Jen aqui –
Interested in understanding how we take morphological data from extinct animals and use them to infer an evolutionary history? Estas árvores podem ser usadas como uma estrutura para testar diferentes questões macroevolutivas em relação à distribuição das espécies, paleoecologia, taxas de mudança, e muito mais! Esperamos preparar o cenário para explicar como cada passo é feito! Em primeiro lugar, construindo uma matriz de caracteres.
Antes de realmente mergulhar em algo específico, eu sugeriria que você pensasse um pouco sobre evolução, filogenia, e toda a terminologia básica que vai para este campo. Eu recomendaria que você trabalhasse através do The Compleat Cladist: A Primer of Phylogenetic Procedures. Este é, efetivamente, um livro de trabalho que o guia através de termos, conceitos e muito mais!
Não se trata de um guia exaustivo, mas sim de uma preparação para explorar o programa e gerar uma matriz de caracteres de teste!
Passo 1: Aprenda sobre seu grupo de estudo
Isto envolverá um MUITO de leitura e mergulho na história dos animais em que você está interessado. Em alguns casos isso é fácil, em outros é muito difícil! Não vou me deter muito sobre isso, mas é fácil esquecer por onde começar. Eu começaria usando o Google Scholar para pesquisar o seu grupo de interesse mais a evolução, morfologia, filogenia. Então você provavelmente terá que ir para a biblioteca armado com uma lista de literatura que é muito mais antiga do que você para realmente começar seu mergulho profundo. Lembre-se que as ideias mudam com o tempo, por isso começar pelo início é realmente valioso para aprender como as ideias mudaram!
O que é importante é que você também aprenda sobre homologia e trabalhe para compreender os elementos homólogos dos seus animais. A homologia é simplesmente similaridade devido à herança de um antepassado comum. A compreensão e avaliação da homologia pode ser diferente, dependendo do grupo que você está observando. Por exemplo, os equinodermos têm sido considerados desta forma já há algum tempo e existem vários esquemas. Um leva em conta o corpo como um todo e como os elementos estão conectados, o outro tem uma abordagem mais específica olhando para placas específicas ao redor da boca. Estes não são esquemas mutuamente exclusivos, mas podem ser usados em conjunto uns com os outros. Outra coisa boa a lembrar é que algumas pessoas gostam de pensar que são mais corretas do que outras – quem sabe, realmente. Apenas certifique-se de fazer seus próprios trabalhos de casa para formar suas próprias opiniões e idéias.
Passo 2: Organize suas informações
Existem várias maneiras de fazer isso, você poderia simplesmente armazenar informações em Excel ou Google Sheets ou poderia usar um programa projetado para curar dados de caráter. Eu usei o Mesquite para isso. O Mesquite é um software disponível gratuitamente que é
“…modular, software extensível para biologia evolutiva, projetado para ajudar os biólogos a organizar e analisar dados comparativos sobre organismos. Sua ênfase é a análise filogenética, mas alguns de seus módulos dizem respeito à genética populacional, enquanto outros fazem análise multivariada não filogenética. Por ser modular, as análises disponíveis dependem dos módulos instalados.”
Você pode facilmente descrever seus caracteres, adicionar novos taxa, remover taxa, importar ou desenhar uma árvore e ver como os caracteres mudam entre diferentes topologias de árvores.
Existe uma barra de ferramentas lateral onde você pode facilmente começar a modificar a matriz. Assim você pode alterar os nomes dos táxons, adicionar taxa, alterar caracteres, adicionar caracteres, apagar o que você quiser, e muito mais que eu não tenha mexido muito! Eu sugiro que se você é um usuário pela primeira vez, você passe algum tempo com sua matriz falsa mexendo. Uma vez que você tenha um conjunto de dados considerável aqui, é melhor você não cometer nenhum erro! Descubra onde você pode errar e resolva os problemas antes do tempo.
Uma maneira mais fácil de importar seus caracteres e os diferentes estados é usar a Janela do Editor de Nomes de Estado. Isto mostra a lista de seus caracteres e todos os diferentes estados que ela pode ter – você pode facilmente editá-los e é uma boa maneira de organizar os caracteres, já que na matriz de caracteres o texto é inclinado e um pouco difícil de ler.
A funcionalidade do Mesquite vai muito além disso. Se você está procurando por tutoriais ou para empurrar os limites do programa aqui está alguma leitura adicional:
- Página inicial do Projeto Mesquite (muitos tutoriais e guias passo a passo)
- Biologia Integrativa 200A, antigo manual de laboratório
- KU Lab, modificado de Paul Lewis
Passo 3: Exporte sua matriz para análise
Arquivo >Exportação lhe dará uma série de opções para exportar seu arquivo, não se esqueça de também salvar seu arquivo regularmente para que você possa revisitar sua matriz para facilmente adicionar a ela! A maioria dos programas que inferem filogenias requerem um arquivo NEXUS. Este tipo de arquivo tem sua matriz e muitas vezes um pouco mais de informação sobre o que você quer na análise ou informação sobre os caracteres. Eu sugeriria usar seu editor de texto simples favorito e exportar alguns tipos diferentes para que você possa ver como eles estão estruturados e porque certos programas podem querer arquivos diferentes e informações diferentes!