Jen tutaj –
Zainteresowany zrozumieniem jak bierzemy dane morfologiczne z wymarłych zwierząt i używamy ich do wnioskowania o historii ewolucji? Drzewa te mogą być wykorzystane jako ramy do badania różnych pytań makroewolucyjnych dotyczących rozmieszczenia gatunków, paleoekologii, tempa zmian i wielu innych! Mamy nadzieję, że uda nam się wyjaśnić, jak każdy krok jest wykonywany! Po pierwsze, skonstruowanie macierzy znaków.
Zanim naprawdę zagłębisz się w coś konkretnego, chciałbym zasugerować, żebyś pomyślał trochę o ewolucji, filogenezie i całej podstawowej terminologii, która dotyczy tej dziedziny. Zalecałbym, abyś zapoznał się z The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures. Jest to efektywnie podręcznik, który przeprowadzi cię przez terminy, koncepcje i więcej!
Nie ma to być wyczerpujący przewodnik, ale raczej ustawić cię do zbadania programu i wygenerowania matrycy znaków testowych!
Krok 1: Dowiedz się o swojej grupie badawczej
Wiąże się to z dużą ilością czytania i zagłębiania się w historię zwierząt, którymi jesteś zainteresowany. W niektórych przypadkach jest to łatwe, w innych jest to bardzo trudne! Nie będę się nad tym zbytnio rozwodził, ale łatwo jest zapomnieć, od czego zacząć. Zacząłbym od użycia Google Scholar, aby zbadać interesującą Cię grupę plus ewolucję, morfologię, filogenezę. Następnie prawdopodobnie będziesz musiał udać się do biblioteki uzbrojony w listę literatury, która jest znacznie starsza od ciebie, aby naprawdę rozpocząć głębokie nurkowanie. Pamiętaj, że idee zmieniają się w czasie, więc zaczynanie od początku jest naprawdę wartościowe, aby dowiedzieć się, jak idee się zmieniły!
Co jest ważne, to fakt, że uczysz się również o homologii i pracujesz, aby zrozumieć homologiczne elementy swoich krytyków. Homologia jest po prostu podobieństwem wynikającym z dziedziczenia od wspólnego przodka. Zrozumienie i ocena homologii może być różna w zależności od grupy, której się przyglądasz. Na przykład szkarłupnie od jakiegoś czasu są traktowane w ten sposób i istnieje kilka schematów. Jeden bierze pod uwagę ciało jako całość i to, jak poszczególne elementy są ze sobą połączone, drugi podchodzi bardziej szczegółowo, patrząc na konkretne płytki wokół pyska. Nie są to schematy wzajemnie się wykluczające, ale mogą być stosowane w zgodzie ze sobą. Inną dobrą rzeczą do zapamiętania jest to, że niektórzy ludzie lubią myśleć, że są bardziej poprawne niż inni – kto jest do powiedzenia, naprawdę. Po prostu upewnij się, że wykonujesz swoją własną pracę domową, aby wyrobić sobie własne opinie i pomysły.
Krok 2: Zorganizuj swoje informacje
Jest kilka sposobów na zrobienie tego, możesz po prostu przechowywać informacje w Excelu lub Google Sheets lub możesz użyć programu zaprojektowanego dla kurateli danych postaci. Ja użyłem do tego celu Mesquite. Mesquite to dostępne za darmo oprogramowanie, które jest
„…modularnym, rozszerzalnym oprogramowaniem dla biologii ewolucyjnej, zaprojektowanym by pomóc biologom organizować i analizować dane porównawcze o organizmach. Nacisk kładziony jest na analizę filogenetyczną, ale niektóre z jego modułów dotyczą genetyki populacji, podczas gdy inne wykonują niefilogenetyczne analizy wielowymiarowe. Ponieważ jest modułowy, dostępne analizy zależą od zainstalowanych modułów.”
Możesz łatwo opisać swoje znaki, dodać nowe taksony, usunąć taksony, zaimportować lub narysować drzewo i zobaczyć, jak znaki zmieniają się w różnych topologiach drzewa.
Jest boczny pasek narzędzi, gdzie można łatwo zacząć modyfikować matrycę. Możesz więc zmieniać nazwy taksonów, dodawać taksony, zmieniać znaki, dodawać znaki, usuwać co chcesz i wiele innych rzeczy, z którymi jeszcze nie miałem do czynienia! Sugeruję, że jeśli jesteś użytkownikiem po raz pierwszy, spędzisz trochę czasu z fałszywą matrycą, bawiąc się nią. Kiedy już będziesz miał tutaj spory zbiór danych, najlepiej nie popełniaj żadnych błędów! Dowiedz się, gdzie możesz się pomylić i rozwiąż problemy przed czasem.
Łatwiejszym sposobem importowania postaci i różnych stanów jest użycie okna edytora nazw stanów. To pokazuje listę twoich postaci i wszystkie różne stany, które mogą mieć – możesz je łatwo edytować i jest to miły sposób na uporządkowanie postaci, ponieważ w matrycy znaków tekst jest pochylony i trudny do odczytania.
Funkcjonalność Mesquite wykracza poza to. Jeśli szukasz samouczków lub chcesz przekroczyć granice programu, oto dalsze lektury:
- Mesquite Project home (wiele samouczków i przewodników krok po kroku)
- Integrative Biology 200A, stary podręcznik laboratoryjny
- KU Lab, zmodyfikowany od Paula Lewisa
Krok 3: Wyeksportuj swoją macierz do analizy
File > Export da ci serię opcji eksportu twojego pliku, nie zapomnij również regularnie ZAPISYWAĆ pliku, abyś mógł wrócić do swojej macierzy i łatwo ją uzupełnić! Większość programów do wnioskowania o filogenezie wymaga pliku NEXUS. Ten typ pliku zawiera twoją macierz i często nieco więcej informacji o tym, co chcesz uzyskać w analizie lub informacji o postaciach. Sugerowałbym użycie ulubionego edytora tekstu i wyeksportowanie kilku różnych typów plików, abyś mógł zobaczyć, jak są one zbudowane i dlaczego niektóre programy mogą wymagać różnych plików i różnych informacji!