Położenie geograficzne Indii Wschodnich nad znaczącymi systemami wiatrów i szlakami handlowymi miało głęboki wpływ na ich historię. Klimat i aktywność geologiczna ukształtowały ich ląd i stworzyły archipelag.
Gdyś, jak uważają geolodzy, nie było wysp na starożytnym morzu, które oddzielało Azję i Australię. Zewnętrzna warstwa Ziemi jest podzielona na wiele sztywnych bloków, zwanych płytami tektonicznymi, które powoli przesuwają się po powierzchni Ziemi. Niektóre z wysp Indii Wschodnich powstały, gdy podmorska płyta zaczęła zderzać się z inną płytą. Ciepło i ruch jednej płyty nad drugą podniosły grzbiety skorupy ziemskiej, a ich wierzchołki utworzyły wyspy. Te geologiczne siły są dziś widoczne w gejzerach, aktywnych wulkanach i częstych trzęsieniach ziemi, które występują w całych Indiach Wschodnich. Inne ruchy płyt są widoczne w skręconej formie niektórych wysp, takich jak cztery ramiona Celebes.
Morze między wyspami są bardzo płytkie, a prądy są silne. Trudno jest dla dużych statków przejść między większością wysp, i to jest długa droga wokół nich. Przez wieki statki handlujące między Europą, Afryką, Półwyspem Arabskim i Indiami od zachodu a Chinami, Japonią i zachodnimi Stanami Zjednoczonymi od wschodu przechodziły między Sumatrą a Półwyspem Malajskim przez głęboką wodę znaną jako Cieśnina Malakka.
Rozkład roślin i zwierząt w Indiach Wschodnich, wraz z innymi dowodami, doprowadził naukowców do wniosku, że niektóre z zachodnich wysp były kiedyś połączone lądem z kontynentalną Azją Południowo-Wschodnią. Nowa Gwinea była kiedyś połączona z Australią. Stosunkowo płytkie morza między Półwyspem Malajskim a wyspami Sumatra, Jawa, Bali i Borneo mają mniej niż 90 metrów głębokości. Na tych wyspach żyją zwierzęta z kontynentu, takie jak tygrysy, nosorożce i małpy. Natomiast na wyspach położonych na wschodzie, zwierzęta są podobne do tych z Australii. Przyrodnik Alfred Russel Wallace sporządził mapę tego podziału, znanego obecnie jako Linia Wallace’a, i opublikował ją w 1869 roku. Badając sposób, w jaki ptaki rozprzestrzeniały się i zmieniały gatunki wśród wysp, Wallace doszedł do teorii ewolucji niezależnie od Karola Darwina.
Bujne lasy tropikalne, palmy, paprocie, bambusy i wspaniałe kwiaty Indii Wschodnich stanowią część jego bajki. Wynikają one z klimatu równikowego, który jest ogólnie gorący i wilgotny. Opady deszczu w większości miejsc wynoszą od 100 do 150 cali (250 do 380 centymetrów) rocznie. Na poziomie morza temperatura w większości miejsc waha się między 80° a 90° F (26° a 32° C) przez cały rok. Wyspy są jednak górzyste i w wielu miejscach znajdują się w cieniu gór, gdzie deszcz pada rzadko lub tylko sezonowo. Na wyższych górach i płaskowyżach panuje klimat podzwrotnikowy, a na szczytach powyżej 10.000 stóp (3.050 metrów) chłodny klimat, a nawet śnieg. Bardziej na północ wyspy są pod silnym wpływem wiatrów monsunowych w ich rainfall patterns.
The wiatry przesuwające były bardzo ważne dla handlu i nawigacji, aż parowiec został opracowany w 19 wieku. Kupcy płynęli z Chin na Sumatrę na północno-wschodnim monsunie, przechowywali swoje towary w magazynach i brali na siebie ładunek z Indii lub Bliskiego Wschodu. Następnie na południowo-zachodnim monsunie płynęli z powrotem do Chin, podczas gdy kupcy przybywali z Indii, rozładowywali swoje ładunki, brali na pokład chińskie towary w magazynach i wracali do Indii z następnym północno-wschodnim monsunem. W ten sposób w Indiach rozkwitały miasta i imperia.