Extinções em massa
Eventos de extinção em massa têm ocorrido periodicamente na história da Terra. Três desses eventos são particularmente relevantes para a história dos mamíferos. O primeiro foi a extinção Cretáceo-Terciária há 65 milhões de anos, que levou ao desaparecimento dos dinossauros. Mamíferos e dinossauros coexistiram durante aproximadamente 140 milhões de anos, durante os quais os dinossauros dominaram a maioria dos grandes nichos de vertebrados terrestres. Esta extinção muito provavelmente foi o resultado de um grande impacto de meteoros que eliminou mais da metade de todas as espécies do planeta. Os mamíferos sobreviveram relativamente bem a esse evento de extinção, provavelmente porque a maioria dos mamíferos mesozóicos eram espécies com tempos de geração curtos e grandes ninhadas. Durante o período terciário, os mamíferos foram submetidos a uma rápida radiação adaptativa, preenchendo nichos semelhantes aos que os dinossauros deixaram escapar.
Um segundo grande evento de extinção ocorreu durante o período Eocénico-Oligocénico, há 30 a 35 milhões de anos. Esta extinção foi o resultado do arrefecimento global devido a mudanças nos padrões das correntes oceânicas. Antes deste período as famílias modernas de mamíferos constituíam apenas cerca de 15% da fauna mamífera; após o resfriamento os mamíferos modernos constituíam mais de 50% da fauna a nível familiar.
O terceiro evento de extinção em massa começou há cerca de 15.000 anos e ainda está em curso. Espécies grandes (mamutes, preguiças terrestres, cavalos, camelos e leões) foram mais adversamente afetadas pelo mais recente evento de extinção do que outros taxa. No século XXI, existem apenas cerca de uma dúzia de espécies de mamíferos grandes (mais de 100 libras) na América do Norte. Há 11.000 anos atrás, pode ter havido três vezes esse número.
Há controvérsia sobre o que causou a extinção destes grandes mamíferos. Três possibilidades incluem o aquecimento global no final da última grande glaciação, a matança excessiva pelos primeiros humanos norte-americanos, e doenças contagiosas. O momento de cada um desses eventos está correlacionado com o momento da extinção, portanto determinar qual hipótese é mais provável deve ser baseada nos méritos de cada argumento. A redução no tamanho do habitat adequado é o fator mais provável se a extinção for devida a mudanças climáticas. Grande parte da América do Norte foi coberta por um habitat de pastagem durante o último período glaciar. Como este habitat diminuiu, a maior espécie pode ter sido incapaz de se adaptar às novas condições. A migração de seres humanos para a América do Norte é o agente causador das outras duas hipóteses. Segundo estes modelos, a megafauna foi extinta quer directamente através da predação por um caçador altamente eficiente, quer indirectamente pela introdução de organismos exóticos e infecciosos.
No final do século XX e início do século XXI, a destruição em grande escala de habitats em florestas tropicais e noutros locais causou a extinção de um número significativo de espécies, muitas não totalmente identificadas. Pressões do aumento populacional, expansão agrícola e limpeza das florestas ameaçam muitos milhares de espécies em todo o mundo.