Volgens The Lost Evidence is de vrouw in het midden die naar de oceaan kijkt waarschijnlijk Earhart, en een van de mannen links waarschijnlijk Noonan. De werkelijke identiteit van de personen op deze foto is onbekend.
Het “verloren bewijsmateriaal” in kwestie was een foto die in de Nationale Archieven in College Park is gevonden van Jaluit Atoll in het South Seas Mandate, het Japanse mandaat voor de Marshalleilanden. Op de foto staan twee Europees uitziende mensen. De documentaire stelde, via een forensisch analist die gespecialiseerd is in gezichtsherkenning, dat het “zeer waarschijnlijk” een foto is van een gevangen Earhart en Noonan. The Lost Evidence zegt ook dat een schuit op de achtergrond mogelijk een vliegtuig zou kunnen bevatten, en dat vliegtuig zou mogelijk de Electra kunnen zijn geweest. De foto was afkomstig van het Office of Naval Intelligence (ONI) en gemaakt voor de invasie van de Marshalleilanden in 1944 tijdens de Tweede Wereldoorlog. De documentaire suggereert dat een schip dat op de achtergrond te zien is en een Japanse vlag voert, de Kōshū Maru zou kunnen zijn, een Japans militair marineschip, dat betrokken zou zijn geweest bij het vervoer van de gevangenen. De documentaire suggereert dat de Kōshū Maru hen misschien naar Saipan heeft vervoerd, waar zij in gevangenschap zijn gestorven. De documentaire haalde ook bestaand bewijs aan voor de Japanse gevangenschapshypothese, zoals lokale bewoners die beweerden getuige te zijn geweest van een vliegtuigcrash op Mili Atoll. Ook werd gesuggereerd dat de Amerikaanse regering mogelijk op de hoogte was van de gevangenneming en deze kennis in de doofpot had gestopt.
Twee dagen na de publicatie van The Lost Evidence onderzocht de Japanse historicus en blogger Kota Yamano de kwestie, en publiceerde een blog-artikel waaruit de oorspronkelijke bron bleek van de foto die de ONI had gebruikt: een reisboek The Lifeline of the Sea: My South Sea Memoir (海の生命線 我が南洋のの姿, Umi no seimeisen : Waga nannyou no sugata), dat voor het eerst werd gepubliceerd in 1935. De laatste vlucht van Earhart en Noonan was in 1937, dus een foto uit 1935 zou geen verband houden met de verdwijning van Earhart en Noonan. In een interview met The Guardian bekritiseerde Yamano het werk achter de documentaire door te zeggen: “Ik vind het vreemd dat de makers van de documentaire de datum van de foto of de publicatie waarin hij oorspronkelijk verscheen niet hebben bevestigd. Dat is het eerste wat ze hadden moeten doen.” Yamano zei ook dat het slechts dertig minuten zoeken kostte om de bron te vinden. Op Twitter identificeerde Yamano (als @baron_yamaneko) het schip rechts op de foto als een ander schip genaamd Kōshū dat door geallieerde Japanse strijdkrachten in de Eerste Wereldoorlog in beslag werd genomen van het Duitse Rijk en niet de Kōshū Maru van de Japanse marine.
Skepticisme bestond al voor Yamano’s blogpost. Het Nationaal Archief schreef in een waarschuwing dat de versie van het Archief van de foto geen datum had. Dorothy Cochrane, een curator op de luchtvaartafdeling van het National Air and Space Museum, noemde het nieuwe bewijs slechts een “wazige foto” en haalde het bestaande bewijs aan van radio-uitzendingen die suggereerden dat de Electra op zijn minst in de buurt was van Howland Island, 800 mijl verwijderd van de Marshall Eilanden. Auteur Fukiko Aoki, die onderzoek deed en in 1982 het boek Looking for Amelia schreef, was vóór de onthullingen van Yamano al even kritisch. Aoki vond een oudere officier, die deel uitmaakte van de bemanning van de Kōshū Maru in 1937, die de betrokkenheid van het schip ontkende. Aoki deed vervolgens onderzoek naar het scheepsjournaal van de Kōshū Maru, waaruit bleek dat het 1.500 mijl verderop was ten tijde van de verdwijning van Earhart. Er werd ook beweerd dat om het afgelegen atol waar Earhart zou zijn neergestort te bereiken en daar op de een of andere manier te landen, Earhart, hoewel bijna geen brandstof meer, haar noordoostelijke koers zou moeten veranderen toen ze Howland Island naderde en honderden mijlen naar het noordwesten zou moeten vliegen. Bovendien, als Japanse ambtenaren Earhart hadden gevonden, zouden zij, gezien haar roem, een aanzienlijke motivatie hebben gehad om haar te redden en terug te brengen. De bewering dat de Amerikaanse regering de zaak in de doofpot zou hebben gestopt, werd ook bekritiseerd; in de documentaire wordt prominent melding gemaakt van “een rapport gedateerd 7 januari 1939 dat Earhart een gevangene was op de Marshalleilanden”. TIGHAR, een groep die pleit voor de Gardner Island-hypothese van de verdwijning, onderzocht het overheidsrapport uit 1939, dat niet moeilijk te vinden was, en ontdekte dat het een rapport was over een duidelijke grap – een ongeloofwaardig verhaal dat in Frankrijk was gevonden van iemand die zichzelf niet bekend maakte. Het bericht vertelde dat hij door de Japanners was ontvoerd, dat zijn bemanning was gedood, dat hij Earhart in hechtenis had gevonden en vervolgens naar Europa was gestuurd op een naamloos Japans schip. TIGHAR schreef dat de foto “noch verloren, noch bewijsmateriaal” was en dat de foto “precies was waar het zou moeten zijn, en precies was wat het was gelabeld om te zijn, een foto van Jaluit Harbor,” kritiek op het “verloren en verkeerd gearchiveerde foto” element van The Lost Evidence ook.
In reactie daarop annuleerde The History Channel heruitzendingen van de show, kondigde aan dat het niet beschikbaar zou zijn op streaming of on-demand platforms, en stopte geplande uitzendingen van de show in Canada en het Verenigd Koninkrijk. The History Channel schreef in een persbericht: “HISTORY heeft een team van onderzoekers die de laatste ontwikkelingen over Amelia Earhart onderzoeken, en we zullen transparant zijn in onze bevindingen … Uiteindelijk is historische nauwkeurigheid het belangrijkst voor ons en onze kijkers.”
Vanaf december 2017 is er nog geen reactie gekomen van het History Channel, waarvoor scepticus Ben Radford kritiek uitte op het netwerk en zijn professionaliteit.:3:20