La salida de los órganos sensoriales es recibida primero por el tálamo. Una parte de los estímulos del tálamo va directamente a la amígdala o «cerebro emocional/irracional», mientras que otras partes se envían al neocórtex o «cerebro pensante/racional». Si la amígdala percibe una coincidencia con el estímulo, es decir, si el registro de experiencias en el hipocampo le dice a la amígdala que se trata de una situación de lucha, huida o congelación, entonces la amígdala activa el eje HPA (hipotálamo-hipófisis-adrenal) y secuestra al cerebro racional. Esta actividad cerebral emocional procesa la información milisegundos antes que el cerebro racional, por lo que en caso de enfrentamiento, la amígdala actúa antes de que pueda recibirse cualquier posible dirección del neocórtex. Si, por el contrario, la amígdala no encuentra ninguna coincidencia entre el estímulo recibido y las situaciones de amenaza registradas, entonces actúa según las indicaciones recibidas del neocórtex. Cuando la amígdala percibe una amenaza, puede llevar a esa persona a reaccionar de forma irracional y destructiva.
Goleman afirma que las emociones «nos hacen prestar atención ahora mismo -es urgente- y nos dan un plan de acción inmediato sin tener que pensarlo dos veces». El componente emocional evolucionó muy pronto: ¿Me lo como o me come?». La respuesta emocional «puede tomar el control del resto del cerebro en una milésima de segundo si se ve amenazada». Un secuestro de la amígdala presenta tres signos: una fuerte reacción emocional, un inicio repentino y la constatación posterior al episodio de que la reacción fue inapropiada.
Goleman subrayó posteriormente que «el autocontrol es crucial… cuando se enfrenta a alguien que está en pleno secuestro de la amígdala» para evitar un secuestro complementario, ya sea en situaciones de trabajo o en la vida privada. Así, por ejemplo, «una competencia matrimonial clave es que los miembros de la pareja aprendan a calmar sus propios sentimientos angustiados… nada se resuelve positivamente cuando el marido o la mujer están en medio de un secuestro emocional». El peligro es que «cuando nuestra pareja se convierte, en efecto, en nuestro enemigo, estamos en las garras de un ‘secuestro de la amígdala’ en el que nuestra memoria emocional, alojada en el centro límbico de nuestro cerebro, gobierna nuestras reacciones sin el beneficio de la lógica o la razón… lo que hace que nuestro cuerpo entre en una respuesta de ‘lucha o huida’.»