Voor het grootste deel leven parasitaire protozoën in een tamelijk constante omgeving. De temperatuur in de gastheer schommelt niet of nauwelijks, uitdroging is geen risico, en er is voortdurend voedsel voorhanden. Vrijlevende protisten daarentegen worden geconfronteerd met korte- of langetermijnveranderingen in temperatuur, zuurtegraad van het water, voedselaanbod, vochtigheid en licht. Veel protozoën reageren op ongunstige milieuomstandigheden door te encysten: zij scheiden een dikke, taaie wand rond zichzelf af en komen in een toestand van rust, vergelijkbaar met een winterslaap. Het vermogen om een resistente cyste te vormen is wijdverspreid bij diverse protistengroepen en is waarschijnlijk al vroeg in hun evolutionaire geschiedenis ontwikkeld. Rustende cysten worden ook gemakkelijk door de wind meegevoerd en vormen een belangrijk verspreidingsmiddel voor soorten die in de bodem leven of veel voorkomen in efemere vijvers en poelen. In klimaten met duidelijke koude seizoenen kan de cyste een belangrijke fase vormen in de jaarlijkse levenscyclus.
De cystewand is opgebouwd uit een wisselend aantal lagen, waarvan de componenten afhankelijk zijn van de soort. Tijdens het encystmentproces ondergaat de protozoaire cel een reeks veranderingen die de complexiteit van het organisme aanzienlijk verminderen. Vlagvormige organismen en ciliaten verliezen hun flagellen en trilharen, de samentrekkende vacuole en de voedselvacuoles verdwijnen, en de verdeling van de organellen binnen de cel kan worden gereorganiseerd. Bij sommige soorten vermindert het celvolume aanzienlijk. Deze veranderingen worden omgekeerd tijdens het proces van excystment.
Zekere planktonische mariene tintinniden zijn geprogrammeerd om massaal uit hun cysten te breken in perioden van het jaar wanneer het voedselaanbod overvloedig is. Helicostomella subulata, bijvoorbeeld, excysteert in juni in gematigde wateren en wordt talrijk van juli tot oktober. In oktober komt de cyste weer tot leven en zinkt naar het sediment, waar hij tot het volgende jaar blijft. De cyste is een normaal onderdeel van de jaarlijkse levenscyclus, en zelfs laboratoriumpopulaties van deze ciliate encysten op hetzelfde moment als de natuurlijke populatie. Dit type levensstrategie is aangetoond bij verschillende andere ciliaten en bij sommige amoeben.
Voor bodembewonende protozoën is de cyste een belangrijk toevluchtsoord wanneer bodemvocht verdwijnt of wanneer het bodemwater bevriest. In bodems die onderhevig zijn aan bevriezing en periodieke kortdurende dooi, excysten de protozoën snel, voeden zij zich en planten zij zich voort, waarna zij weer encysten wanneer het bodemwater tijdelijk niet voor hen beschikbaar is.
De cyste speelt een belangrijke rol in de levenscycli van verschillende parasitaire protozoën die een vrijlevend verspreidingsstadium hebben, zoals Entamoeba histolytica en Cryptosporidium. De cysten worden uitgescheiden in de ontlasting van de gastheer en overleven in water of grond. Mensen worden meestal besmet door het drinken van besmet water of het eten van rauwe groenten en fruit die worden geteeld op plaatsen waar menselijke uitwerpselen als meststof worden gebruikt.
A.L. Leu
Sommige zoetwaterprotozoën, met name de ciliaten Spirostomum, Loxodes en Plagiopyla, vermijden onaangename omstandigheden, vooral zuurstofgebrek, door hun bodemleven te verlaten en naar boven te zwemmen om zich te positioneren op een niveau waar wel wat zuurstof beschikbaar is, maar waar ze niet in directe concurrentie staan met planktonische soorten. Ze blijven daar totdat er weer zuurstof beschikbaar komt op de bodem van het meer, op welk moment ze naar beneden migreren.
Het wijdverbreide voorkomen van mixotrofie waarbij algen symbiose en het vasthouden en sekwestreren van de plastiden van fotosynthetische prooien door planktonische protozoën voorkomen, wordt verondersteld een aanpassing te zijn aan wateren waar voedsel beperkt is. Ciliaten die plastiden vasthouden, blijken veel vaker voor te komen in wateren waar voedsel schaars is dan in productieve wateren. Er bestaat een omgekeerd evenredige relatie tussen deze vorm van mixotrofie en de productiviteit van het ecosysteem.