Redwood Creek er et kritisk gyde- og opvæksthabitat for coho- eller sølvlaks (Oncorhynchus kisutch), kystnær rødstrubet laks (Oncorhynchus clarki clarki) og stålhovedørred (Oncorhynchus mykiss), som alle er truede arter. Bækken ligger nær den sydligste grænse for coho-ørredens levested, og fiskene er aldrig blevet udlagt, så de har et særpræget DNA. Redwood Creek-laksene er centralkystens coho-laks, som har været opført på listen over truede arter på føderalplan siden oktober 2006 og som truede arter på føderalplan i juni 2005. Coho-laks vandrer fra havet tilbage til ferskvand for at få en enkelt chance for at reproducere sig, som regel efter to år i havet. Gydemigrationen begynder, når kraftige regnskyl sidst på efteråret eller om vinteren bryder sandbanken ved Muir Beach, så fiskene kan bevæge sig opstrøms (normalt i december og januar). Der blev ikke set nogen laks i vinterløbet i 2007-2008 og heller ikke i vinterløbet i 2008-2009. Der er tegn på, at de smolt, der oversomrer i åen, er udtømt som følge af tabet af store træaffald og dybe bassiner, hvor de unge laks kan hvile. Fra 2009 vil National Park Service påbegynde restaureringen af Muir Beach for at skabe et funktionelt, selvbærende økosystem og forbedre adgangen for besøgende. Indgrebet var næsten for sent, da coho-laksen kun har en levetid på tre år. Heldigvis var der i januar 2010 for første gang i tre år 45 cohoer, der svømmede op ad Redwood Creek for at gyde og skabte 23 redds eller klumper af æg. I 2011 blev der observeret 11 levende voksne coho’er og 1 coho-kadaver sammen med tre rødder, hvilket er en beskeden stigning i forhold til gydesæsonen 2007-2008. I hele staten er coho-populationen 1 % af det niveau, den havde i 1940’erne, og fiskene er forsvundet fra 90 % af de vandløb, de tidligere besøgte. Watershed Alliance of Marin rapporterede, at ingen laks vendte tilbage for at gyde i 2014, hvilket giver anledning til bekymring for, at fisken nu kan være lokalt uddød. Tre voksne coho-hanner, der blev fanget i bækken som ungfisk i 2014, blev sat ud sammen med tre Olema Creek-hunner som led i California Department of Fish and Wildlife operation “coho jumpstart”, og mindst én af sidstnævnte blev observeret til at gyde, hvilket giver håb om, at der igen vil være et levedygtigt gydeforløb i Redwood Creek.
I efteråret 2003 afsluttede NPS den første fase af restaureringsprojektet Banducci Site, ca. 1 km opstrøms fra bækkens udmunding ved Muir Beach. Der blev konstrueret kunstige træstammer ved hjælp af fældede eukalyptustræer og brud på de begrænsende diger for at genskabe forbindelsen mellem kanalen og flodsletterne. Det primære formål med projektet var at skabe opvækstbassiner for unge laksefisk. NPS fjernede også invasiv, ikke-indfødt vegetation i flodkorridoren og erstattede den med indfødt vegetation for at forbedre ynglehabitaterne for de herboende og vandrende sangfugle i flodkorridoren. Den nuværende fase af Redwood Creek Restoration Project, der blev påbegyndt i 2009, er et forsøg på at genoprette den 46 hektar store flodslette, som bækken er oversvømmet af. Det omfatter etablering af en ny 650 fods slyngende kanal med tre sidekanaler i et forsøg på at genoprette den historiske Big Lagoon, som ifølge kort fra 1850 strakte sig helt tilbage til den nuværende Pelican Inn. Når den plantede hjemmehørende vegetation har fået fodfæste på de nye vandløbsbredder, vil den nuværende parkeringsplads blive drejet 90 grader, og den nye kanal vil blive forbundet.
Andre sjældne arter, der lever i afvandingsområdet, omfatter den nordlige plettet ugle (Strix occidentalis caurina) og den californiske rødbenede frø (Rana aurora draytonii). I slutningen af 2009 udgravede NPS en dam i en græsmark på Green Gulch Farm for at skabe levested for den svindende population af californiske rødbenede frøer, som er den eneste i afvandingsområdet.
River odder (Lontra canadensis) blev spottet i Redwood Creek i 1996 og vender tilbage hvert år for at spise stålhovedørreder. Flod odder blev ikke opført som hjemmehørende i Marin County i Grinnell’s 1937 Fur-bearing Mammals of California.