Redwood Creek vormt een kritieke paai- en opgroeigebied voor coho of zilveren zalm (Oncorhynchus kisutch), kustrivierforel (Oncorhynchus clarki clarki) en staalkopforel (Oncorhynchus mykiss), stuk voor stuk bedreigde soorten. De kreek ligt dicht bij de zuidelijkste grens van het coho-habitat en de vissen zijn nooit uitgezet, zodat zij een onderscheidend DNA hebben. De Redwood Creek-zalm is de coho-zalm van de centrale kust die sinds oktober 2006 op de federale lijst van bedreigde diersoorten staat en sinds juni 2005 op de federale lijst van bedreigde diersoorten. Coho migreert van de oceaan terug naar zoet water voor een enkele kans op voortplanting, meestal na twee jaar in de oceaan. De paaimigratie begint nadat zware regenval aan het eind van de herfst of in de winter de zandbank bij Muir Beach doorbreekt, waardoor de vissen stroomopwaarts kunnen trekken (meestal in december en januari). Tijdens de wintertrek van 2007-2008 en de wintertrek van 2008-2009 is geen zalm gezien. Er zijn aanwijzingen dat de smolts die in de kreek overzomeren, uitgeput raken doordat grote houtachtige brokstukken en diepe poelen waar de jonge zalm kan rusten, verloren gaan. Vanaf 2009 zal de National Park Service beginnen met het herstel van Muir Beach om een functioneel, zichzelf in stand houdend ecosysteem te creëren en de toegang voor bezoekers te verbeteren. De interventie was bijna te laat, aangezien de coho slechts een levensduur van drie jaar heeft. Gelukkig zwommen vanaf januari 2010, voor het eerst in drie jaar, naar schatting 45 coho Redwood Creek op om te paaien, waarbij 23 redds of clusters van eieren werden gevormd. In 2011 werden 11 levende volwassen coho’s en 1 coho karkas waargenomen, samen met drie redds, een bescheiden toename ten opzichte van het paaiseizoen 2007-2008. In de hele staat is de coho-populatie 1% van het niveau van de jaren 1940 en de vissen zijn verdwenen uit 90% van de beken die ze vroeger bezochten. De Watershed Alliance of Marin meldde dat er in 2014 geen zalmen terugkeerden om te paaien, wat de vrees doet ontstaan dat de vis nu plaatselijk uitgestorven is. Drie volwassen mannelijke coho’s die in 2014 als juvenielen uit de kreek werden gevangen, werden vrijgelaten samen met drie vrouwtjes uit Olema Creek als onderdeel van de operatie “coho jumpstart” van het California Department of Fish and Wildlife, en ten minste één van de laatstgenoemden werd waargenomen om te paaien, wat de hoop op een terugkeer van een levensvatbare paaibaan in Redwood Creek doet opleven.
In de herfst van 2003 voltooide de NPS de eerste fase van het Banducci Site-restauratieproject, ongeveer 1 km stroomopwaarts van de monding van de kreek bij Muir Beach. Er werden kunstmatige dammen van stammen aangelegd met behulp van omgevallen Eucalyptusbomen en de dijken werden doorbroken om het kanaal en de uiterwaarden weer met elkaar te verbinden. Het hoofddoel van het project was het creëren van opgroeiplaatsen voor jonge zalmachtigen. De NPS heeft ook invasieve, niet-inheemse vegetatie in de oevercorridor verwijderd en vervangen door inheemse vegetatie om de nestgelegenheid voor zangvogels en trekvogels te verbeteren. De huidige fase van het Redwood Creek Restoration Project, begonnen in 2009, is een poging om de uiterwaard van de kreek, die 46 hectare groot is, te herstellen. Het omvat de creatie van een nieuw meanderend kanaal van 650 voet met drie zijkanalen, in een poging om de historische Big Lagoon te herstellen, die zich volgens de kaarten van 1850 helemaal uitstrekte tot aan de huidige Pelican Inn. Zodra de aangeplante inheemse vegetatie op de nieuwe beekoevers is gegroeid, zal de huidige parkeerplaats 90 graden worden gedraaid en het nieuwe kanaal worden aangesloten.
Andere zeldzame soorten die in het stroomgebied leven zijn de noordelijke gevlekte uil (Strix occidentalis caurina) en de Californische roodpootkikker (Rana aurora draytonii). Eind 2009 heeft de NPS een vijver uitgegraven in een weiland bij Green Gulch Farm om leefruimte te bieden aan de slinkende Californische roodpootkikkerpopulatie, de enige in het stroomgebied.
Rivierotters (Lontra canadensis) werden in 1996 in Redwood Creek gesignaleerd, en keren elk jaar terug om staalkopforel te eten. Rivierotters werden niet vermeld als inheems in Marin County in Grinnell’s 1937 Fur-bearing Mammals of California.