Úspěch v hlavním proudu
Marlon Wayans se brzy posunul dále do centra pozornosti a získal si širokou popularitu, když si s bratrem Shawnem zahráli v sitcomu The Wayans Bros. na stanici WB, z velké části autobiografickém seriálu založeném na skutečném vztahu a osobnostech bratrů. Seriál Wayans Bros., který se vysílal v letech 1995 až 99, pomohl Marlonu Wayansovi stát se jedním z nejvýraznějších členů slavné rodiny. V roce 2000 se pak podílel na scénáři a hrál ve svém dosud nejpopulárnějším filmu, hororovém trháku Scary Movie. Film, jehož natočení stálo pouhých 19 milionů dolarů, vydělal v pokladnách kin ohromujících 157 milionů dolarů a stal se tak nejvýdělečnějším filmem, který kdy režíroval Afroameričan (Keenen Ivory Wayans). Marlon Wayans se také podílel na scénáři a hrál v několika pokračováních filmu: Scary Movie 2 (2001), Scary Movie 3 (2003) a Scary Movie 4 (2006). Kromě série Scary Movie si Marlon Wayans a jeho bratr Shawn zahráli v populárních parodických filmech White Chicks (2004), Little Man (2006) a Dance Flick (2009).
Kromě parodických filmů, které natáčí se svými sourozenci, se Marlon Wayans pustil i do vážnějších filmů s jinými herci. „Spousta lidí si myslí, že jsem pořád jen vtipný a bláznivý,“ říká, „ale já jsem chodil na uměleckou střední školu, takže jsem vyškolený v dramatickém umění. Prostě jsem náhodou vtipný.“ Velkou chválu si vysloužil za ztvárnění postavy závislého na heroinu v temném filmu Requiem za sen z roku 2000. V roce 2004 si zahrál po boku Toma Hankse ve filmu The Ladykillers.
Marlon Wayans se v roce 2005 oženil s dlouholetou přítelkyní Angelicou Zackary. Mají spolu dvě děti, syna Shawna (pojmenovaného po Wayansově bratrovi) a dceru Amai.
Ačkoli Wayans vyrůstal v domácnosti, která již byla přeplněná úspěšnými baviči, nepodlehl tlaku, aby byl zastíněn svými sourozenci, a naopak přijal příležitost učit se od své rodiny. „Jsem šťastný, že mohu dělat to, co mě baví, a dělat to s tím, koho mám rád,“ řekl. Na otázku, zda je někdy těžké být řízen svými staršími bratry, Wayans odpověděl: „Moji bratři mi celý život říkali, co mám dělat, ale teď za to aspoň dostávám peníze!“
.