A College of Pharmacy foi fundada e inaugurada em 1903 como a Escola de Farmácia e estava localizada no Science Hall. A escola tinha um médico local, Dr. Samuel C. Benedict, servindo como reitor em tempo parcial e um farmacêutico local no H.R. Palmer & Sons, Arthur J. Palmer, servindo como professor em tempo parcial de Farmácia. O Dr. Benedict também ensinou Materia Medica. O Science Hall foi destruído pelo fogo em novembro daquele primeiro ano, então a Escola de Farmácia foi transferida para o porão de Terrell Hall.
A escola contratou Robert C. Wilson como seu primeiro funcionário em tempo integral para o início do ano letivo de 1907-08 (Wilson era neto de George Foster Pierce). O primeiro grupo de graduados começou em 1908 ganhando seus diplomas de pós-graduação em Farmácia (Ph.G.).
Morte do Reitor Benedito em 1914, Robert Wilson tornou-se o diretor da escola e permaneceu nessa posição até 1948. Wilson foi nomeado Reitor da Escola de Farmácia em 1924. Mais tarde, a escola mudou o seu nome para Colégio de Farmácia. Em 1926, a escola tornou-se uma das primeiras do país a oferecer um Bacharelado em Farmácia de quatro anos. Também dissolveu sua pista de Ph.G. de dois anos nesta época.
A escola permaneceu em Terrell Hall até 1939, quando se mudou para o segundo e terceiro andares do recém remodelado edifício do Novo Colégio. Nos anos 40, Robert W. Woodruff deu várias doações para financiar um laboratório de dispensação, dispensário e laboratório de farmacologia.
O programa de Mestrado em Ciências da Faculdade começou em 1951 e o programa de Doutorado em 1964 com os primeiros doutoramentos conferidos em 1967. A escola mudou-se para suas instalações atuais, o Edifício da Farmácia Robert C. Wilson, em 1964; entretanto, o edifício não recebeu o nome de Wilson até 1978 (100º aniversário do Dr. Wilson).
O Dr. Stuart Feldman da Universidade de Houston foi nomeado Dean em 1991. Durante seu mandato, a faculdade recebeu fundos da loteria do estado da Geórgia para aumentar a tecnologia na educação e o Centro de Recursos Educacionais Millikan foi convertido em um laboratório de informática para acesso dos alunos. Seguindo uma tendência nacional, o currículo foi modificado do sistema trimestral para o sistema semestral, e o grau de Doutor em Farmácia (PharmD) e o Programa de Doutorado Não-Tradicional em Patologia Farmacêutica foram iniciados. Foi contratado um coordenador experiencial a tempo inteiro.
Dr. Svein Øie da Universidade da Califórnia São Francisco tornou-se reitor em 1 de Janeiro de 2000. Sob sua orientação, a Faculdade aumentou o tamanho de suas turmas, expandiu sua presença regional, esteve envolvida no estabelecimento de um Centro de Descoberta de Drogas e um Centro de Defesa contra a Destruição em Massa, aumentou a pesquisa interdisciplinar e fortaleceu seu foco de pesquisa.
A Faculdade se envolveu ativamente no treinamento em residência. Em 2003, o Colégio celebrou o seu centenário. Os esforços de angariação de fundos aumentaram o número de bolsas de estudo, dotaram o Colégio de bolsas de professores e aumentaram os fundos disponíveis para a construção de melhoramentos. Em 2007, a Legislatura da Geórgia aprovou um financiamento de US$44 milhões para um novo acréscimo de 93.288 pés quadrados à escola. Conhecida como Pharmacy South, a nova instalação foi construída ao lado do edifício da Farmácia Robert C. Wilson e foi dedicada em setembro de 2009. A reforma de mais de 60% do Edifício Wilson foi concluída em 2010. A faculdade estabeleceu uma parceria com a Georgia Regents University’s Medical College of Georgia, localizada em Augusta, Geórgia. No outono de 2013, a faculdade estabeleceu um novo bacharelado em ciência farmacêutica.