Redwood Creek stanowi krytyczne siedlisko tarła i wychowu młodych dla łososia coho lub srebrnego (Oncorhynchus kisutch), gardłosza brzegowego (Oncorhynchus clarki clarki) i pstrąga stalowego (Oncorhynchus mykiss), z których każdy jest gatunkiem zagrożonym. Potok znajduje się w pobliżu południowej granicy siedliska coho, a ryby nigdy nie były zarybiane, więc mają charakterystyczne DNA. Łosoś z Redwood Creek to łosoś Coho z Centralnego Wybrzeża, który od października 2006 roku znajduje się na liście gatunków federalnie zagrożonych, a od czerwca 2005 roku na liście gatunków zagrożonych. Coho migrują z oceanu z powrotem do słodkiej wody, aby mieć jedną szansę na reprodukcję, zazwyczaj po dwóch latach spędzonych w oceanie. Migracje tarłowe rozpoczynają się po silnych późnych opadach deszczu lub zimowych deszczach, które naruszają piaszczystą barierę na Muir Beach, umożliwiając rybom przemieszczanie się w górę rzeki (zazwyczaj w grudniu i styczniu). Nie zaobserwowano żadnego łososia w okresie zimowym 2007-2008 ani w okresie zimowym 2008-2009. Dowody wskazują na wyczerpywanie się smoltów w okresie letnim w potoku z powodu utraty dużych drewnianych pozostałości i głębokich basenów, w których młode łososie mogą odpoczywać. Począwszy od 2009 roku, Służba Parku Narodowego rozpocznie odbudowę Muir Beach, aby stworzyć funkcjonalny, samowystarczalny ekosystem i poprawić dostęp dla zwiedzających. Interwencja była prawie za późno, ponieważ łosoś coho ma tylko trzy lata życia. Na szczęście w styczniu 2010 roku, po raz pierwszy od trzech lat, szacuje się, że 45 sztuk coho przypłynęło w górę Redwood Creek na tarło, tworząc 23 kolonie lub skupiska ikry. W 2011 roku zaobserwowano 11 żywych dorosłych osobników i 1 tuszę wraz z trzema stadami, co stanowi niewielki wzrost w stosunku do sezonu tarłowego 2007-2008. W skali całego stanu populacja coho wynosi 1% stanu z lat 40-tych XX wieku, a ryby zniknęły z 90% strumieni, które formalnie odwiedzały. Watershed Alliance of Marin poinformowało, że w 2014 roku żaden łosoś nie powrócił na tarło, co wywołało obawy, że ryby te mogą obecnie lokalnie wyginąć. Trzy dorosłe samce coho schwytane z potoku jako młode osobniki w 2014 r. zostały wypuszczone wraz z trzema samicami Olema Creek w ramach operacji California Department of Fish and Wildlife „coho jumpstart”, a co najmniej jeden z tych ostatnich został zaobserwowany do tarła, podnosząc nadzieje na powrót realnego biegu tarłowego w Redwood Creek.
W jesieni 2003 r., NPS ukończył pierwszą fazę projektu odbudowy Banducci Site, około 1 km w górę rzeki od ujścia potoku w Muir Beach. Sztuczne korki zostały zbudowane przy użyciu powalonych drzew eukaliptusowych i przełamania ograniczających wałów, aby ponownie połączyć kanał i tereny zalewowe. Głównym celem tego projektu było stworzenie basenów do wychowu młodych ryb łososiowatych. NPS usunął także inwazyjną, nierodzimą roślinność w korytarzu łęgowym i zastąpił ją roślinnością rodzimą, aby poprawić siedliska lęgowe dla rezydentów i migrujących nadrzecznych ptaków śpiewających. Obecna faza projektu odbudowy Redwood Creek, rozpoczęta w 2009 roku, jest próbą odtworzenia 46-hektarowego terenu zalewowego potoku. Obejmuje on utworzenie nowego, mierzącego 650 stóp, meandrującego kanału z trzema kanałami bocznymi, co ma na celu przywrócenie historycznego Big Lagoon, który według map z 1850 roku rozciągał się aż do obecnej Pelican Inn. Po zasadzeniu rodzimej roślinności na nowych brzegach strumienia, obecny parking zostanie obrócony o 90 stopni, a nowy kanał połączony.
Inne rzadkie gatunki żyjące w dziale wodnym obejmują północną sowę plamistą (Strix occidentalis caurina) i kalifornijską żabę czerwononogą (Rana aurora draytonii). Pod koniec 2009 r. NPS wykopał staw na pastwisku w Green Gulch Farm, aby zapewnić siedlisko dla kurczącej się populacji kalifornijskiej żaby czerwononogiej, jedynej w dziale wodnym.
Wydra rzeczna (Lontra canadensis) została zauważona w Redwood Creek w 1996 r. i powraca co roku, aby zjeść pstrąga stalowogłowego. Wydra rzeczna nie została wymieniona jako rodzima dla Marin County w Grinnell’s 1937 Fur-bearing Mammals of California.
.