Przez większość czasu, pasożytnicze pierwotniaki żyją w dość stałym środowisku. Temperatura zmienia się bardzo nieznacznie, lub wcale, wewnątrz żywiciela, wysuszenie nie jest zagrożeniem, a pożywienie jest w stałej podaży. Z drugiej strony, wolno żyjące protisty muszą stawiać czoła krótko- i długoterminowym zmianom temperatury, kwasowości wody, zaopatrzenia w pokarm, wilgotności i światła. Wiele pierwotniaków reaguje na niekorzystne warunki środowiskowe poprzez encystyzację: wydzielają one wokół siebie grubą, twardą ścianę i skutecznie wchodzą w stan uśpienia porównywalny do hibernacji. Zdolność do tworzenia odpornych cyst jest szeroko rozpowszechniona wśród różnych grup pierwotniaków i prawdopodobnie rozwinęła się we wczesnym okresie ich ewolucji. Spoczywające cysty są również łatwo przenoszone przez wiatr i stanowią ważny środek dyspersji dla gatunków żyjących w glebie lub powszechnie występujących w efemerycznych stawach i basenach. W klimatach z wyraźnymi zimnymi porami roku, cysta może stanowić ważny etap w rocznym cyklu życiowym.
Ściana cysty składa się z różnej liczby warstw, których składniki zależą od gatunku. Podczas procesu encystmentacji komórka pierwotniaka ulega szeregowi zmian, które znacznie zmniejszają złożoność organizmu. Organizmy nitkowate i rzęsistki tracą flagelle i rzęski, zanika wakuola kurczliwa i wakuole pokarmowe, reorganizacji może ulec rozmieszczenie organelli wewnątrz komórki. U niektórych gatunków objętość komórki ulega znacznemu zmniejszeniu. Zmiany te są odwracane podczas procesu excystment.
Część morskich planktonicznych tintinnids są zaprogramowane, aby wyrwać się z ich cyst en masse w czasie roku, gdy podaż żywności jest obfite. Helicostomella subulata, na przykład, excysts w czerwcu w wodach umiarkowanych i staje się liczne od lipca do października. W październiku encystuje ponownie, opadając do osadów, gdzie pozostaje do następnego roku. Cysta jest normalną częścią rocznego cyklu życiowego, a nawet laboratoryjne populacje tego rzęsistka tworzą cysty w tym samym czasie, co populacja naturalna. Ten typ wzorca strategii życiowej został zademonstrowany w kilku innych rzęsistkach i w niektórych amebach.
Dla żyjących w glebie pierwotniaków cysta jest ważnym schronieniem, gdy znika wilgoć w glebie lub gdy woda w glebie zamarza. W glebach, które podlegają zamarzaniu i okresowemu, krótkotrwałemu rozmrażaniu, pierwotniaki szybko ulegają ekscystacji, odżywiają się i rozmnażają, a następnie encystują ponownie, gdy woda w glebie staje się dla nich czasowo niedostępna.
Cysta odgrywa ważną rolę w cyklach życiowych kilku pasożytniczych pierwotniaków, które mają wolno żyjące stadium dyspersyjne, takie jak Entamoeba histolytica i Cryptosporidium. Cysty są wydalane z kałem żywiciela i przeżywają w wodzie lub glebie. Ludzie najczęściej zarażają się poprzez picie skażonej wody lub jedzenie surowych owoców i warzyw uprawianych tam, gdzie ludzkie odchody są używane jako nawóz.
A.L. Leu
Niektóre pierwotniaki słodkowodne, zwłaszcza rzęsistki Spirostomum, Loxodes i Plagiopyla, unikają nieprzyjemnych warunków, zwłaszcza braku tlenu, porzucając swój przydenny tryb życia i płynąc w górę, aby ustawić się na poziomie, na którym dostępna jest pewna ilość tlenu, ale gdzie nie są w bezpośredniej konkurencji z gatunkami planktonicznymi. Pozostają tam, dopóki tlen ponownie staje się dostępny na dnie jeziora, w którym to czasie migrują downward.
Powszechne występowanie miksotrofii obejmującej symbiozę z glonami oraz zatrzymywanie i sekwestrację plastydów fotosyntetyzujących ofiar przez planktoniczne pierwotniaki uważa się za przystosowanie do wód, w których żywność jest ograniczona. Błonkoskrzydłe, które zatrzymują plastydy, wydają się być znacznie bardziej powszechne w wodach, w których brakuje pożywienia, niż w wodach produktywnych. Istnieje odwrotna zależność między tą formą miksotrofii a produktywnością ekosystemu.