Pierpont Morgan wywodził się z pięciu pokoleń wybitnych obywateli Nowej Anglii – obie strony jego rodziny przybyły do Nowego Świata przed Rewolucją. Jednym z jego matczynych przodków był James Pierpont, założyciel Yale, którego córka poślubiła Jonathana Edwardsa. Dalej w tej linii pochodził wielebny John Pierpont, dziadek macierzysty Pierponta, unitariański pastor, poeta i radykalny działacz przeciwko niewolnictwu i wstrzemięźliwości. Ze strony Morganów dziadek Pierponta, Joseph, był współzałożycielem Towarzystwa Ubezpieczeniowego Aetna i w 1847 roku pozostawił majątek o wartości około miliona dolarów. Junius Morgan (syn Josepha) poślubił córkę wielebnego Pierponta, Juliet, w 1836 roku. Rok później w Hartford urodziło się ich pierwsze dziecko, Pierpont. Mieli też trzy córki – Sarah, Mary i Juliet – oraz jedynego brata Pierponta, Juniusa, który dożył tylko jedenastu lat.
Po sukcesie w firmie Hartford zajmującej się towarami suchymi Junius Morgan przyjął partnerstwo w domu inwestycyjnym George’a Peabody’ego & Co. (później J. S. Morgan & Co.,) i przeniósł całą swoją rodzinę do Londynu w 1854 roku. Pierpont właśnie ukończył angielską szkołę średnią w Bostonie. Aby przygotować syna do kariery w międzynarodowej bankowości, Junius wysłał Pierponta do Europy po ukończeniu szkoły średniej, aby nauczył się francuskiego i niemieckiego. Gdy w 1857 roku, w wieku dwudziestu lat, rozpoczął pracę jako praktykant bankowy w Nowym Jorku, władał biegle obydwoma językami i znał więcej kultur niż większość Amerykanów tamtych czasów. Przez następne trzydzieści lat on i jego ojciec pracowali razem, przepuszczając kapitał z Europy do rodzącej się amerykańskiej gospodarki, a Pierpont przekraczał Atlantyk przynajmniej raz w roku, by spotkać się ze swoimi londyńskimi partnerami i kontynuować swoją europejską edukację kulturową.
.