Na Batalha do Atlântico HMS Rajputana escoltou vários comboios do Atlântico Norte das Bermudas e Halifax, Nova Escócia sob o comando do Capitão F. H. Taylor, incluindo BHX 42, BHX 45, BHX 49, BHX 52, BHX 54, BHX 61, BHX 64, BHX 71, BHX 83, BHX 94, BHX 101, BHX 111 e BHX 117.
Sus navios irmãos SS Rawalpindi, SS Ranchi e SS Ranpura também foram convertidos em cruzadores mercantes armados. Com exceção de pequenas corvetas, os navios de passageiros convertidos como HMS Rajputana foram a única proteção armada para a maioria dos primeiros comboios. Com suas armas de 6 polegadas (152 mm), eles eram os únicos acompanhantes que podiam engajar navios alemães de superfície. Muito poucos comboios receberam a protecção dos grandes cruzadores ou navios de guerra.
Em 13 de Abril de 1941, quatro dias após a separação da companhia com o comboio HX 117, ela foi torpedeada pelo U-108 sob Klaus Scholtz no Estreito da Dinamarca a oeste de Reykjavík, Islândia. Ela afundou mais de uma hora depois com a perda de 42 homens, incluindo seu último capitão civil, o comandante C. T. O. Richardson. Um total de 283 de sua tripulação foram salvos pelo destruidor HMS Legion, alguns deles depois de passar doze horas em barcos salva-vidas superlotados. Entre os sobreviventes estava Daniel Lionel Hanington, que mais tarde se tornou um contra-almirante na Marinha Real Canadiana.
Dos seus navios-irmãos dois sobreviveram à guerra. A 23 de Novembro de 1939, enquanto estava na “Patrulha do Norte” a guardar a brecha GIUK, HMS Rawalpindi engajou-se na batalha contra os navios de guerra alemães Scharnhorst e Gneisenau. Ela impediu o avanço dos navios, mas foi ela própria afundada a sudeste da Islândia na passagem de Iceland-Faroe. HMS Ranchi sobreviveu à guerra e foi desmantelado em Newport em 1953. HMS Ranpura foi vendido ao Almirantado em 1943 e convertido em um navio de reparação. Serviu na Marinha Real como um navio de depósito da frota até 1961, quando foi desmantelado. Participou na invasão britânica do Egipto em 1956.