Extinciones en masa
Los eventos de extinción en masa han ocurrido periódicamente en la historia de la Tierra. Tres de estos eventos son particularmente relevantes para la historia de los mamíferos. El primero fue la extinción del Cretácico-Terciario, hace 65 millones de años, que provocó la desaparición de los dinosaurios. Los mamíferos y los dinosaurios coexistieron durante aproximadamente 140 millones de años, tiempo durante el cual los dinosaurios dominaron la mayoría de los grandes nichos de vertebrados terrestres. Lo más probable es que esta extinción fuera el resultado del impacto de un gran meteorito que eliminó más de la mitad de las especies del planeta. Los mamíferos sobrevivieron relativamente bien a ese evento de extinción, probablemente porque la mayoría de los mamíferos del Mesozoico eran especies con tiempos de generación cortos y camadas grandes. Durante el período Terciario, los mamíferos experimentaron una rápida radiación adaptativa, ocupando nichos similares a los que dejaron vacantes los dinosaurios.
Un segundo evento de extinción importante ocurrió durante el período Eoceno-Oligoceno, hace 30 a 35 millones de años. Esta extinción fue el resultado de un enfriamiento global debido a cambios en los patrones de las corrientes oceánicas. Antes de este período, las familias modernas de mamíferos comprendían sólo un 15 por ciento de la fauna de mamíferos; después del enfriamiento, los mamíferos modernos constituían más del 50 por ciento de la fauna a nivel de familia.
El tercer evento de extinción masiva comenzó hace unos 15.000 años y aún continúa. Las especies grandes (mamuts, perezosos terrestres, caballos, camellos y leones) se vieron más afectadas por el evento de extinción más reciente que otros taxones. En el siglo XXI, sólo hay una docena de especies de grandes mamíferos (más de 100 libras) en Norteamérica. Hace tan sólo 11.000 años, el número de estos mamíferos era tres veces mayor.
Hay controversia sobre la causa de la extinción de estos grandes mamíferos. Hay tres posibilidades: el calentamiento global al final de la última gran glaciación, el ensañamiento de los primeros humanos de América del Norte y las enfermedades contagiosas. El momento de cada uno de estos acontecimientos se correlaciona con el momento de la extinción, por lo que determinar qué hipótesis es más probable debe basarse en los méritos de cada argumento. La reducción del tamaño del hábitat adecuado es el factor más probable si la extinción se debe al cambio climático. Gran parte de Norteamérica estaba cubierta por un hábitat de pastizales durante el último periodo glacial. Al disminuir este hábitat, las especies más grandes pueden haber sido incapaces de adaptarse a las nuevas condiciones. La migración de los humanos a Norteamérica es el agente causante de las otras dos hipótesis. Según estos modelos, la megafauna se extinguió directamente por la depredación de un cazador muy eficiente o indirectamente por la introducción de organismos exóticos e infecciosos.
A finales del siglo XX y principios del XXI, la destrucción a gran escala de los hábitats en los bosques tropicales y en otros lugares ha provocado la extinción de un número importante de especies, muchas de las cuales no están totalmente identificadas. Las presiones derivadas del aumento de la población, la expansión agrícola y la limpieza de los bosques amenazan a muchos miles de especies en todo el mundo.