Redwood Creek je kritickým prostředím pro tření a odchov lososa obecného (Oncorhynchus kisutch), pstruha obecného (Oncorhynchus clarki clarki) a pstruha obecného (Oncorhynchus mykiss), což jsou ohrožené druhy. Potok se nachází poblíž nejjižnější hranice výskytu sivenů a ryby nebyly nikdy zarybňovány, takže mají charakteristickou DNA. Lososi z Redwood Creek jsou lososi čolek obecný z centrálního pobřeží, kteří jsou od října 2006 zařazeni na seznam federálně ohrožených druhů a v červnu 2005 na seznam federálně ohrožených druhů. Lososi čolci migrují z oceánu zpět do sladkých vod, kde mají jedinou šanci na rozmnožení, zpravidla po dvou letech pobytu v oceánu. Tření začíná po silných pozdně podzimních nebo zimních deštích, které naruší písečný břeh na Muir Beach a umožní rybám pohyb proti proudu (obvykle v prosinci a lednu). V zimním tahu 2007-2008 ani v zimním tahu 2008-2009 nebyl pozorován žádný losos. Důkazy ukazují na vyčerpání smoltů, kteří v potoce přečkali léto, v důsledku úbytku velkých dřevin a hlubokých tůní, kde mohou mladí lososi odpočívat. Od roku 2009 začne Správa národního parku obnovovat Muir Beach, aby vytvořila funkční, soběstačný ekosystém a zlepšila přístup návštěvníků. Zásah přišel téměř pozdě, protože čolek obecný má pouze tříletou životnost. Naštěstí v lednu 2010 a poprvé po třech letech připlulo do Redwood Creeku ke tření odhadem 45 kusů jelenovitých, kteří vytvořili 23 trdlišť neboli shluků jiker. V roce 2011 bylo pozorováno 11 živých dospělých jelenů a 1 kadáver jelenů spolu se třemi červenicemi, což představuje mírný nárůst oproti těrné sezóně 2007-2008. Celostátní populace čejek je na 1 % stavu ze 40. let 20. století a ryby zmizely z 90 % toků, které oficiálně navštěvovaly. Organizace Watershed Alliance of Marin oznámila, že v roce 2014 se k tření nevrátil žádný losos, což vyvolává obavy, že ryby mohou být nyní lokálně vyhubeny. V roce 2014 byli v rámci operace „coho jumpstart“ kalifornského ministerstva pro ryby a divokou přírodu vypuštěni tři dospělí samci coho, kteří byli z potoka odchyceni jako mladí, spolu se třemi samicemi Olema Creek, a nejméně u jednoho z nich bylo pozorováno tření, což vzbuzuje naději na návrat životaschopného tření v Redwood Creek.
Na podzim roku 2003 dokončila NPS první fázi projektu obnovy lokality Banducci, asi 1 km proti proudu od ústí potoka na Muir Beach. Byly vybudovány umělé kmenové zátarasy s použitím pokácených eukalyptových stromů a prolomením omezujících hrází, aby došlo k opětovnému propojení koryta a záplavové oblasti. Hlavním účelem tohoto projektu bylo vytvořit tůně pro odchov mláďat lososovitých ryb. NPS také odstranila invazivní nepůvodní vegetaci v břehovém koridoru a nahradila ji původní vegetací, aby zlepšila hnízdní prostředí pro místní a migrující břehové zpěvné ptáky. Současná fáze projektu obnovy potoka Redwood Creek, která byla zahájena v roce 2009, se snaží obnovit záplavové území potoka o rozloze 46 akrů. Zahrnuje vytvoření nového 650 stop dlouhého meandrujícího koryta se třemi bočními kanály ve snaze obnovit historickou Velkou lagunu, která podle map z roku 1850 sahala až k dnešnímu hostinci Pelican Inn. Jakmile se na nových březích potoka uchytí vysazená původní vegetace, bude současné parkoviště otočeno o 90 stupňů a nový kanál propojen.
Mezi další vzácné druhy žijící v povodí patří puštík bělavý (Strix occidentalis caurina) a skokan kalifornský (Rana aurora draytonii). Koncem roku 2009 NPS vyhloubila na pastvině u farmy Green Gulch jezírko, které má poskytnout životní prostor pro ubývající populaci kalifornské rudonohé žáby, jediné v povodí.
Vydra říční (Lontra canadensis) byla v Redwood Creek spatřena v roce 1996 a každoročně se sem vrací, aby se živila pstruhem obecným. V Grinnellově knize Fur-bearing Mammals of California z roku 1937 není vydra říční uvedena jako původní druh v okrese Marin.