Les résultats présentés ici sont basés sur:
A. Justo &D.S. Hibbett. 2011. Classification phylogénétique de Trametes (Basidiomycota, Polyporales) basée sur un ensemble de données à cinq marqueurs. Taxon 60(6) : 1567-1583
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Abstract : La phylogénie de Trametes et des genres apparentés a été étudiée en utilisant les données moléculaires des marqueurs ribosomiques (nLSU, ITS) et des gènes codant pour les protéines (RPB1, RPB2, TEF1-alpha) et les conséquences pour la taxonomie et la nomenclature de ce groupe ont été examinées. Des ensembles de données distincts contenant uniquement des données sur l’ADNr, des ensembles de données uniques pour chacun des gènes codant pour les protéines et un ensemble combiné de cinq marqueurs ont été analysés. Les analyses moléculaires révèlent un clade trametoid fortement soutenu qui inclut la plupart des espèces de Trametes (y compris le type T. suaveolens, le groupe T. versicolor, et principalement les espèces tropicales telles que T. maxima et T. cubensis) ainsi que les espèces de Lenzites et Pycnoporus et Coriolopsis polyzona. Nos données confirment les positions de Trametes cervina (= Trametopsis cervina) dans le clade des phlébioïdes et de Trametes trogii (= Coriolopsis trogii) en dehors du clade des trametoïdes, étroitement lié à Coriolopsis gallica. Le genre Coriolopsis, tel qu’il est actuellement défini, est polyphylétique, l’espèce type faisant partie du clade des trametoïdes et au moins deux autres lignées se trouvant dans le clade principal des polyporoïdes. Au vu de ces résultats, l’utilisation d’un seul nom générique (Trametes) pour le clade des trametoïdes est considérée comme la meilleure option taxonomique et nomenclaturale car le concept morphologique de Trametes resterait presque inchangé, peu de nouvelles combinaisons nomenclaturales seraient nécessaires et la classification d’espèces supplémentaires (c’est-à-dire non encore décrites et/ou échantillonnées pour les données moléculaires) dans Trametes sur la base des seuls caractères morphologiques serait toujours possible. Des scénarios alternatifs visant à diviser le clade des trametoïdes en cinq ou dix genres ont été envisagés, mais si l’une de ces options devait être adoptée, la distinction morphologique des genres ségrégués et l’attribution d’espèces supplémentaires à l’un de ces genres seraient très difficiles et dans certains cas impossibles. Les genres Artolenzites, Coriolopsis (tel qu’actuellement typifié), Coriolus, Cubamyces, Cyclomycetella, Lenzites, Poronidulus, Pseudotrametes et Pycnoporus sont considérés comme des synonymes de Trametes.
Introduction
Le genre Trametes Fr. (Polyporales, Basidiomycota) est caractérisé par la combinaison de basidiocarpes pileux, d’un hyménophore poroïde, d’un système hyphalique trimitique, de basidospores lisses à paroi mince ne réagissant pas en présence du réactif de Melzer et de la production d’un type de pourriture blanche du bois (Gilbertson & Ryvarden, 1987). C’est un genre cosmopolite présent dans pratiquement tout type d’écosystème forestier dans les zones tempérées, boréales et tropicales (Gilbertson & Ryvarden, 1987). Trametes versicolor (« queues de dinde ») fait partie des espèces de champignons formant des champignons les plus communes et les plus répandues et son génome entier est actuellement en cours de séquençage (http://www.jgi.doe.gov/). Si le concept de Trametes que nous venons d’exposer est largement accepté (par exemple, Ryvarden 1991, Ryvarden & Gilbertson 1994, Bernicchia 2005), il n’est pas le seul à avoir été proposé. Corner (1989) avait un concept générique beaucoup plus large qui synonymisait sous Trametes 15 autres genres de Polyporales avec des systèmes hyphaux trimitiques, y compris des taxons avec des basidiocarpes stipendiés (par exemple Microporus) et des genres provoquant un type de pourriture brune (Daedalea, Fomitopsis). Ryvarden (1991) a défini le groupe Trametes de la famille Polyporaceae Corda par la combinaison d’un système hyphale trimitique et d’un type de pourriture blanche. Il y a inclus tous les genres synonymisés par Corner (1989), à l’exception des Daedalea et Fomitopsis à pourriture brune et des Lignosus stipendiés. Ryvarden a également inclus certains genres non considérés par Corner comme Cryptoporus, Elmerina et Fomitella dans le groupe Trametes des Polyporaceae.
Des études moléculaires récentes ont permis de clarifier les relations de plus haut niveau et génériques des champignons polyporoïdes, et certains des genres considérés comme faisant partie du groupe Trametes ont été placés en dehors des Polyporales : Trichaptum dans les Hymenochaetales (Hibbett & Donoghue, 1995 ; Binder &al., 2005 ; Larsson &al., 2006) et Elmerina dans les Tremellales (Larsson &al. 2004). D’autres genres du groupe Trametes ou Trametes sensu Corner (1989) appartiennent aux Polyporales mais ne sont pas étroitement liés à Trametes : Cerrena appartient au clade phlébioïde (Ko &Jung, 1999a ; Lee &Lim 2010) et les genres de la pourriture brune Daedalea et Fomitopsis sont placés dans le clade antrodia (Ko &Jung, 1999b ; Hibbett &Donoghue, 2001 ; Binder &al., 2005). Sur la base des études que nous venons de mentionner, des articles de Tomšovský & al. (2006) et Sotome & al. (2008), et des résultats présentés ici, les genres restants du groupe Trametes appartiennent au clade polyporoïde central.
