Boren te Potsdam op 3 augustus 1770, volgde Frederik Willem III in 1797 zijn vader, Frederik Willem II, op als koning van Pruisen. Hij begon zijn bewind met het wegsturen van zijn vaders minnaressen en favorieten, en liet weten dat hij van plan was alle bestaande godsdienstbeperkingen op te heffen, de censuur af te schaffen en de toestand van de boeren te verbeteren. Spoedig echter trok hij zich terug voor de tegenstand van de conservatieve Pruisische adel.
Tijdens de Tweede Coalitieoorlog tegen Frankrijk hield Frederik Willem vast aan een hachelijke en steeds meer geïsoleerde neutraliteit. Toen Pruisen zich uiteindelijk aansloot bij de Derde Coalitie, oogstte het slechts de catastrofale nederlaag van Jena (1806). In de daaropvolgende Vrede van Tilsit (1807) moesten alle Poolse en westelijke gebieden van Pruisen – ongeveer de helft van het grondgebied – worden afgestaan. Deze ramp bracht de kwetsbare positie aan het licht van een Pruisen dat omringd was door dichtbevolkter en machtiger buren en gaf zo een impuls aan de centraliserende hervormingen die door de ministers van Frederik Willem werden doorgevoerd. Deze hervormingen stelden Pruisen in staat om in 1813 de oorlog tegen Napoleon te hervatten. In de Duitse geschiedenis staat deze hernieuwde oorlog bekend als de bevrijdingsoorlog, omdat de Pruisische regering uitdrukkelijk verklaarde dat zij streed om het Duitse grondgebied te zuiveren van de buitenlandse invaller. In 1815 kende het Congres van Wenen Pruisen een aantal nieuwe gebieden toe en herstelde het de meeste van zijn verloren gebieden.
Ondanks zijn talrijke oproepen tot Duits patriottisme en zelfs nationalisme tijdens de oorlog, sloot Frederik Willem zich na afloop ervan aan bij de reactionaire partij die tijdens het Congres van Wenen was ontstaan. Hij weigerde zijn belofte na te komen om Pruisen een grondwet te geven en gaf opdracht tot de arrestatie van talrijke liberalen die zich hadden laten verleiden tot een achteloze openbaring van hun politieke filosofie. De latere jaren van zijn bewind werden gekenmerkt door een onverminderde reactie. De enige positieve resultaten waren de vereniging van de Pruisische Lutherse en Calvinistische kerken (1817), een weerspiegeling van de groeiende bezorgdheid van de koning over religieuze kwesties, en de oprichting van een Noord-Duitse douane-unie (1834), een stap die de uitbreiding van de Pruisische politieke heerschappij over dit gebied zo’n drie decennia later zou vergemakkelijken. Frederik Willem III stierf in Berlijn op 7 juni 1840.