Mainstream siker
Marlon Wayans hamarosan egyre inkább reflektorfénybe került, és széleskörű népszerűségre tett szert, amikor testvérével, Shawnnal együtt szerepelt a WB szitkomjában, a The Wayans Bros. című, nagyrészt önéletrajzi jellegű sorozatban, amely a testvérek valós kapcsolatán és személyiségén alapul. Az 1995 és ’99 között futó The Wayans Bros. segített Marlon Wayans-t a kitüntetett család egyik legjelentősebb tagjává tenni. Aztán 2000-ben társíró és színész volt eddigi legnépszerűbb filmjében, a Scary Movie című kasszasiker horrorparódiában. A film, amelynek elkészítése csekély 19 millió dollárba került, elképesztő 157 millió dollárt hozott a kasszáknál, és ezzel a valaha volt legtöbb bevételt hozó afroamerikai (Keenen Ivory Wayans) rendezésű film lett. Marlon Wayans a film több folytatásának társszerzője és szereplője is volt: Scary Movie 2 (2001), Scary Movie 3 (2003) és Scary Movie 4 (2006). A Scary Movie sorozaton kívül Marlon Wayans és testvére, Shawn szerepeltek a népszerű paródiákban, a Fehér csajok (2004), a Kisember (2006) és a Dance Flick (2009) című filmekben is.
A testvéreivel készített paródiák mellett Marlon Wayans más színészekkel komolyabb filmekbe is belevágott. “Sokan csak azt hiszik, hogy mindig vicces és őrült vagyok” – mondja – “de én egy előadóművészeti középiskolába jártam, így a drámai művészetekben képzett vagyok. Csak történetesen vicces vagyok”. A 2000-es Requiem for a Dream (Rekviem egy álomért) című sötét filmben egy heroinfüggő alakításáért nagy elismerést kapott. 2004-ben Tom Hanks oldalán játszott a The Ladykillers című filmben.
Marlon Wayans 2005-ben feleségül vette régi barátnőjét, Angelica Zackary-t. Két gyermekük van, egy fiú, Shawn (akit Wayans bátyjáról neveztek el) és egy lány, Amai.
Noha egy olyan háztartásban nőtt fel, amely már tele volt sikeres előadóművészekkel, Wayans nem engedett a nyomásnak, hogy testvérei árnyékába kerüljön, ehelyett elfogadta a lehetőséget, hogy tanuljon a családjától. “Boldog vagyok, hogy azt csinálhatom, amit szeretek, és azzal, akivel szeretem” – mondta. Arra a kérdésre, hogy nem esik-e nehezére, hogy idősebb testvérei irányítanak, Wayans így válaszolt: “A testvéreim egész életemben megmondták, hogy mit csináljak, de most legalább fizetnek érte!”