A posição geográfica das Índias Orientais como destino de sistemas de vento e rotas comerciais significativas influenciou profundamente a sua história. Seu clima e atividade geológica formaram sua terra e criaram o arquipélago.
Once, acreditam os geólogos, não existiam ilhas no antigo mar que separavam a Ásia da Austrália. A camada externa da Terra está dividida em muitos blocos rígidos, chamados placas tectônicas, que se movem lentamente sobre a superfície da Terra. Algumas das ilhas das Índias Orientais foram criadas quando uma placa submarina começou a colidir com outra placa. O calor e o movimento de uma placa sobrepondo-se às outras crostas elevadas da crosta, e os topos formaram ilhas. Essas forças geológicas são hoje evidentes nos géiseres, vulcões ativos e frequentes terremotos que ocorrem em todas as Índias Orientais. Outros movimentos das placas são evidentes na forma retorcida de algumas ilhas, como os quatro braços de Celebes.
Os mares entre as ilhas são muito rasos, e as correntes são fortes. É difícil para os grandes navios passar entre a maioria das ilhas, e é um longo caminho à sua volta. Durante séculos, os navios que comercializam entre a Europa, a África, a Península Arábica e a Índia do oeste e China, Japão e Estados Unidos do leste passaram entre Sumatra e a Península Malaia através das águas profundas conhecidas como o Estreito de Malaca.
As exuberantes florestas tropicais, palmeiras, samambaias, bambus, e flores brilhantes das Índias Orientais fazem parte da sua fábula. Elas resultam de um clima equatorial que é geralmente quente e úmido. A precipitação na maioria dos lugares está entre 100 e 150 polegadas (250 e 380 centímetros) por ano. Ao nível do mar, a temperatura na maioria dos lugares está entre 80° e 90° F (26° e 32° C) durante todo o ano. As ilhas são montanhosas, no entanto, e muitos lugares ficam na sombra da chuva de uma montanha e recebem pouca ou nenhuma chuva sazonal. Nas montanhas mais altas e planaltos o clima é subtropical, e os picos acima de 3.050 metros (10.000 pés) têm um clima fresco e até neve. As ilhas mais setentrionais são fortemente influenciadas pelos ventos das monções em seus padrões de precipitação.
Os ventos movediços foram muito importantes para o comércio e a navegação até que o navio a vapor foi desenvolvido no século 19. Comerciantes navegaram da China para Sumatra na monção do nordeste, armazenaram suas mercadorias em armazéns, e embarcaram carga da Índia ou do Oriente Médio. Então na monção do sudoeste eles navegaram para trás a China quando os comerciantes chegaram de India, descarregaram suas cargas, fizeram exame a bordo dos bens chineses nos armazéns, e retornaram a India com a monção nordeste seguinte. Desta forma, cidades e impérios floresceram nas Índias.