Atlanta BravesEdit
Francoeur foi promovido por Atlanta em 6 de julho de 2005. Ele fazia parte de um grupo de novatos, apelidado de “Baby Braves”, que o Atlanta chamou de seu sistema de liga menor durante a temporada 2005.
Francoeur fez sua estréia no MLB no dia seguinte, quando começou no campo direito contra o Chicago Cubs, no segundo jogo de cabeça dupla. No final da oitava entrada, ele bateu um homer de 3 corridas para o centro do campo, sua primeira tacada na Liga Principal. Francoeur é famoso por sua promessa logo no início de sua carreira: ele fez a capa da edição de 26 de agosto de 2005 da Sports Illustrated, que o apelidou de “The Natural” depois que ele acertou .360 com uma OPS de 1.067 em seus primeiros 37 jogos. Francoeur terminou a temporada com rebatidas de 0,300/,336/,549 em 67 jogos, com 14 home runs, e 44 RBIs. Durante sua temporada de estreante ele ganhou a reputação de rebatedor rápido de swing livre, com sua primeira caminhada não chegando até a sua 128ª partida na base. Na defesa, Francoeur ficou conhecido por ter um braço forte e preciso, terminando a temporada com 13 assistências fora de campo (terceiro geral na MLB), apesar de jogar menos da metade da temporada. Ele terminou em terceiro lugar na votação do Rookie do Ano da Liga Nacional, enquanto obteve o maior número de votos no segundo lugar.
Francoeur bateu .260 com 29 homers e 103 RBIs em sua primeira temporada completa nas ligas principais. Ele também se tornou apenas o quarto Brave a jogar em todos os 162 jogos de uma temporada, juntando-se a Félix Millán, Dale Murphy, e Andruw Jones. Francoeur foi expulso pela primeira vez na sua carreira em 16 de julho de 2006. Em 13 de maio de 2006, Francoeur bateu um grand slam contra o Washington Nationals, o primeiro home run e grand slam de sua carreira.
Em sua segunda temporada completa em 2007, Francoeur bateu .293, com 19 homers, e 105 RBIs. Francoeur também mostrou talento no lado defensivo do campo, liderando o campeonato em assistências fora de campo com 19, enquanto ganhava sua primeira luva de ouro na carreira. Francoeur jogou em todos os 162 jogos pela segunda temporada consecutiva. Ele foi expulso pela segunda vez na sua carreira em 16 de julho de 2007, exatamente um ano até o dia da sua primeira expulsão.
Em 12 de abril de 2008, Francoeur foi 3 a 5 contra o Washington Nationals, incluindo dois home runs e uma carreira alta de sete RBIs. Ele compilou uma série de 370 jogos consecutivos jogados antes de ficar de fora do segundo jogo de um jogador de cabeça dupla, em 20 de maio de 2008. Em 22 de maio de 2008, Francoeur foi 3 a 4 contra o New York Mets com um triplo RBI, um single RBI e um home run de duas corridas, terminando um duplo home run curto de um ciclo.
Após semanas de estar atolado na pior crise de sua carreira, a administração do Braves optou por Francoeur para Double-A Mississippi em 4 de julho de 2008, para trabalhar com seu velho treinador de rebatidas Phillip Wellman e refinar seu swing longe do cenário pressurizado da liga principal. Francoeur tinha colocado uma linha de 0,234/.287/.374 para esse ponto da temporada. Francoeur foi lembrado em 7 de julho de 2008, depois de apenas três dias nos menores por causa das lesões sofridas pelos Braves, durante o fim de semana de férias. Sua queda continuou após seu retorno às majors; Francoeur postou uma linha .234/.300/.324 até 10.
New York MetsEdit
Em 10 de julho de 2009, Francoeur foi trocado para o New York Mets pelo jardineiro externo Ryan Church.
Francoeur fez sua estréia no Mets em 11 de julho de 2009, e marcou dois RBIs em seu primeiro no bastão. Ele terminou o dia indo 2-4 com dois RBIs, um strikeout, e foi pego roubando uma vez. Em 20 de julho, Francoeur acertou seu primeiro home run como lançador da seleção nacional de Washington Logan Kensing, durante a nona entrada daquele jogo.
