne nazie aux Alliés).
Les fauteurs de trouble du groupe non polaire sont la phénylalanine (F) et le tryptophane (W). Bien sûr, l’abréviation d’une lettre de la phénylalanine devrait être relativement facile à se rappeler parce que les deux premières lettres, « ph », sont prononcées comme si elles étaient un « F ». En attendant, une astuce pour se souvenir de l’abréviation du tryptophane consiste à imaginer une lettre W latérale formée par plusieurs des liaisons dans les anneaux à cinq et six membres de la chaîne latérale.
Chaînes latérales polaires :
« L’équipe du père Noël fabrique de nouvelles courtepointes chaque année »
- Sérine, Ser, S
- Thréonine, Thr, T
- Cystéine, Cys, C
- Asparagine, Asn, N
- Glutamine, Gln, Q
- Tyrosine, Tyr, Y
Pour se rappeler qu’il s’agit de l’acronyme des chaînes latérales polaires, il suffit de demander à un enfant de cinq ans où vivent le Père Noël et son équipe d’elfes : au pôle Nord, bien sûr ! (Ma mère est vraiment à fond dans le matelassage et la couture, il est donc utile pour moi d’associer les quilts aux cadeaux de Noël.)
Les fauteurs de trouble du groupe polaire sont l’asparagine (N), la glutamine (Q) et la tyrosine (Y). Une façon de traiter les deux premiers est de passer directement à l’astuce pour se souvenir de l’aspartate et du glutamate (voir la fin de ce billet pour une note sur l’asparagine et la glutamine). En attendant, je me souviens que la tyrosine a l’abréviation Y parce que cette lettre est la deuxième du nom complet, et parce que si la chaîne latérale est dessinée vers le bas, deux des liaisons du cycle phényle et la liaison avec le groupe hydroxyle peuvent former un Y imaginaire.
La cystéine est aussi un peu délicate, mais seulement parce que l’autre façon officielle d’épeler le nom, « cystine » fait référence à la forme oxydée des acides aminés.
Chaînes latérales chargées électriquement :
« Les dragons mangent des chevaliers à cheval »
- Aspartate, Asp, D
- Glutamate, Glu, E
- Lysine, Lys, K
- Arginine, Arg, R
- Histidine, His, H
Par élimination, vous saurez que cet acronyme fait référence au groupe restant d’acides aminés. Comme ces méchants dragons, presque chaque molécule ici est un fauteur de troubles : l’aspartate (D), le glutamate (E), la lysine (K) et l’arginine (R).
Il y a deux astuces sur le thème de la nourriture que j’utilise pour me souvenir de l’aspartate (D) et du glutamate (E). Premièrement, j’associe le suffixe « -ate » à l’idée de dragons qui mangent. Deuxièmement, lorsque je regarde les abréviations des deux acides aminés, « Asp » et « Glu », je pense à la phrase « Aspiring Gluttons ». En revanche, pour la lysine (K), je me souviens simplement que L suit K dans l’alphabet. Et l’abréviation d’une lettre de l’arginine devrait être relativement facile à se rappeler parce que les deux premières lettres, « ar », se prononcent comme le nom de la lettre R.
Note sur l’asparagine et la glutamine:
L’asparagine (N) et la glutamine (Q) sont identiques à l’aspartate (D) et au glutamate (E), sauf que les deux premiers ont un groupe amino alors que les deux derniers ont un oxygène chargé négativement. Il est utile que les abréviations à trois lettres de l’asparagine (N) et de la glutamine (Q) soient respectivement Asn et Gln – le fait que les deux contiennent la lettre » n » me rappelle l’atome d’azote présent dans leurs chaînes latérales aminées.