Enligt The Lost Evidence var den centrala kvinnan som vetter mot havet troligen Earhart, och en av männen till vänster troligen Noonan. De faktiska identiteterna hos personerna på bilden är okända.
Det ”förlorade bevismaterialet” i fråga var ett fotografi som hittades i National Archives at College Park av Jaluit Atoll i South Seas Mandate, det japanska mandatet för Marshallöarna. På fotografiet syns två personer som ser ut som européer. Dokumentären, genom en kriminalteknisk analytiker som specialiserat sig på ansiktsigenkänning, hävdade att det var ”mycket troligt” att det var en bild på de tillfångatagna Earhart och Noonan. The Lost Evidence säger också att en pråm i bakgrunden möjligen kan innehålla ett flygplan, och att det planet möjligen kan ha varit Electra. Fotografiet kom från Office of Naval Intelligence (ONI) och förbereddes inför invasionen av Marshallöarna 1944 under andra världskriget. Dokumentationen antydde att ett fartyg som syns i bakgrunden med en japansk flagga skulle kunna vara Kōshū Maru, ett japanskt militärt örlogsfartyg, som skulle ha varit inblandat i transporten av fångarna. Det antyds att Kōshū Maru kanske transporterade dem till Saipan, där de dog i förvar. Dokumentären citerade också befintliga bevis för hypotesen om japansk tillfångatagande, till exempel lokalbefolkningen som hävdade att de bevittnat en flygplanskrasch vid Mili Atoll. Den antydde också att den amerikanska regeringen kan ha känt till tillfångatagandet och dolt denna kunskap.
Två dagar efter publiceringen av The Lost Evidence undersökte den japanske historikern och bloggaren Kota Yamano frågan och publicerade ett blogginlägg som visade den ursprungliga källan till fotografiet som ONI hade använt: en resebok The Lifeline of the Sea: My South Sea Memoir (海の生命線 我が南洋の姿, Umi no seimeisen : Waga nannyou no sugata), som först publicerades 1935. Earhart och Noonans sista flygning var 1937, så ett foto från 1935 skulle inte ha något samband med Earhart och Noonans försvinnande. I en intervju med The Guardian kritiserade Yamano arbetet bakom dokumentären och sade: ”Jag tycker att det är märkligt att dokumentärmakarna inte bekräftade datumet för fotografiet eller den publikation i vilken det ursprungligen dök upp. Det är det första de borde ha gjort”. Yamano sade också att det bara tog trettio minuters sökning att hitta källan. På Twitter identifierade Yamano (som @baron_yamaneko) fartyget till höger i fotot som ett annat fartyg vid namn Kōshū som de allierade japanska styrkorna beslagtog från det tyska imperiet under första världskriget och inte den japanska flottans Kōshū Maru.
Skepsis hade funnits redan före Yamanos blogginlägg. National Archives skrev i en varning att arkivets version av fotografiet inte hade något datum. Dorothy Cochrane, intendent vid flygtekniska avdelningen på National Air and Space Museum, kallade det nya beviset bara för ett ”suddigt fotografi” och hänvisade till de befintliga bevisen från radiosändningar som tydde på att Electra åtminstone befann sig i närheten av Howland Island, 800 mil från Marshallöarna. Författaren Fukiko Aoki, som forskade och skrev en bok från 1982, Looking for Amelia, var lika kritisk före Yamanos avslöjanden. Aoki hittade en äldre officer, som ingick i 1937 års besättning på Kōshū Maru, som förnekade fartygets inblandning. Aoki undersökte därefter Kōshū Marus skeppslogg, som visade att det befann sig 1 500 sjömil bort vid tiden för Earharts försvinnande. Det hävdades också att för att nå och på något sätt landa på den avlägsna atoll där hon påstås ha kraschat skulle Earhart, trots att hon hade låg bränslemängd, ha behövt ändra sin nordostliga kurs när hon närmade sig Howland Island och flyga hundratals mil åt nordväst. Om de japanska myndigheterna hade hittat Earhart skulle de dessutom ha haft ett betydande motiv att rädda och återbörda henne, med tanke på hennes berömmelse. Påståendena om en mörkläggning av den amerikanska regeringen kritiserades också; i dokumentären nämns tydligt ”en rapport daterad den 7 januari 1939 om att Earhart var fånge på Marshallöarna”. TIGHAR, en grupp som förespråkar Gardner Island-hypotesen om försvinnandet, undersökte regeringsrapporten från 1939, som inte var svår att hitta, och fann att det var en rapport om ett uppenbart skämt – en osannolik berättelse som hittades i Frankrike från någon som inte identifierade sig själv. Meddelandet berättade att han blivit kidnappad av japanerna, att hans besättning dödats, att han hittat Earhart i förvar och att han sedan skickats till Europa på ett icke namngivet japanskt fartyg. TIGHAR skrev att fotot var ”varken förlorat eller bevis” och att bilden hade funnits ”exakt där den borde vara och var exakt vad den var märkt för att vara, en bild av Jaluit Harbor”, och kritiserade även det ”förlorade och felaktigt arkiverade fotot”-momentet i The Lost Evidence.
Som svar på detta ställde History Channel in repriserna av showen, meddelade att den inte skulle finnas tillgänglig på strömmande eller beställningsplattformar, och stoppade planerade sändningar av showen i Kanada och Storbritannien. I ett pressmeddelande skriver kanalen att ”HISTORY har ett team av utredare som utforskar den senaste utvecklingen om Amelia Earhart, och vi kommer att vara öppna med våra resultat …. I slutändan är historisk noggrannhet viktigast för oss och våra tittare.”
I december 2017 har ännu inget svar kommit från History Channel, för vilket skeptikern Ben Radford kritiserade nätverket och dess professionalism.:3:20