Atlanta BravesEdit
Francoeur werd gepromoveerd door Atlanta op 6 juli 2005. Hij maakte deel uit van een groep rookie-spelers, bijgenaamd de “Baby Braves”, die Atlanta tijdens het seizoen 2005 opriep uit haar minor league-systeem.
Francoeur maakte de volgende dag zijn MLB-debuut toen hij in het rechtsveld begon tegen de Chicago Cubs in de tweede wedstrijd van een double header. In de tweede helft van de achtste inning sloeg hij een 3-run homer in het middenveld, zijn eerste Major League hit. Francoeur is beroemd om zijn belofte in het prille begin van zijn loopbaan: hij haalde de cover van de editie van 26 augustus 2005 van Sports Illustrated, die hem “The Natural” noemde nadat hij .360 sloeg met een 1.067 OPS in zijn eerste 37 wedstrijden. Francoeur sloot het seizoen af met een slag van .300/.336/.549 in 67 wedstrijden, met 14 homeruns en 44 RBI’s. Tijdens zijn eerste seizoen kreeg hij de reputatie een vrij swingende fastball hitter te zijn, met zijn eerste vrije loop pas na zijn 128ste plaatbeurt. In de verdediging werd Francoeur bekend om zijn sterke en accurate arm, hij eindigde het seizoen met 13 outfield assists (derde in de MLB) ondanks dat hij minder dan de helft van het seizoen speelde. Hij eindigde als derde in de National League Rookie of the Year stemming terwijl hij de meeste tweede plaats stemmen kreeg.
Francoeur sloeg .260 met 29 homers en 103 RBI’s in zijn eerste volledige seizoen in de majors. Hij werd ook de vierde Brave die in alle 162 wedstrijden van een seizoen speelde, samen met Félix Millán, Dale Murphy en Andruw Jones. Francoeur werd op 16 juli 2006 voor de eerste keer in zijn loopbaan uit het veld gestuurd. Op 13 mei 2006 sloeg Francoeur een walk-off grand slam tegen de Washington Nationals, de eerste walk-off homerun en grand slam uit zijn carrière.
In zijn tweede volledige seizoen in 2007 sloeg Francoeur .293, met 19 homers, en 105 RBIs. Francoeur toonde ook talent aan de verdedigende kant van het veld, hij voerde de competitie aan in outfield assists met 19 en verdiende zijn eerste Gold Glove in zijn carrière. Francoeur speelde in alle 162 wedstrijden voor het tweede opeenvolgende seizoen. Hij werd voor de tweede keer in zijn loopbaan uit het veld gestuurd op 16 juli 2007, precies één jaar na zijn eerste uitwijzing.
Op 12 april 2008 sloeg Francoeur 3-5 tegen de Washington Nationals, waaronder twee homeruns en de hoogste zeven RBI’s uit zijn carrière. Hij maakte een reeks van 370 opeenvolgende gespeelde wedstrijden voordat hij de tweede wedstrijd van een doubleheader, op 20 mei 2008, uitzat. Op 22 mei 2008 sloeg Francoeur 3-4 tegen de New York Mets met een RBI-driehonkslag, een RBI-honkslag en een tweehonkslag, waardoor hij een tweehonkslag tekort kwam voor een cycle.
Na wekenlang in de ergste dip van zijn loopbaan te hebben gezeten, stuurde het Braves-management Francoeur op 4 juli 2008 naar Double-A Mississippi om met zijn oude slagcoach Phillip Wellman te werken en zijn swing te verfijnen, weg van de drukke Major League-setting. Francoeur had tot dat moment van het seizoen een lijn van .234/.287/.374 neergezet. Francoeur werd teruggeroepen op 7 juli 2008, na slechts drie dagen in de minors vanwege de vele blessures bij de Braves tijdens het vakantieweekeinde. Zijn inzinking hield aan na zijn terugkeer in de hoofdklasse; Francoeur noteerde een .234/.300/.324-lijn tot en met 10 september.
New York MetsEdit
Op 10 juli 2009 werd Francoeur geruild met de New York Mets voor outfielder Ryan Church.
Francoeur maakte zijn Mets-debuut op 11 juli 2009, en noteerde twee RBI’s in zijn eerste slagbeurt. Hij eindigde de dag met 2-4 met twee RBI’s, een strikeout, en werd eenmaal bij stelen betrapt. Op 20 juli sloeg Francoeur zijn eerste homerun als speler van de Met op Logan Kensing, werper van de Washington Nationals, tijdens de negende inning van die wedstrijd.