Les études phylogénétiques les plus inclusives avec un accent sur Trametes sont celles de Tomšovský & al. (2006), qui a étudié les séquences ITS et nLSU dans onze isolats représentant sept espèces européennes, et Ko & Jung (1999b), qui a étudié les séquences mtSSU dans sept isolats de Trametes. Collectivement, ces études soutiennent le placement de la plupart des espèces de Trametes dans le clade polyporoïde central, mais ont également suggéré que Trametes est paraphylétique ou polyphylétique, avec des espèces de Lenzites et de Pycnoporus mélangées avec des espèces de Trametes.
Les données moléculaires ont également montré que certaines espèces classées dans Trametes par Corner (1989), Gilbertson & Ryvarden (1987) et Ryvarden & Gilbertson (1994) n’appartiennent pas au genre : (i) Trametes trogii est plus étroitement lié à Coriolopsis gallica qu’aux autres espèces de Trametes (Ko & Jung, 1999b ; Tomšovský &al…, 2006) ; (ii) Trametes consors appartient au genre Cerrena (Ko & Jung, 1999a) ; (iii) Tomšovský (2008) a montré que Trametes cervina est probablement apparenté à Ceriporiopsis et a été transféré au nouveau genre Trametopsis (Tomšovský, 2008).
Discussion
Voici les relations phylogénétiques des Polyporales trametoïdes déduites des données nLSU, ITS, RPB1, RPB2 et TEF1.
Nous concluons que tous les membres du clade trametoïde devraient être classés sous un seul nom générique (Trametes). Le concept morphologique de Trametes de Gilbertson &Ryvarden (1987) n’aurait qu’à être légèrement élargi pour permettre aux espèces avec des basidiocarpes rouge-orange (Pycnoporus) et/ou des hyphes et un contexte colorés (Pycnoporus, C. polyzona) d’être incluses dans Trametes. L’attribution de taxons non échantillonnés et nouvellement décrits à ce « nouveau » Trametes sera plus facile que dans n’importe lequel des scénarios taxonomiques alternatifs envisagés ici et pas plus compliquée qu’avec le concept morphologique actuel de Trametes.
Des alternatives à l’utilisation du nom Trametes pour tous les membres du clade des trametoïdes ont également été envisagées.
Option des cinq genres : reconnaître les cinq lignées bien soutenues récupérées dans l’analyse de l’ensemble de données à cinq marqueurs au niveau générique : Trametes, Lenzites, Coriolopsis, Artolenzites et Pycnoporus. Si cette option est adoptée, il serait nécessaire de transférer certaines espèces actuellement placées dans Trametes vers Lenzites (T. gibbosa, T. pavonia, T. membranacea) ou Pycnoporus (T. cubensis) et de « ressusciter » le nom Artolenzites pour accueillir T. elegans et le groupe T. maxima. Les raisons de ne pas adopter cette option peuvent être facilement reconnues : (i) Ces cinq genres seraient impossibles à distinguer les uns des autres sur la base de la morphologie, de l’écologie et/ou de la distribution biogéographique ; (ii) Étant donné la nature homoplasique de certains caractères importants utilisés dans la distinction générique de ce groupe (par exemple, hyménophore lamellé vs. (ii) Etant donné la nature homoplasique de certains caractères importants utilisés dans la distinction générique de ce groupe (par exemple hyménophore lamellaire vs. poroïde, présence d’hyphes de liaison « en forme d’épée », nature et distribution des pigments dans les basidiocarpes), il n’est pas possible de déterminer, sur la base de la morphologie seule, la position taxonomique des espèces non échantillonnées ici ; (iii) Il ne sera pas possible d’attribuer les espèces nouvellement décrites à l’un de ces cinq genres sans générer de données moléculaires et même alors si seul l’ADNr est disponible (par ex.g. T. pocas, T. ljubarskii, L. warnieri), cela pourrait ne pas être suffisant pour une classification générique confiante.
Option de dix genres : reconnaître Trametes, Coriolopsis (seulement C. polyzona), Lenzites et Pycnoporus tels que définis par Gilbertson &Ryvarden (1987), sans y transférer aucune espèce, et en adoptant de nouveaux noms génériques pour les taxons qui ne relèvent pas de ces genres. Les noms génériques Pseudotrametes, Cyclomycetella, Artolenzites et Cubamyces n’accueilleraient que leurs espèces types respectives et deux nouveaux genres devraient être créés pour T. membranacea et le groupe T. maxima. Avec l’échantillonnage actuel, un total de dix genres devrait être accepté pour les taxons du clade des trametoïdes. Cependant, les mêmes problèmes que ceux qui viennent d’être exposés pour l’option des cinq genres seront encore plus graves avec cette option et il est très probable que le nombre de genres dans le clade trametoid augmente au fur et à mesure que de nouveaux taxons sont échantillonnés pour les analyses moléculaires.
