Marlon Green nació en El Dorado, Arkansas. Su padre, Mickinley Green, nació en 1900 y se casó con la futura madre de Green, Lucy, el 10 de abril de 1921. El hermano de Green, Rudolph Valentino Green, nació en 1928, seguido de Marlon (6 de junio de 1929); Jean Evelyn (1933); James Zell (1936); y Allen David (1941).
En 1936 o 1937, la familia se trasladó a Lansing, Michigan, donde encontró trabajo en la Drop Forge Company. Más tarde se unió al personal doméstico del dentista J. Shelton Rushing como lo que su hijo llamaba el domo mayor.
Marlon Green se unió a las Fuerzas Aéreas de los Estados Unidos, donde su último destino fue volar el SA-16 Albatross con el 36º Escuadrón de Rescate Aéreo en la Base Aérea Johnson en Tokio, Japón. Mientras estaba de permiso en 1957, solicitó un puesto de piloto en Continental Airlines, y fue invitado a ser entrevistado después de haber dejado en blanco la pregunta sobre la identidad racial en la solicitud. También omitió pegar en el pequeño bloque cuadrado previsto en la esquina superior derecha de la primera página de la solicitud, una foto suya, Cinco otros solicitantes blancos, menos cualificados, fueron contratados. Según diversas fuentes, o bien fue rechazado entonces, o bien fue contratado como lo que habría sido el primer piloto afroamericano del país para una importante aerolínea comercial, pero fue rechazado después de presentarse a la orientación. El 22 de abril de 1963, tras los argumentos orales del 28 de marzo de 1963, el Tribunal Supremo de los Estados Unidos falló en el caso «Colorado Anti-Discrimination Commission v. Continental Airlines, Inc. 372 U.S. 714 nº 146» que Green había sido discriminado ilegalmente. En 1964, American Airlines contrató a David Harris como primer piloto afroamericano de una gran aerolínea de pasajeros estadounidense. Tras su victoria en el Tribunal Supremo, Green voló para Continental de 1965 a 1978, pilotando inicialmente Vickers Viscounts desde Denver. Se convirtió en capitán en 1966.
Green murió a los 80 años en Denver, Colorado. Estaba divorciado y le sobreviven sus tres hijas y tres hijos. El 16 de febrero de 2010, en el Aeropuerto Intercontinental George Bush de Houston (Texas), Continental Airlines bautizó un Boeing 737-824 (N77518, cn 31605)> con su nombre.
En vida, Green fue incluido en el Salón de la Fama de la Aviación de Arkansas.