Der Output der Sinnesorgane wird zunächst vom Thalamus empfangen. Ein Teil der Reize des Thalamus geht direkt an die Amygdala oder das „emotionale/irrationale Gehirn“, während andere Teile an den Neokortex oder das „denkende/rationale Gehirn“ weitergeleitet werden. Wenn die Amygdala eine Übereinstimmung mit dem Reiz wahrnimmt, d. h. wenn die Aufzeichnung der Erfahrungen im Hippocampus der Amygdala mitteilt, dass es sich um eine Kampf-, Flucht- oder Erstarrungssituation handelt, dann löst die Amygdala die HPA-Achse (Hypothalamus-Hypophysen-Nebennierenrinden-Achse) aus und entführt das rationale Gehirn. Diese emotionale Hirnaktivität verarbeitet Informationen Millisekunden früher als das rationale Gehirn, so dass die Amygdala im Falle eines Kampfes handelt, bevor der Neokortex eine mögliche Anweisung geben kann. Findet die Amygdala jedoch keine Übereinstimmung des empfangenen Reizes mit den von ihr registrierten bedrohlichen Situationen, so handelt sie entsprechend den vom Neokortex erhaltenen Anweisungen. Wenn die Amygdala eine Bedrohung wahrnimmt, kann sie dazu führen, dass die betreffende Person irrational und destruktiv reagiert.
Goleman stellt fest, dass Emotionen „uns dazu bringen, jetzt aufmerksam zu sein – das ist dringend – und uns einen sofortigen Aktionsplan geben, ohne dass wir zweimal nachdenken müssen. Die emotionale Komponente hat sich sehr früh entwickelt: Fresse ich es, oder frisst es mich?“ Ein Amygdala-Hijack zeigt drei Anzeichen: eine starke emotionale Reaktion, ein plötzlicher Ausbruch und die Erkenntnis, dass die Reaktion unangemessen war.
Goleman betonte später, dass „Selbstbeherrschung entscheidend ist, wenn man jemandem gegenübersteht, der von einem Amygdala-Hijack betroffen ist“, um einen komplementären Hijack zu vermeiden – sei es bei der Arbeit oder im Privatleben. So besteht zum Beispiel „eine Schlüsselkompetenz in der Ehe darin, dass die Partner lernen, ihre eigenen verzweifelten Gefühle zu beruhigen … nichts wird positiv gelöst, wenn der Ehemann oder die Ehefrau mitten in einem emotionalen Hijacking ist“. Die Gefahr besteht darin, dass „wenn unser Partner faktisch zu unserem Feind wird, wir uns im Griff eines ‚Amygdala-Hijack‘ befinden, bei dem unser emotionales Gedächtnis, das im limbischen Zentrum unseres Gehirns angesiedelt ist, unsere Reaktionen ohne den Nutzen von Logik oder Vernunft bestimmt… was dazu führt, dass unser Körper in eine ‚Kampf- oder Flucht‘-Reaktion verfällt.“