Archiv PDB je úložištěm atomových souřadnic a dalších informací popisujících proteiny a další důležité biologické makromolekuly. Strukturní biologové používají metodyjako je rentgenová krystalografie, NMR spektroskopie a kryoelektronová mikroskopie k určení polohy jednotlivých atomů vůči sobě v molekule. tyto informace pak ukládají a následně jsou anotovány a zveřejněny v archivu wwPDB.
Neustále rostoucí PDB je odrazem výzkumu, který probíhá v laboratoříchpo celém světě. Díky tomu může být využití databáze ve výzkumu a vzdělávání vzrušující i náročné. K dispozici jsou struktury mnoha proteinů a nukleových kyselin, které se podílejí na ústředních procesech života, takže v archivu PDB můžete najít struktury ribozomů,onkogenů, cílů léčiv, a dokonce i celých virů. Může však být náročné najít informace, které potřebujete, protože PDB archivuje tolik různých struktur. Často najdete více struktur pro danou molekulu, částečné struktury nebo struktury, které byly modifikovány nebo deaktivovány ze své nativní formy.
Průvodce porozuměním datům PDB je navržen tak, aby vám pomohl začít s mapováním cesty tímto materiálem a pomohl vám vyhnout se několika běžným úskalím. Tyto kapitoly se vzájemně prolínají. Chcete-li začít, vyberte si téma z pravého menu nebo si vyberte téma z níže uvedeného seznamu:
- PDB Data
Primární informace uložené v archivu PDB se skládají ze souřadnicových souborů biologických molekul. Tyto soubory obsahují seznam atomů v každém proteinu a jejich 3D umístění v prostoru. Tyto soubory jsou k dispozici v několika formátech (PDB, mmCIF, XML). Typický soubor ve formátu PDB obsahuje velkou textovou část „záhlaví“, která shrnuje protein, citační informace a podrobnosti o řešení struktury, po níž následuje sekvence a dlouhý seznam atomů a jejich souřadnic. Archiv také obsahujeexperimentální pozorování, která se používají k určení těchto atomových souřadnic.
- Vizualizace struktur
Přestože můžete soubory PDB prohlížet přímo pomocí textového editoru, často je nejužitečnější použít k jejich prohlížení prohlížecí nebo vizualizační program. Online nástroje, jako jsou ty na webových stránkách RCSB PDB, umožňují vyhledávat a zkoumat informace pod hlavičkou PDB, včetně informací o experimentálních metodách a chemii a biologii proteinu. Jakmile najdete položky PDB, které vás zajímají, můžete použít vizualizační programy, které vám umožní číst v souboru PDB, zobrazit strukturu proteinu na vašem počítači a vytvářet její vlastní obrázky. tyto programy také často obsahují analytické nástroje, které vám umožní měřit vzdálenosti a vazebné úhly a identifikovat zajímavé strukturní prvky.
- Čtení souřadnicových souborů
Když začnete zkoumat struktury v archivu PDB, budete potřebovat vědět několik věcí o souřadnicových souborech. V typickém záznamu najdete diverzifikovanou směs biologických molekul, malých molekul, iontů a vody. K jejich roztřídění vám často pomohou názvy aidentifikátory řetězců. Ve strukturách určených na základě krystalografie jsou atomy opatřeny poznámkami s teplotními faktory, které popisují jejich vibrace a obsazení, které ukazují, zda se vyskytují ve více konformacích. Struktury NMR často obsahují několik různých modelů molekuly.
- Potenciální problémy
Při zkoumání archivu PDB můžete narazit na několik problémů. Například mnoho struktur,zejména těch určených krystalografií, obsahuje informace pouze o části funkční biologické sestavy. S tím vám naštěstí PDB může pomoci. V mnoha záznamech PDB také chybí části molekuly, které nebyly při experimentu pozorovány. Patří mezi ně struktury, které zahrnují pouze alfa uhlíkaté polohy, struktury s chybějícími smyčkami, struktury jednotlivých domén nebo podjednotek z větší molekuly. Kromě toho většina záznamů krystalografických struktur neobsahuje informace o atomech vodíku.
S výjimkou případů, kdy je to uvedeno, je autorem a ilustrátorem této funkce David S. Goodsell.