W Bitwie o Atlantyk HMS Rajputana eskortował kilka konwojów północnoatlantyckich z Bermudów i Halifaxu w Nowej Szkocji pod dowództwem kpt. F. H. Taylora, w tym BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 i BHX 117.
Jej siostrzane statki SS Rawalpindi, SS Ranchi i SS Ranpura również zostały przekształcone w uzbrojone krążowniki handlowe. Poza małymi korwetami, przebudowane statki pasażerskie, takie jak HMS Rajputana, stanowiły jedyną uzbrojoną ochronę dla większości wczesnych konwojów. Ze swoimi 6-calowymi (152 mm) działami były jedyną eskortą, która mogła atakować niemieckie okręty nawodne. Bardzo niewiele konwojów otrzymało ochronę większych krążowników lub pancerników.
13 kwietnia 1941 roku, cztery dni po rozstaniu się z konwojem HX 117, został storpedowany przez U-108 pod dowództwem Klausa Scholtza w Cieśninie Duńskiej na zachód od Reykjavíku na Islandii. Zatonął ponad godzinę później ze stratą 42 ludzi, w tym ostatniego cywilnego kapitana komandora C.T.O. Richardsona. Łącznie 283 członków załogi zostało uratowanych przez niszczyciel HMS Legion, niektórzy z nich po dwunastu godzinach spędzonych w przepełnionych łodziach ratunkowych. Wśród ocalałych był Daniel Lionel Hanington, który później został tylnym admirałem w Royal Canadian Navy.
Z jej siostrzanych okrętów dwa przetrwały wojnę. W dniu 23 listopada 1939 r., podczas „Patrolu Północnego” strzegącego szczeliny GIUK, HMS Rawalpindi stoczył bitwę z niemieckimi pancernikami Scharnhorst i Gneisenau. Uniemożliwił przebicie się tych okrętów, ale sam został zatopiony na południowy wschód od Islandii w rejonie przejścia Islandia-Faroe. HMS Ranchi przetrwał wojnę i został zezłomowany w Newport w 1953 roku. HMS Ranpura został sprzedany Admiralicji w 1943 roku i przebudowany na okręt remontowy. Służyła w Royal Navy jako okręt magazynowy floty do 1961 roku, kiedy to została rozbita. Brał udział w brytyjskiej inwazji na Egipt w 1956 r.
.