Op 23 augustus 2009 werd Francoeur de tweede speler in de geschiedenis van de Major League (na Homer Summa in 1927) die een game-eindigende triple play sloeg zonder hulp van de werper. Hij sloeg een line drive rechtstreeks naar Eric Bruntlett, tweede honkman voor de Philadelphia Phillies. Francoeur tekende opnieuw bij de Mets voor 2010.
Na de eerste helft van het 2010 seizoen de startende rechtervelder van de Mets te zijn geweest, werd Francoeur vervangen door Ángel Pagán om plaats te maken voor de terugkeer van Carlos Beltrán in de tweede helft.
Texas RangersEdit
Op 31 augustus 2010 werd Francoeur door de Mets geruild met de Texas Rangers voor infielder Joaquín Árias. Francoeur werd vooral defensief ingezet bij de AL Champions van 2010.
Kansas City RoyalsEdit
Op 8 december 2010 tekende Francoeur een eenjarige overeenkomst met de Kansas City Royals ter waarde van $2.Op 18 augustus 2011 ging Francoeur akkoord met een tweejarige verlenging bij de Royals ter waarde van $13,5 miljoen. Hij werd op 30 juni 2013 aangewezen voor toewijzing na .208/.249/.322 te hebben geslagen in 59 wedstrijden met de Royals.
San Francisco GiantsEdit
Francoeur werd op 9 juli 2013 door de Giants getekend voor een minor league-contract. Op 13 juli werd zijn contract gekocht van de Fresno Grizzlies. Francoeur werd op 20 augustus aangewezen voor opgave, en op 22 augustus vrijgelaten. In 22 wedstrijden voor de Giants noteerde hij 12 hits, 4 RBI’s en sloeg slechts .194.
Cleveland IndiansEdit
Francoeur tekende een minor league deal met de Cleveland Indians op 6 januari 2014. De organisatie liet Francoeur op 22 maart 2014 vrij.
San Diego PadresEdit
Francoeur tekende een minor league deal met de San Diego Padres, op 26 maart 2014. Hij werd ingedeeld bij de Triple-A El Paso Chihuahuas en sloeg de eerste homerun in de geschiedenis van het team op 3 april 2014. Ze overwogen hem om te vormen tot werper en hij bracht een deel van zijn tijd in de minors pitchend door. Uiteindelijk besloten ze hem echter als outfielder te houden. Hij werd opgeroepen en stond op 23 juli in de startende line-up. Op 11 augustus werd Francoeur aangewezen voor toewijzing. Hij kwam door de waivers en werd teruggestuurd naar de Chihuahuas. Francoeur koos in oktober 2014 voor free agency.
Philadelphia PhilliesEdit
Op 13 november 2014 tekende Francoeur een minor league contract bij de Philadelphia Phillies.Op 16 juni 2015 werd Francoeur gebruikt als een relief pitcher in een 19-3 verlies tegen de Baltimore Orioles, waarbij hij de enige scoreloze inning van de wedstrijd gooide. Hij gaf echter twee punten toe in de volgende inning. In juli begon hij succes te krijgen, zowel op de bank als in de startende line-up, waaronder een periode waarin hij drie homeruns sloeg in acht wedstrijden. Hoewel hij de wens uitsprak om bij de Phillies te blijven gedurende het seizoen 2015 en misschien zelfs daarna, wees zijn spel erop dat hij zou kunnen worden verplaatst in de buurt van de handelsdeadline om het buitenveld van een concurrerende ploeg te versterken. Hij werd echter niet verkocht op de handelsdeadline. Uiteindelijk eindigde hij het seizoen met een slaggemiddelde van .258, 13 homeruns en 45 RBI’s.
Terugkeer naar AtlantaEdit
Op 22 februari 2016 ging Francoeur akkoord met een minor-league deal met de Braves, met een uitnodiging voor de voorjaarstraining. Op 29 maart kochten de Braves het contract van Francoeur af.
Miami MarlinsEdit
Francoeur werd op 24 augustus 2016 verhandeld aan de Miami Marlins, in een drie-team deal die ook de Texas Rangers omvatte. De Braves kregen minor league utility speler Dylan Moore van de Rangers en minor league catcher Matt Foley van de Marlins.