Het College of Pharmacy werd in 1903 opgericht en geopend als de School of Pharmacy en was gevestigd in Science Hall. De school had een plaatselijke arts, Dr. Samuel C. Benedict, als parttime decaan en een plaatselijke apotheker van H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, als parttime hoogleraar farmacie. Dr. Benedict doceerde ook Materia Medica. Science Hall werd in november van dat eerste jaar door brand verwoest, zodat de School of Pharmacy werd ondergebracht in de kelder van Terrell Hall.
De school nam Robert C. Wilson aan als eerste voltijdse medewerker voor het begin van het schooljaar 1907-08 (Wilson was de kleinzoon van George Foster Pierce). De eerste groep afgestudeerden begon in 1908 met het behalen van hun Pharmacy Graduate (Ph.G.) graad.
Na de dood van decaan Benedict in 1914 werd Robert Wilson directeur van de school en bleef in die functie tot 1948. Wilson werd in 1924 benoemd tot decaan van de School of Pharmacy. De school veranderde later haar naam in College of Pharmacy. In 1926 werd de school een van de eerste in het land die een vierjarige Bachelor of Science in Pharmacy aanbood. In die tijd werd ook het tweejarige Ph.G. traject opgeheven.
De locatie van de school bleef in Terrell Hall tot 1939, toen de school verhuisde naar de tweede en derde verdieping van het onlangs verbouwde New College gebouw. In de jaren 1940 gaf Robert W. Woodruff meerdere donaties om een apotheeklaboratorium, een apotheek en een farmacologisch laboratorium te financieren.
Het Master of Science programma van het College begon in 1951 en het Ph.D. programma in 1964 met de eerste doctoraten die in 1967 werden uitgereikt. De school verhuisde in 1964 naar het huidige gebouw, het Robert C. Wilson Pharmacy Building; het gebouw werd echter pas in 1978 naar Wilson vernoemd (Dr. Wilson’s 100ste verjaardag).
Dr. Stuart Feldman van de Universiteit van Houston werd in 1991 tot decaan benoemd. Tijdens zijn ambtstermijn ontving het College fondsen van de Georgia State loterij om de technologie in het onderwijs te vergroten en het Millikan Educational Resources Center werd omgebouwd tot een computerlaboratorium dat toegankelijk was voor studenten. In navolging van een nationale trend werd het curriculum gewijzigd van het kwartaal- naar het semesterstelsel en werden de graad van doctor in de farmacie (PharmD) op instapniveau en het niet-traditionele trajectprogramma voor doctor in de farmacie opgestart. Er werd een voltijdse ervaringsgerichte coördinator in dienst genomen.
Dr. Svein Øie van de University of California San Francisco werd op 1 januari 2000 decaan. Onder zijn leiding heeft het College zijn klassenaantal vergroot, zijn regionale aanwezigheid uitgebreid, meegewerkt aan de oprichting van een Center for Drug Discovery en een Center for Mass Destruction Defense, het interdisciplinair onderzoek uitgebreid en zijn onderzoeksfocus versterkt.
Het College is actief betrokken geraakt bij de opleiding van residenten. In 2003 vierde het College zijn honderdjarig bestaan. Inspanningen om fondsen te werven hebben het aantal studiebeurzen en begiftigde leerstoelen verhoogd en de beschikbare fondsen voor gebouwverbetering vergroot. In 2007 heeft de wetgevende macht van Georgia ingestemd met de financiering van 44 miljoen dollar voor een nieuwe uitbreiding van de school met een oppervlakte van 93.288 vierkante meter. De nieuwe faciliteit, Apotheek Zuid genaamd, is gebouwd naast het Robert C. Wilson Pharmacy Building en is in september 2009 ingewijd. De renovatie van meer dan 60% van het Wilson-gebouw werd in 2010 voltooid. De hogeschool is een partnerschap aangegaan met het Medical College of Georgia van de Georgia Regents University in Augusta, Georgia. In het najaar van 2013 heeft het college een nieuwe bacheloropleiding in farmaceutische wetenschappen ingesteld.