Een eliminatiedieet is een gebruikelijke behandelingsoptie. Het is belangrijk om met een gekwalificeerde allergoloog/gastro-enteroloog te spreken, en een diëtist met ervaring in voedselallergieën te raadplegen alvorens een eliminatiedieet te volgen. Het eliminatiedieet wordt aangepast aan het individu. Sommige mensen kunnen specifieke voedingsmiddelen identificeren die de symptomen veroorzaken, maar de meesten kunnen dat niet. Het kan om meer dan één voedingsmiddel gaan. Sommige artsen stellen voor om tot 6/8 veel voorkomende voedselallergenen (melk, ei, soja, tarwe, pinda’s/boompitten, schelpdieren/vis) te verwijderen. Recente studies tonen aan dat melk, ei, tarwe en soja de meest voorkomende voedselallergieën van EoE zijn, en daarom kunnen sommige specialisten aanraden om alleen deze 4 voedselallergieën te verwijderen. Er is geen test (huidpriktest, bloedtest of patch test) die betrouwbaar de specifieke voedingstrigger(s) bij EoE kan aangeven. Bij elk eliminatiedieet is het belangrijk ervoor te zorgen dat het dieet in balans is, dat de groei op peil blijft en dat er een plan is om opnieuw te evalueren.
Een elementair dieet bestaat alleen uit een speciaal medisch voedingsmiddel, een zogenaamde elementaire formule, die aminozuren (de bouwstenen van eiwitten), vetten, suikers, vitaminen en mineralen bevat. Sommige mensen hebben een voedingssonde nodig om er zeker van te zijn dat ze genoeg van de formule binnenkrijgen of om de slokdarm rust te geven. De patiënt krijgt de formule een aantal weken alleen toegediend en krijgt dan een herhaalde endoscopie om te zien of er verbetering is opgetreden. Als de toestand is verbeterd, worden voedingsmiddelen geleidelijk weer in het dieet opgenomen en wordt vaak een herhalingsendoscopie verricht om te controleren of de herintroductie van voedingsmiddelen onder controle blijft.
Medicatie kan alleen worden gebruikt en/of samen met dieetbehandeling. De meest gebruikte geneesmiddelen bij EoE zijn corticosteroïden die worden doorgeslikt. Vaak worden fluticasonepuffer (die wordt doorgeslikt) of budesonideampullen (die tot een slurry worden aangemaakt) gebruikt. Deze geneesmiddelen bedekken de slokdarm en helpen de eosinofielen te verwijderen. Medicijnen tegen zure reflux kunnen ook worden gebruikt. De arts bepaalt welke medicijnen voor elk individu geschikt zijn.
Oesofagusdilatatie kan worden toegepast bij mensen met ernstige vernauwingen of stricturen van de slokdarm om onmiddellijk verlichting te brengen, en daarnaast bij mensen met langdurige klachten die een dieet of medicijnen hebben geprobeerd en geen verbetering hebben gezien. Hoewel dilatatie relatief veilig is, is deze behandeling minder geschikt omdat er een endoscopische procedure aan te pas komt en ze alleen in zorgvuldig geselecteerde gevallen mag worden toegepast.