Building a Character Matrix

Jen hier –

Interessant om te begrijpen hoe we morfologische gegevens van uitgestorven dieren nemen en gebruiken om een evolutionaire geschiedenis af te leiden? Deze bomen kunnen worden gebruikt als een raamwerk om verschillende macro-evolutionaire vragen te testen met betrekking tot de verspreiding van soorten, paleoecologie, de snelheid van verandering, en nog veel meer! We hopen de weg te bereiden om uit te leggen hoe elke stap in zijn werk gaat! Eerst en vooral, het opstellen van een karaktermatrix.

Voordat je echt in iets specifieks duikt, stel ik voor dat je eerst wat nadenkt over evolutie, fylogenie, en alle basisterminologie die bij dit vakgebied komt kijken. Ik stel voor dat je The Compleat Cladist doorneemt: A Primer of Phylogenetic Procedures. Dit is in feite een werkboek dat je door termen, concepten en meer leidt!

Dit is niet bedoeld als een uitputtende gids, maar eerder om je in staat te stellen het programma te verkennen en een test-karaktermatrix te genereren!

Stap 1: Leer je studiegroep kennen

Dit houdt in dat je heel wat moet lezen en in de geschiedenis moet duiken van de dieren waarin je geïnteresseerd bent. In sommige gevallen is dit gemakkelijk, in andere heel moeilijk! Ik zal er niet te veel over uitweiden, maar het is gemakkelijk te vergeten waar je moet beginnen. Ik zou beginnen met Google Scholar te gebruiken om de groep waarin je geïnteresseerd bent te onderzoeken plus evolutie, morfologie, fylogenie. Daarna zul je waarschijnlijk naar de bibliotheek moeten gaan, gewapend met een lijst van literatuur die veel ouder is dan jij om echt met je diepe duik te beginnen. Vergeet niet dat ideeën in de loop der tijd veranderen, dus beginnen bij het begin is echt waardevol om te leren hoe ideeën zijn veranderd!

Wat belangrijk is, is dat je ook leert over homologie en werkt aan het begrijpen van de homologe elementen van je beestjes. Homologie is eenvoudigweg gelijkenis als gevolg van overerving van een gemeenschappelijke voorouder. Het begrip en de evaluatie van homologie kunnen verschillen naar gelang van de groep waarnaar je kijkt. Bij stekelhuidigen bijvoorbeeld wordt dit al een tijdje zo bekeken en er zijn verschillende schema’s. De ene houdt rekening met het lichaam in zijn geheel en met de manier waarop de elementen met elkaar verbonden zijn, de andere gaat uit van een meer specifieke benadering waarbij gekeken wordt naar specifieke platen rond de mond. Deze schema’s sluiten elkaar niet uit, maar kunnen in combinatie met elkaar worden gebruikt. Een ander goed ding om te onthouden is dat sommige mensen graag denken dat ze correcter zijn dan anderen – wie zal het zeggen, echt waar. Zorg er gewoon voor dat je je eigen huiswerk doet om je eigen meningen en ideeën te vormen.

Stap 2: Organiseer je informatie

Er zijn verschillende manieren om dit te doen, je zou gewoon informatie kunnen opslaan in Excel of Google Sheets of je zou een programma kunnen gebruiken dat is ontworpen voor het cureren van karaktergegevens. Ik heb Mesquite hiervoor gebruikt. Mesquite is vrij beschikbare software die

“…modulaire, uitbreidbare software voor evolutiebiologie, ontworpen om biologen te helpen bij het organiseren en analyseren van vergelijkende gegevens over organismen. De nadruk ligt op fylogenetische analyse, maar sommige van de modules hebben betrekking op populatiegenetica, terwijl andere niet-fylogenetische multivariate analyse doen. Omdat het modulair is, hangen de beschikbare analyses af van de geïnstalleerde modules.”

U kunt eenvoudig uw tekens beschrijven, nieuwe taxa toevoegen, taxa verwijderen, een boom importeren of tekenen en zien hoe tekens veranderen bij verschillende boomtopologieën.

Hier is de kale startplaats. Ik heb een nieuw bestand gemaakt en gezegd dat ik drie taxa en drie tekens wil. Nu kan ik aan de slag om dingen te bewerken!

Er is een werkbalk aan de zijkant waar u eenvoudig de matrix kunt aanpassen. Zo kun je de taxonnamen veranderen, taxa toevoegen, tekens veranderen, tekens toevoegen, verwijderen wat je maar wilt, en nog veel meer waar ik nog niet echt mee heb gerommeld! Ik stel voor dat je als eerste gebruiker wat tijd doorbrengt met het knoeien met je nep-matrix. Als je hier eenmaal een flinke dataset in hebt staan, kun je maar beter geen fouten maken! Zoek uit waar het fout kan gaan en los problemen op voorhand op.

Hier is mijn bewerkte matrix waarin ik drie taxa en drie tekens heb toegevoegd. Zie onderaan waar het een teken toont en de verschillende toestanden die beschikbaar zijn. Als u de matrix bewerkt, kunt u dus getallen gebruiken of de toestand van het teken – getallen zijn gemakkelijker!

Een gemakkelijkere manier om uw tekens en de verschillende toestanden te importeren, is het gebruik van het venster Staat Namen Editor. Dit toont je de lijst van je karakters en alle verschillende toestanden die ze kunnen hebben – je kunt deze gemakkelijk bewerken en het is een mooie manier om de karakters te ordenen, aangezien in de karaktermatrix de tekst schuin staat en nogal moeilijk te lezen is.

Karaktermatrix met de karakterijst in de uiterst linkse kolom en de toestanden in de rest. De toestanden kunnen zijn wat u maar wilt – en dat is waar vooringenomenheid in het spel kan komen, dus vergeet niet terug te grijpen op uw kennisbasis en begrip van homologie.

De functionaliteit van Mesquite gaat veel verder dan dit. Als u op zoek bent naar tutorials of de grenzen van het programma wilt verleggen, dan vindt u hier wat verder leesvoer:

  • Mesquite Project home (veel tutorials en stapsgewijze gidsen)
  • Integrative Biology 200A, oud laboratoriumhandboek
  • KU Lab, aangepast van Paul Lewis

Step 3: Exporteer uw matrix voor analyse

Uitgebreide exportmogelijkheden via Mesquite!

Bestand >Exporteren geeft u een reeks opties om uw bestand te exporteren, vergeet niet om uw bestand ook regelmatig op te slaan, zodat u uw matrix opnieuw kunt bekijken om er gemakkelijk iets aan toe te voegen! De meeste programma’s die fylogenieën afleiden hebben een NEXUS-bestand nodig. Dit type bestand bevat je matrix en vaak wat meer informatie over wat je in de analyse wilt of informatie over de karakters. Ik stel voor dat u uw favoriete platte tekst editor gebruikt en een paar verschillende types exporteert, zodat u kunt zien hoe ze zijn opgebouwd en waarom bepaalde programma’s andere bestanden en andere informatie willen!

Geef een antwoord

Het e-mailadres wordt niet gepubliceerd.