Mainstream Menestys
Marlon Wayans siirtyi pian kauemmas parrasvaloihin ja saavutti laajaa suosiota, kun hän ja veli Shawn näyttelivät yhdessä WB:n komediasarjassa The Wayans Bros, joka on pitkälti omaelämäkerrallinen, veljesten todelliseen sukulaisuussuhteeseen ja luonteenpiirteisiin pohjautuva show. Vuodesta 1995 vuoteen -99 pyörinyt The Wayans Bros. auttoi tekemään Marlon Wayansista yhden koristellun perheensä tunnetuimmista jäsenistä. Vuonna 2000 hän oli mukana käsikirjoittamassa ja näyttelemässä tähän mennessä suosituimmassa elokuvassaan, kauhuparodia Scary Movie -elokuvassa. Elokuva, jonka tekeminen maksoi vaivaiset 19 miljoonaa dollaria, tuotti lipputuloja huikeat 157 miljoonaa dollaria, mikä teki siitä kaikkien aikojen tuottoisimman afroamerikkalaisen (Keenen Ivory Wayans) ohjaaman elokuvan. Marlon Wayans oli myös mukana käsikirjoittamassa ja näyttelemässä elokuvan useissa jatko-osissa: Scary Movie 2 (2001), Scary Movie 3 (2003) ja Scary Movie 4 (2006). Scary Movie -sarjan lisäksi Marlon Wayans ja hänen veljensä Shawn ovat tähdittäneet suosittuja parodiaelokuvia White Chicks (2004), Little Man (2006) ja Dance Flick (2009).
Sisarustensa kanssa tekemiensä parodiaelokuvien lisäksi Marlon Wayans on haarautunut myös vakavampiin elokuviin muiden näyttelijöiden kanssa. ”Monet ihmiset luulevat, että olen vain hauska ja hullu koko ajan”, hän sanoo, ”mutta kävin esittävien taiteiden lukiota, joten minulla on draamakoulutus. Satun vain olemaan hauska.” Hän sai paljon kiitosta roolistaan heroiiniriippuvaisena synkässä vuoden 2000 elokuvassa Requiem for a Dream. Vuonna 2004 hän näytteli Tom Hanksin vastapuolella elokuvassa The Ladykillers.
Marlon Wayans meni naimisiin pitkäaikaisen tyttöystävänsä Angelica Zackaryn kanssa vuonna 2005. Heillä on kaksi lasta, poika Shawn (nimetty Wayansin veljen mukaan) ja tytär Amai.
Vaikka hän varttui kotitaloudessa, joka oli jo täynnä menestyneitä viihdetaiteilijoita, Wayans ei alistunut paineeseen jäädä sisarustensa varjoon, vaan tarttui tilaisuuteen oppia perheeltään. ”Olen iloinen voidessani tehdä sitä, mitä rakastan, ja tehdä sitä niiden kanssa, joita rakastan”, hän sanoi. Kysyttäessä, onko koskaan vaikeaa olla vanhempien veljiensä ohjaama, Wayans vastasi: ”Veljeni ovat sanoneet minulle koko elämäni ajan, mitä minun pitää tehdä, mutta ainakin minulle maksetaan siitä nyt!”