Selon The Lost Evidence, la femme centrale faisant face à l’océan était probablement Earhart, et l’un des hommes à gauche probablement Noonan. Les identités réelles des sujets de cette photo sont inconnues.
La « preuve perdue » en question était une photographie trouvée aux Archives nationales de College Park de l’atoll de Jaluit dans le mandat des mers du Sud, le mandat japonais pour les îles Marshall. La photographie montre deux personnes d’apparence européenne. Le documentaire, par l’intermédiaire d’un analyste judiciaire spécialisé dans la reconnaissance faciale, a affirmé qu’il était « très probable » qu’il s’agisse d’une photo d’Earhart et de Noonan capturés. The Lost Evidence indique également qu’une barge à l’arrière-plan pourrait contenir un avion, et que cet avion pourrait être l’Electra. La photographie provient de l’Office of Naval Intelligence (ONI) et a été préparée pour l’invasion des îles Marshall en 1944, pendant la Seconde Guerre mondiale. Le documentaire suggère qu’un navire vu à l’arrière-plan et arborant un drapeau japonais pourrait être le Kōshū Maru, un navire militaire japonais, qui aurait participé au transport des captifs. Il suggère que le Kōshū Maru les a peut-être transportés à Saipan, où ils sont morts en détention. Le documentaire cite également des preuves existantes en faveur de l’hypothèse de la capture par les Japonais, comme des habitants qui affirment avoir été témoins d’un accident d’avion sur l’atoll de Mili. Il suggérait également que le gouvernement américain aurait pu être au courant de la capture et couvrir cette connaissance.
Deux jours après la publication de The Lost Evidence, l’historien et blogueur japonais Kota Yamano a enquêté sur la question, et a publié un article de blog qui montrait la source originale de la photographie que l’ONI avait utilisée : un livre de voyage The Lifeline of the Sea : My South Sea Memoir (海の生命線 我が南洋の姿, Umi no seimeisen : Waga nannyou no sugata), qui a été publié pour la première fois en 1935. Le dernier vol d’Earhart et Noonan a eu lieu en 1937, donc une photo de 1935 n’aurait aucun lien avec la disparition d’Earhart et Noonan. Dans une interview accordée au Guardian, M. Yamano a critiqué le travail effectué derrière le documentaire, déclarant : « Je trouve étrange que les auteurs du documentaire n’aient pas confirmé la date de la photographie ou la publication dans laquelle elle est apparue à l’origine. C’est la première chose qu’ils auraient dû faire ». Yamano a également déclaré qu’il n’a fallu que trente minutes de recherche pour trouver la source. Sur Twitter, Yamano (sous le nom de @baron_yamaneko) a identifié le navire à droite de la photo comme un navire différent appelé Kōshū saisi par les forces japonaises alliées lors de la Première Guerre mondiale sur l’Empire allemand et non le Kōshū Maru de la marine japonaise.
Le scepticisme existait déjà avant le billet de blog de Yamano. Les Archives nationales ont écrit en avertissant que la version des Archives de la photographie ne comportait pas de date. Dorothy Cochrane, conservatrice au département aéronautique du National Air and Space Museum, a qualifié la nouvelle preuve de simple « photographie floue » et a cité les preuves existantes des transmissions radio qui suggéraient que l’Electra était au moins proche de l’île Howland, à 800 miles des îles Marshall. L’auteur Fukiko Aoki, qui a fait des recherches et écrit un livre en 1982, Looking for Amelia, était tout aussi critique avant les révélations de Yamano. Aoki a localisé un officier âgé, faisant partie de l’équipage de 1937 du Kōshū Maru, qui a nié l’implication du navire. Aoki a ensuite fait des recherches sur le journal de bord du Kōshū Maru, qui a montré qu’il se trouvait à 1 500 milles au moment de la disparition d’Earhart. Il a également fait valoir que pour atteindre et, d’une manière ou d’une autre, atterrir sur l’atoll éloigné où elle se serait écrasée, Earhart, bien qu’à court de carburant, aurait dû changer sa trajectoire nord-est en approchant de l’île Howland et voler sur des centaines de milles vers le nord-ouest. De plus, si les autorités japonaises avaient trouvé Earhart, elles auraient eu une motivation importante pour la secourir et la ramener, étant donné sa renommée. Les allégations de dissimulation du gouvernement américain ont également fait l’objet de critiques ; le documentaire mentionne de façon proéminente « un rapport daté du 7 janvier 1939 selon lequel Earhart était prisonnière dans les îles Marshall ». TIGHAR, un groupe qui défend l’hypothèse de la disparition de l’île Gardner, a enquêté sur le rapport gouvernemental de 1939, qui n’était pas difficile à trouver, et a découvert qu’il s’agissait d’un rapport sur une farce évidente – un récit invraisemblable trouvé en France de la part d’une personne qui ne s’est pas identifiée. Le message racontait qu’il avait été enlevé par les Japonais, que son équipage avait été tué, qu’il avait trouvé Earhart en détention, puis qu’il avait été envoyé en Europe sur un navire japonais non identifié. TIGHAR a écrit que la photo n’était « ni perdue ni une preuve » et que la photo avait été « exactement là où elle devait être, et était exactement ce qu’elle était étiquetée comme étant, une photo du port de Jaluit », critiquant également l’élément « photo perdue et mal classée » de The Lost Evidence.
En réponse, The History Channel a annulé les rediffusions de l’émission, a annoncé qu’elle ne serait pas disponible sur les plateformes de streaming ou à la demande, et a arrêté les diffusions prévues de l’émission au Canada et au Royaume-Uni. Elle a écrit dans un communiqué de presse que « HISTORY a une équipe d’enquêteurs qui explorent les derniers développements concernant Amelia Earhart, et nous serons transparents dans nos conclusions …. En fin de compte, l’exactitude historique est le plus important pour nous et nos téléspectateurs. »
En décembre 2017, aucune réponse n’a encore été donnée par History Channel, pour laquelle le sceptique Ben Radford a critiqué le réseau et son professionnalisme.:3:20