Em 23 de agosto de 2009, Francoeur tornou-se o segundo jogador na história da liga principal (depois de Homer Summa em 1927) a acertar uma jogada tripla sem assistência. Ele acertou uma linha diretamente para Eric Bruntlett, segundo base do Philadelphia Phillies. Francoeur voltou a assinar com os Mets para 2010.
Depois de ser o titular direito dos Mets na primeira metade da temporada 2010, Francoeur foi substituído por Ángel Pagán para dar espaço para o retorno de Carlos Beltrán na segunda metade.
Texas RangersEdit
Em 31 de agosto de 2010, Francoeur foi trocado pelos Mets para o Texas Rangers pelo jardineiro interno Joaquín Árias. Francoeur foi utilizado principalmente para fins defensivos no AL Champions 2010.
Kansas City RoyalsEdit
Em 8 de dezembro de 2010, Francoeur assinou um acordo de um ano com os Kansas City Royals no valor de $2.5 milhões que incluía uma opção mútua para a temporada 2012.
Em 18 de agosto de 2011, Francoeur concordou com uma prorrogação de dois anos com os Royals no valor de US$ 13,5 milhões. Ele foi designado para a missão em 30 de junho de 2013, após acertar .208/.249/.322 em 59 jogos com o Royals.
San Francisco GiantsEdit
Francoeur foi assinado para um contrato de liga menor pelo Giants, em 9 de julho de 2013. A 13 de Julho, o seu contrato foi comprado aos Fresno Grizzlies. Francoeur foi designado para a missão em 20 de agosto, e liberado em 22 de agosto. Em 22 jogos para os Giants, ele registrou 12 hits, 4 RBIs, batendo apenas .194.
Cleveland IndiansEdit
Francoeur assinou um contrato da liga menor com os Cleveland Indians em 6 de janeiro de 2014. A organização lançou Francoeur em 22 de março de 2014.
San Diego PadresEdit
Francoeur assinou um acordo de liga menor com os San Diego Padres, em 26 de março de 2014. Ele foi designado para o Triple-A El Paso Chihuahuas e fez o primeiro home run da história da equipe, em 3 de abril de 2014. Eles consideraram convertê-lo em arremessador, e ele passou parte do seu tempo nos gramados menores. No entanto, eles decidiram mantê-lo como jardineiro externo no final. Ele foi convocado e estava na escalação inicial no dia 23 de julho. No dia 11 de agosto, Francoeur foi designado para a missão. Ele liberou as renúncias e voltou para os Chihuahuas. Francoeur elegeu agência livre em outubro de 2014.
Philadelphia PhilliesEdit
Em 13 de novembro de 2014, Francoeur assinou um contrato de liga menor com o Philadelphia Phillies.Em 16 de junho de 2015, Francoeur foi usado como lançador de alívio em uma derrota de 19-3 para o Baltimore Orioles, lançando a única entrada sem gols do jogo. No entanto, ele rendeu duas corridas na entrada seguinte. Em julho, ele começou a ter sucesso tanto fora do banco quanto na escalação inicial, incluindo um trecho durante o qual ele fez três home runs em oito jogos. Embora ele tenha expressado o desejo de permanecer no Phillies até a temporada 2015 e talvez até mais além, seu jogo indicou que ele poderia ser movido perto do prazo comercial para reforçar o outfield de um time em disputa. No entanto, ele não foi movido no prazo comercial. No final, ele terminou a temporada com uma média de rebatidas de 258, 13 home runs e 45 RBIs.
Regresso ao AtlantaEdit
Em 22 de Fevereiro de 2016, Francoeur concordou com um acordo de liga menor com o Braves, com um convite para o treino de primavera. Em 29 de março, os Braves compraram o contrato da Francoeur.
Miami MarlinsEdit
Francoeur foi negociado com os Miami Marlins em 24 de agosto de 2016, em um negócio de três equipes que incluía os Texas Rangers. O Braves recebeu o jogador Dylan Moore do Rangers e o apanhador da liga menor Matt Foley do Marlins.