Masseudryddelser
Masseudryddelser har fundet sted med jævne mellemrum i Jordens historie. Tre af disse hændelser er særligt relevante for pattedyrenes historie. Den første var udryddelsen i kridttiden og tertiærtiden for 65 millioner år siden, som førte til dinosaurernes udryddelse. Pattedyr og dinosaurer eksisterede side om side i ca. 140 millioner år, hvor dinosaurerne dominerede størstedelen af de store terrestriske hvirveldyrs nicher. Denne udryddelse var højst sandsynligt resultatet af et stort meteornedslag, der udryddede over halvdelen af alle arter på planeten. Pattedyrene overlevede denne udryddelseshændelse relativt godt, sandsynligvis fordi størstedelen af de mesozoiske pattedyr var arter med korte generationstider og store kuld. I løbet af tertiærtiden gennemgik pattedyrene en hurtig adaptiv stråling og fyldte nicher, der lignede dem, som dinosaurerne havde forladt.
En anden større udryddelse fandt sted i Eocæn-Oligocæn for 30-35 millioner år siden. Denne uddøen var et resultat af global afkøling som følge af ændringer i havstrømmenes mønstre. Før denne periode udgjorde moderne pattedyrfamilier kun omkring 15 procent af pattedyrfaunaen; efter afkøling udgjorde moderne pattedyr mere end 50 procent af faunaen på familieplan.
Den tredje masseudryddelseshændelse begyndte for omkring 15.000 år siden og er stadig i gang. Store arter (mammutter, markfirben, heste, kameler og løver) blev mere negativt påvirket af den seneste udryddelseshændelse end andre taxa. I det enogtyvende århundrede findes der kun omkring et dusin arter af store pattedyr (over 100 pund) i Nordamerika. For så sent som for 11.000 år siden kan der have været tre gange så mange.
Der er uenighed om, hvad der forårsagede udryddelsen af disse store pattedyr. Tre muligheder omfatter global opvarmning i slutningen af den sidste store istid, overdød af de tidlige nordamerikanske mennesker og smitsomme sygdomme. Tidspunktet for hver af disse begivenheder korrelerer med tidspunktet for udryddelsen, og derfor må det afgøres, hvilken hypotese der er mest sandsynlig, ud fra de enkelte argumenters berettigelse. Reduktion af størrelsen af egnede levesteder er den mest sandsynlige faktor, hvis udryddelsen skyldes klimaændringer. En stor del af Nordamerika var dækket af et græslandshabitat i den sidste istid. Da dette levested blev mindre, kan de største arter ikke have været i stand til at tilpasse sig de nye forhold. Menneskers indvandring til Nordamerika er årsag til de to andre hypoteser. Ifølge disse modeller uddøde megafaunaen enten direkte på grund af prædation fra en meget effektiv jæger eller indirekte på grund af indførelsen af eksotiske, smittefarlige organismer.
I slutningen af det 20. og begyndelsen af det 21. århundrede har den omfattende ødelæggelse af levesteder i tropiske skove og andre steder medført udryddelse af et betydeligt antal arter, hvoraf mange ikke er fuldt identificeret. Presset fra befolkningstilvækst, landbrugsekspansion og skovrydning truer mange tusinde arter i hele verden.