Arhiva PDB este un depozit de coordonate atomice și alte informații care descriu proteinele și alte macromolecule biologice importante. Biologii structurali folosesc metode cum ar fi cristalografia cu raze X, spectroscopia RMN și crioelectronmicroscopia pentru a determina locația fiecărui atom în raport cu ceilalți în moleculă.Ei depun apoi aceste informații, care sunt apoi adnotate și publicate în arhivă prin wwPDB.
PDB în continuă creștere este o reflectare a cercetărilor care au loc în laboratoarele din întreaga lume. Acest lucru poate face ca utilizarea bazei de date în cercetare și educație să fie atât interesantă, cât și provocatoare. Structurile sunt disponibile pentru multe dintre proteinele și acizii nucleici implicați înprocesele centrale ale vieții, astfel încât puteți merge la arhiva PDB pentru a găsi structuri pentru ribozomi,oncogeni, ținte de medicamente și chiar viruși întregi. Cu toate acestea, poate fi o provocare să găsiți informațiile de care aveți nevoie, deoarece PDB arhivează atât de multe structuri diferite. Adesea veți găsi mai multe structuri pentru o anumită moleculă, sau structuri parțiale, sau structuri care au fost modificate sau inactivate față de forma lor nativă.
Guide to Understanding PDB Data este conceput pentru a vă ajuta să începeți să vă trasați o cale prin acest material și pentru a vă ajuta să evitați câteva capcane comune. Aceste capitole sunt întrepătrunse unul cu celălalt. Pentru a începe, selectați un subiect din meniul din dreapta, sau selectați un subiect de mai jos:
- Date PDB
Informația primară stocată în arhiva PDB constă în fișiere de coordonate pentru moleculele biologice. Aceste fișiere enumeră atomii din fiecare proteină, precum și locația lor 3Dîn spațiu. Aceste fișiere sunt disponibile în mai multe formate (PDB, mmCIF, XML). Un fișier tipic în format PDB include o secțiune mare de text de „antet” care rezumă proteina, informații de citare și detalii ale soluției structurii, urmată de secvența și o listă lungă de atomi și coordonatele lor. Arhiva conține, de asemenea, observațiileexperimentale care sunt folosite pentru a determina aceste coordonate atomice.
- Vizualizarea structurilor
În timp ce puteți vizualiza fișierele PDB direct folosind un editor de text, de multe ori este mai util să folosiți un program de navigare sau de vizualizare pentru a le privi. Instrumentele online, cum ar fi cele de pe site-ul RCSB PDB, vă permit să căutați și să explorați informațiile de sub antetul PDB, inclusiv informații despre metodele experimentale și despre chimia și biologia proteinei. Odată ce ați găsit intrările PDB care vă interesează, puteți utiliza programe de vizualizare care vă permit să citiți în fișierul PDB, să afișați structura proteinei pe computerul dumneavoastră și să creați imagini personalizate ale acesteia.Aceste programe includ, de asemenea, adesea instrumente de analiză care vă permit să măsurați distanțele și unghiurile de legătură și să identificați caracteristicile structurale interesante.
- Citerea fișierelor de coordonate
Când începeți să explorați structurile din arhiva PDB, va trebui să știți câteva lucruri despre fișierele de coordonate. Într-o intrare tipică, veți găsi un amestec diversificat de molecule biologice, molecule mici, ioni și apă. Adesea, puteți folosi numele și ID-urile de lanț pentru a vă ajuta să le clasificați. În structurile determinate prin cristalografie, atomii sunt adnotați cu factori de temperatură care descriu vibrațiile lor și ocupațiile care arată dacă sunt văzuți în mai multe conformații. Structurile RMN includ adesea mai multe modele diferite ale moleculei.
- Provocări potențiale
Se poate să vă confruntați cu mai multe provocări pe măsură ce explorați arhiva PDB. De exemplu, multe structuri,în special cele determinate prin cristalografie, includ doar informații despre o parte din ansamblul biologic funcțional. Din fericire, PDB vă poate ajuta în acest sens. De asemenea, multor intrări PDB le lipsesc porțiuni ale moleculei care nu au fost observate în cadrul experimentului. Acestea includ structuri care includ doar poziții de carbon alfa, structuri cu bucle lipsă, structuri de domenii individuale sau subunități din molecule mai mari. În plus, majoritatea intrărilor de structuri cristalografice nu au informații despre atomii de hidrogen.
Cu excepția cazurilor în care este menționat, această caracteristică este scrisă și ilustrată de David S. Goodsell.