Según Las pruebas perdidas, la mujer del centro que mira hacia el océano era probablemente Earhart, y uno de los hombres de la izquierda probablemente Noonan. Las identidades reales de los sujetos de esta foto son desconocidas.
La «evidencia perdida» en cuestión era una fotografía encontrada en los Archivos Nacionales en College Park del Atolón Jaluit en el Mandato de los Mares del Sur, el mandato japonés para las Islas Marshall. La fotografía incluye a dos personas de aspecto europeo. El documental, a través de un analista forense especializado en reconocimiento facial, postuló que era «muy probable» que se tratara de una foto de Earhart y Noonan capturados. La evidencia perdida también dice que una barcaza en el fondo podría contener un avión, y que ese avión podría haber sido el Electra. La fotografía era de la Oficina de Inteligencia Naval (ONI) y estaba preparada para la invasión de las Islas Marshall en 1944 durante la Segunda Guerra Mundial. El documental sugiere que un barco que se ve en el fondo con bandera japonesa podría ser el Kōshū Maru, un buque naval militar japonés, que habría participado en el transporte de los cautivos. Sugiere que tal vez el Kōshū Maru los transportó a Saipán, donde murieron detenidos. El documental también citaba las pruebas existentes para la hipótesis de la captura japonesa, como los lugareños que afirmaban haber sido testigos de un accidente aéreo en el atolón Mili. También sugería que el gobierno de EE.UU. podría haber conocido la captura y haberla encubierto.
Dos días después de la publicación de The Lost Evidence, el historiador y bloguero japonés Kota Yamano investigó el asunto, y publicó una entrada en su blog que mostraba la fuente original de la fotografía que la ONI había utilizado: un libro de viajes The Lifeline of the Sea: My South Sea Memoir (海の生命線 我が南洋の姿, Umi no seimeisen : Waga nannyou no sugata), que se publicó por primera vez en 1935. El último vuelo de Earhart y Noonan fue en 1937, por lo que una foto de 1935 no tendría relación con la desaparición de Earhart y Noonan. En una entrevista concedida a The Guardian, Yamano criticó el trabajo realizado por el documental: «Me parece extraño que los realizadores del documental no hayan confirmado la fecha de la fotografía ni la publicación en la que apareció originalmente. Eso es lo primero que deberían haber hecho». Yamano también dijo que sólo necesitó treinta minutos de búsqueda para encontrar la fuente. En Twitter, Yamano (como @baron_yamaneko) identificó el barco de la derecha de la foto como un barco diferente llamado Kōshū incautado por las fuerzas japonesas aliadas en la Primera Guerra Mundial al Imperio Alemán y no el Kōshū Maru de la armada japonesa.
El escepticismo había existido incluso antes de la publicación del blog de Yamano. Los Archivos Nacionales escribieron advirtiendo que la versión de los Archivos de la fotografía no tenía fecha. Dorothy Cochrane, conservadora del departamento de aeronáutica del Museo Nacional del Aire y del Espacio, calificó la nueva prueba como una mera «fotografía borrosa» y citó las pruebas existentes de las transmisiones de radio que sugerían que el Electra estaba al menos cerca de la isla Howland, a 800 millas de las Islas Marshall. La autora Fukiko Aoki, que investigó y escribió un libro en 1982, Looking for Amelia, fue igualmente crítica antes de las revelaciones de Yamano. Aoki localizó a un anciano oficial, parte de la tripulación del Kōshū Maru de 1937, que negó la participación del barco. Posteriormente, Aoki investigó el cuaderno de bitácora del Kōshū Maru, que demostró que estaba a 1.500 millas de distancia en el momento de la desaparición de Earhart. También se argumentó que para llegar y aterrizar de alguna manera en el remoto atolón donde supuestamente se estrelló habría sido necesario que Earhart, aunque con poco combustible, cambiara su rumbo hacia el noreste al acercarse a la isla Howland y volara cientos de millas hacia el noroeste. Además, si las autoridades japonesas hubieran encontrado a Earhart, habrían tenido una gran motivación para rescatarla y devolverla, teniendo en cuenta su fama. Las afirmaciones de un encubrimiento por parte del gobierno estadounidense también fueron criticadas; el documental menciona de forma destacada «un informe fechado el 7 de enero de 1939 en el que se afirma que Earhart estaba prisionera en las Islas Marshall». TIGHAR, un grupo que defiende la hipótesis de la desaparición en las Islas Gardner, investigó el informe gubernamental de 1939, que no era difícil de encontrar, y descubrió que se trataba de un informe sobre una broma evidente: un relato inverosímil encontrado en Francia de alguien que no se identificó. El mensaje contaba que había sido secuestrado por los japoneses, que su tripulación había sido asesinada, que había encontrado a Earhart bajo custodia y que luego había sido enviado a Europa en un barco japonés sin nombre. TIGHAR escribió que la foto no estaba «ni perdida ni era una prueba» y que la foto había estado «exactamente donde debía estar, y era exactamente lo que se etiquetó que era, una foto del puerto de Jaluit», criticando también el elemento de «foto perdida y mal archivada» de The Lost Evidence.
En respuesta, The History Channel canceló las retransmisiones del programa, anunció que no estaría disponible en streaming o en plataformas a la carta, y detuvo las emisiones programadas del programa en Canadá y el Reino Unido. En un comunicado de prensa, el canal escribió que «HISTORY cuenta con un equipo de investigadores que están explorando los últimos avances sobre Amelia Earhart, y seremos transparentes en nuestros descubrimientos… En última instancia, la exactitud histórica es lo más importante para nosotros y nuestros espectadores».
A fecha de diciembre de 2017, aún no ha habido respuesta por parte de History Channel, por lo que el escéptico Ben Radford criticó a la cadena y su profesionalidad.